AIタンパク質構造ビューアー Protein Data Bank から無料で

タンパク質、DNA や RNA の構造、複合体を普通の言葉で説明すると、AI が Protein Data Bank を検索し、一致するエントリーを選んでビューアーで開きます。PDB ID を指定することも、生物種、結合している薬剤やリガンド、実験手法などで構造を説明することもできます。表示される構造はすべて PDB の実験構造のエントリーです。

無料。ご自身の Anthropic または OpenAI のキーを使います。

Also from Innerscene: Circadian Lab, a free lighting calculator for room illuminance, melanopic EML, and glare.

構造の例

ビューアーのサンプルファイルです。AI と同じ情報源(PubChem、Protein Data Bank、Crystallography Open Database、または教科書の格子)から取得しています。

PDB ファイルをダウンロード

動画で使い方を見る

使い方

  1. 1. 文章で説明するか写真を追加作りたいものを普通の言葉で入力します。わかっていればサイズも書き添えてください。参考として写真を追加することもできます。物でも人物でも説明できます。
  2. 2. AI が作成して確認物の場合は AI が OpenSCAD のプログラムを書き、人物の場合はキャラクタージェネレーターを設定します。結果を 6 方向から描画して確認し、おかしな点を修正します。1 回のメッセージにつき最大 5 回作成します。
  3. 3. 仕上げて書き出しモデルは実寸でビューアーに表示されます。チャットで変更を依頼したりスライダーを動かしたりしてから、ダウンロードするか、エクスポート メニューで形式を選びます。

ここで AI を使って作るメリット

  • PDB ID は不要です。AI が説明から検索し、見つかったエントリーをタイトル、手法、分解能で比較して、読み込んだエントリーを示します。
  • 鎖はヘリックスとストランドを含むカートゥーン表示で鎖ごとに色分けされ、結合したリガンド、補因子、イオンはボールアンドスティックで描かれます。
  • DNA と RNA は主鎖に沿ったチューブと、スティックで描いた塩基で表示され、空間充填のレイヤーもワンクリックで表示できます。

試せるプロンプト

1 つをクリックすると AI パネルで開きます。サイズは用途に合わせて変更してください。

タンパク質を書き出す

  1. AI パネルのバージョン一覧から mmCIF をダウンロードするか、PDB ID を控えてほかの場所でエントリーを取得します。
  2. レンダリング、AR、3D プリントには、エクスポート メニューを開いて GLB、USDZ、STL などの形式を選びます。
  3. ビューを PNG で保存するか、どのブラウザーでもタンパク質を 3D で開ける単体の HTML ページとして保存します。

mmCIF は Protein Data Bank で公開されたとおりのエントリーです。3D の書き出しは表示どおりのカートゥーンとリガンドのメッシュなので、タンパク質を 3D プリントする場合は通常サポートが必要です。

おすすめの書き出し形式: GLB, USDZ, STL, HTML

AIタンパク質構造ビューアー ファイルを無料の AIタンパク質構造ビューアー ビューアーで開く

知っておきたいこと

表示できるのは、構造が決定されて Protein Data Bank で公開されているものだけです。このツールは構造予測を行わないため、実験構造のないタンパク質は作れません。

料金とプライバシー

ご自身の Anthropic または OpenAI の API キーを使います。キーはお使いのブラウザー内にのみ保存され、そのプロバイダーにのみ送信されます。料金はプロバイダーから直接請求されます。目安はモデル 1 つあたり標準品質で $0.05~$0.30、詳細品質で最大約 $1 で、Innerscene からの請求はありません。キーとプロンプトが Innerscene に送信されることはありません。当社が記録するのは、使用したステップ、選んだモデル、トークン数、費用の概算、モデルが作成されたかどうかなどの匿名の利用統計です。

Anthropic または OpenAI の API キーを取得する方法

詳しいガイドを読む:API キー、仕上げ、書き出し

よくある質問

▶タンパク質の構造はどこから取得していますか?
Protein Data Bank(RCSB PDB)からです。表示されるタンパク質、核酸、複合体はすべて X 線結晶構造解析、クライオ電子顕微鏡、NMR による実験構造で、公開されたエントリーから直接読み込みます。
▶新しいタンパク質の構造を予測できますか?
いいえ。このツールは Protein Data Bank にすでにある構造を表示するもので、フォールディングや構造予測は行いません。
▶PDB ID を知っている必要がありますか?
いいえ。構造を説明すると AI が PDB を検索します。4HHB のように ID がわかっている場合は、それを伝えると AI がそのエントリーを直接読み込みます。
▶自分の PDB ファイルを開けますか?
はい。.pdb、.cif、.pdbqt、.pqr ファイルをビューアーにドロップするか、無料の PDB ビューアーを使ってください。ファイルはブラウザー内で開かれ、アップロードされません。

作成できるもの

平面図とレイアウト

分子、タンパク質、結晶

あらゆる形式のモデルを作成

お使いのアプリ用のモデルを作成

そのほかの使い方

AI 生成ツール