表示と変換: PDB （無料）
Chrome、Firefox、Safari、Edgeでそのまま動作します。
Innerscene のもうひとつの無料ツール：Circadian Lab。室内の照度、メラノピック EML、グレアを計算する照明計算ツールです。
化合物、タンパク質、結晶を言葉で説明してください。AI が PubChem や Protein Data Bank から見つけるか組み立てて、ここで開きます。
AI でモデルを作成
必要なものを言葉で説明するか写真を追加すると、AI がビューアーで実寸のモデルを作ります。チャットで修正を頼み、エクスポートできます。無料、ご自身の Anthropic または OpenAI のキーを使います。
AI 生成ツールを開くPDBファイルとは？
.pdbファイルは固定桁のプレーンテキストです。ATOMとHETATMレコードは各原子の名前、元素、残基、鎖、座標を記録し、HELIXとSHEETレコードは二次構造を示します。CONECTレコードはリガンドや特殊な残基の結合を記載し、CRYST1は結晶の単位格子を記録し、MODELブロックはNMRアンサンブルの各モデルを保持します。この形式が扱えるのは最大99,999原子、62本の鎖までなので、Protein Data Bankの最大級のエントリーはPDBx/mmCIFでのみ公開されています。
同じレイアウトを共有するバリエーションが3つあります。.entはwwPDBアーカイブがPDBファイルに付ける名前です（pdb1abc.ent）。PDBQTは、AutoDockとAutoDock Vina向けにAutoDock Tools、Open Babel、Meekoが書き出す形式で、ドッキングのレセプターとリガンド用に部分電荷とAutoDock原子タイプを追加します。PQRはAPBS向けにPDB2PQRが書き出す形式で、PDBが占有率と温度因子に使う桁に、各原子の電荷と半径を入れます。
低分子についてはSDF・MOLビューアーを、すべての分子形式をまとめて扱うには分子構造ビューアーをご覧ください。
PDBファイルを使う人
構造生物学者と生化学者、ドッキング結果を読む創薬チーム、生物や化学の授業の学生と教員、バイオインフォマティシャン、サイエンスイラストレーター、そしてレンダリング、アニメーション、3Dプリントモデルに本物のタンパク質を使いたいデザイナーです。
主な用途
- RCSB PDB、PDBe、PDBjのタンパク質を、PyMOLやChimeraXをインストールせずに見る
- ドッキング結果を確認する：AutoDock VinaのレセプターとドッキングしたリガンドをPDBQTで
- どのブラウザーでも開けるリンクで、構造をクラスや顧客に見せる
- タンパク質をSTLや3MFでエクスポートして3Dプリントモデルにする
- タンパク質をGLB、FBX、USDZでBlender、ゲームエンジン、ARシーンに持ち込む
機能
.pdbファイルを開く
Protein Data Bankの構造、wwPDBの.entファイル、AutoDock PDBQT、APBS PQR。
すべての鎖をカートゥーン表示
ヘリックスとストランドはファイルの情報から、またはCαトレースから求めてリボンで表示。鎖が1本なら青から赤へ、複数なら鎖ごとに別の色で表示します。
DNAとRNA
核酸は主鎖に沿ったチューブと、スティックで描いた塩基で表示します。
リガンドをボールアンドスティックで表示
結合したリガンド、補因子、イオンをボールアンドスティックで描き、元素ごとに色分けします。
オンにできるレイヤー
ポリマー原子のスティック、水素、水、空間充填、単位格子が、それぞれ専用のレイヤーにあります。
GLB、STL、USDZへのエクスポート
構造をGLB、glTF、OBJ、STL、3MF、PLY、FBX、USDZとして保存し、レンダリング、3Dプリント、ARに使えます。ビューはPNGとしても保存できます。
オングストロームで計測
2つの原子をクリックすると、その間の距離をÅで計測します。
VRで表示
ヘッドセットのブラウザーでは、分子が目の前のテーブルの上に立ちます。
アップロードは一切なし
ファイルはすべてブラウザー内で読み込まれます。アカウント不要、アップロードなし、サーバーにコピーも残りません。
共有と埋め込み
どのブラウザーでも分子を開けるリンクを送るか、iframe 1行でビューアーを自分のページに埋め込めます。
互換性と形式について
ATOM、HETATM、HELIX、SHEET、CONECT、CRYST1レコードを読み込みます。元素は専用の桁から取得し、その桁が空欄の場合（古いファイルやドッキング出力に多い）は原子名から求めます。複数モデルのファイルは最初のモデルだけ、各原子は最初の代替位置だけが描画されます。PDBQTとPQRのファイルも同じように開き、追加の桁は読み飛ばします。
タンパク質はカートゥーン表示で開きます。ヘリックスとストランドはリボンで描かれ、ファイルに二次構造レコードがあればそれを使い、なければCαトレースから求めます。ループは丸いチューブです。鎖が1本の場合は配列に沿って先頭の青から末端の赤へと色が変わり、複数の鎖がある場合はそれぞれに別の色が付きます。DNAとRNAは主鎖に沿ったチューブと、スティックで描いた塩基で開きます。リガンドはボールアンドスティックで描かれ、元素ごとに色分けされます（Jmolの配色で、炭素は灰色、酸素は赤、窒素は青、硫黄は黄色）。
それぞれの表示はオン・オフを切り替えられるレイヤーです：Cartoon（カートゥーン）、Polymer atoms（鎖のすべての重原子をスティックで表示）、Hydrogens（水素）、Ligands（リガンド）、Water（水）、Space filling（水を除くすべての原子をファンデルワールス半径の球で表示）、そしてファイルに単位格子がある場合はUnit cell（単位格子）。ファイルを開いた時点ではCartoonとLigandsがオンで、残りは「レイヤー」パネルで切り替えられます。
座標はオングストローム（Å）単位で読み込まれ、そのスケールのまま保たれるため、計測ツールは距離をÅで表示します。結合はファイルに記載があればそれを使い、残りは共有結合半径から求めます。数百万個の原子を持つウイルスキャプシド全体のような非常に大きな構造は、ブラウザーの動作を保つため、カートゥーンと点で描いた原子で開きます。
ウェブサイトへの埋め込み
HTMLを1行追加して、このビューアーをサイトに埋め込めます。ツールバーの埋め込みボタンでコードを生成するか、下の例にファイルのURLを指定してください。
ファイルはお使いのコンピューター内で処理
ファイルの処理はすべてブラウザー内で行われます。共有ボタンを選択すると、リンクを作成するためにファイルがアップロードされます。共有ファイルは90日間保存された後、削除されます。
よくある質問
▶Protein Data Bankの構造を開くにはどうすればよいですか？
rcsb.org、PDBe、PDBjのエントリーページで「Download Files」を選び、PDB Format（大きなエントリーの場合はPDBx/mmCIF）を選択して、そのファイルをビューアーにドロップしてください。どちらの形式も開けます。
▶タンパク質がリボンで表示されるのはなぜですか？
カートゥーンは各鎖の折りたたみ構造をひと目で示します。すべての原子を見るには、「レイヤー」パネルでPolymer atoms（スティック）またはSpace filling（球）をオンにし、必要ならCartoonをオフにしてください。
▶PDBQTやPQRのファイルも開けますか？
はい。AutoDockとAutoDock VinaのPDBQTファイル（レセプター、リガンド、ドッキングポーズ）とAPBSのPQRファイルは、PDBファイルと同じように開きます。複数のドッキングポーズを含むPDBQTファイルは、最初のポーズを表示します。
▶NMR構造ではどのモデルが表示されますか？
表示されるのはアンサンブルの最初のモデルです。それ以外のモデルは読み込まれず、描画もされません。
▶水素と水はどこにありますか？
構造を見やすく保つため、それぞれ専用のレイヤー（HydrogensとWater）にあり、最初はオフになっています。「レイヤー」パネルでオンにしてください。
▶分子を3Dプリントできますか？
はい。STLまたは3MFでエクスポートして、スライサーで開いてください。細いカートゥーンのリボンやスティックは小さいサイズでは壊れやすいので、丈夫に印刷するには、エクスポートの前にSpace filling（低分子ならボールアンドスティック）をオンにし、スライサーでモデルを拡大してください。ファイル内の1オングストロームが、エクスポートでは1単位になります。
▶このPDBビューアーは本当に無料ですか？
はい、完全に無料です。登録不要、透かしなし、ビューアーでのファイルサイズ制限もありません（オプションのリンク共有機能のみ、アップロード上限が100 MBです）。建築家、エンジニア、デザイナー向けのツールとしてInnersceneが開発しました。
▶ファイルはサーバーにアップロードされますか？
いいえ。読み込み、描画、変換はすべてブラウザー内で行われ、初期設定では何もアップロード、保存、送信されません。ファイルをアップロードするのは「共有」ボタンだけで、それもクリックしたときに限られます。
▶別の形式に変換できますか？
はい。ツールバーの「エクスポート」をクリックすると、構造をGLB、glTF、OBJ、STL、3MF、PLY、FBX、USDZとして、または現在のビューをPNG画像として保存できます。エクスポートにはオンにしているレイヤーが含まれるため、Space fillingやPolymer atomsをファイルに入れたい場合は先にオンにしてください。PDBやSDFとして書き出す機能はありません。エクスポートされるのは、画面に見えている表示の3Dモデルです。
▶このビューアーを自分のサイトに埋め込めますか？
はい。ツールバーの「埋め込み」をクリックすると、どのHTMLページにも貼り付けられる1行の<iframe>スニペットが作成されます。埋め込んだビューアーにツールバーを表示するかどうかも選べます。