表示と変換: GRO （無料）
Chrome、Firefox、Safari、Edgeでそのまま動作します。
Innerscene のもうひとつの無料ツール：Circadian Lab。室内の照度、メラノピック EML、グレアを計算する照明計算ツールです。
化合物、タンパク質、結晶を言葉で説明してください。AI が PubChem や Protein Data Bank から見つけるか組み立てて、ここで開きます。
AI でモデルを作成
必要なものを言葉で説明するか写真を追加すると、AI がビューアーで実寸のモデルを作ります。チャットで修正を頼み、エクスポートできます。無料、ご自身の Anthropic または OpenAI のキーを使います。
AI 生成ツールを開くGROファイルとは？
.groファイルはプレーンテキストです。1行目はタイトル、2行目は原子数で、各原子の行には残基番号と残基名、原子名と原子番号、ナノメートル単位のx、y、z位置が記録され、速度が続く場合もあります。最終行はボックスで、直方体のボックスなら3つの長さ、三斜晶のボックスなら9つの数値です。
GROMACSは、系を構築するとき（gmx pdb2gmx、gmx solvate、gmx genion）と計算の終了時（confout.gro）に.groファイルを書き出し、gmx trjconvはトラジェクトリのフレームを.groとして書き出します。系は通常、何千もの水分子とイオンに囲まれたタンパク質や膜です。
Protein Data Bank形式についてはPDBビューアーを、すべての分子形式をまとめて扱うには分子構造ビューアーをご覧ください。
GROファイルを使う人
GROMACSで分子動力学計算を行う研究者と学生、タンパク質や膜をシミュレーションする生物物理学者、計算化学の講座の教員、そしてクラスターから離れて、ノートパソコン、タブレット、スマートフォンで系をさっと確認したいすべての人です。
主な用途
- 溶媒和とイオン付加を済ませた系を、計算を始める前に確認する
- シミュレーションの最終フレームを、VMDのあるワークステーションにコピーせずに見る
- タンパク質や膜を囲むシミュレーションボックスを確認する
- どのブラウザーでも開けるリンクで、スナップショットを指導教員や同僚と共有する
- フレームをGLBやOBJでエクスポートして、図、レンダリング、スライドに使う
機能
.groファイルを開く
GROMACSの構造とスナップショットを、ナノメートルからオングストロームに変換して表示します。
シミュレーションボックス
直方体のボックスをUnit cellレイヤーとして描きます。
すべての鎖をカートゥーン表示
ヘリックスとストランドはファイルの情報から、またはCαトレースから求めてリボンで表示。鎖が1本なら青から赤へ、複数なら鎖ごとに別の色で表示します。
DNAとRNA
核酸は主鎖に沿ったチューブと、スティックで描いた塩基で表示します。
リガンドをボールアンドスティックで表示
結合したリガンド、補因子、イオンをボールアンドスティックで描き、元素ごとに色分けします。
水とイオンは専用のレイヤー
タンパク質や膜が見えるように、水は最初オフのレイヤーにあります。
GLB、STL、USDZへのエクスポート
構造をGLB、glTF、OBJ、STL、3MF、PLY、FBX、USDZとして保存し、レンダリング、3Dプリント、ARに使えます。ビューはPNGとしても保存できます。
オングストロームで計測
2つの原子をクリックすると、その間の距離をÅで計測します。
VRで表示
ヘッドセットのブラウザーでは、分子が目の前のテーブルの上に立ちます。
アップロードは一切なし
ファイルはすべてブラウザー内で読み込まれます。アカウント不要、アップロードなし、サーバーにコピーも残りません。
共有と埋め込み
どのブラウザーでも分子を開けるリンクを送るか、iframe 1行でビューアーを自分のページに埋め込めます。
互換性と形式について
原子の行とボックスの行を読み込みます。位置はナノメートルからオングストロームに変換されるため、構造はPDBファイルと同じ寸法になります。各原子の元素は原子名と残基名から求め、結合は共有結合半径から求めます（.groファイルには結合が記載されていません）。直方体のボックスはUnit cellレイヤーとして描かれます。速度は読み飛ばし、複数フレームのファイルは最初のフレームだけが描画されます。
タンパク質はカートゥーン表示で開きます。ヘリックスとストランドはリボンで描かれ、ファイルに二次構造レコードがあればそれを使い、なければCαトレースから求めます。ループは丸いチューブです。鎖が1本の場合は配列に沿って先頭の青から末端の赤へと色が変わり、複数の鎖がある場合はそれぞれに別の色が付きます。DNAとRNAは主鎖に沿ったチューブと、スティックで描いた塩基で開きます。リガンドはボールアンドスティックで描かれ、元素ごとに色分けされます（Jmolの配色で、炭素は灰色、酸素は赤、窒素は青、硫黄は黄色）。
それぞれの表示はオン・オフを切り替えられるレイヤーです：Cartoon（カートゥーン）、Polymer atoms（鎖のすべての重原子をスティックで表示）、Hydrogens（水素）、Ligands（リガンド）、Water（水）、Space filling（水を除くすべての原子をファンデルワールス半径の球で表示）、そしてファイルに単位格子がある場合はUnit cell（単位格子）。ファイルを開いた時点ではCartoonとLigandsがオンで、残りは「レイヤー」パネルで切り替えられます。
座標はオングストローム（Å）単位で読み込まれ、そのスケールのまま保たれるため、計測ツールは距離をÅで表示します。結合はファイルに記載があればそれを使い、残りは共有結合半径から求めます。数百万個の原子を持つウイルスキャプシド全体のような非常に大きな構造は、ブラウザーの動作を保つため、カートゥーンと点で描いた原子で開きます。
ウェブサイトへの埋め込み
HTMLを1行追加して、このビューアーをサイトに埋め込めます。ツールバーの埋め込みボタンでコードを生成するか、下の例にファイルのURLを指定してください。
ファイルはお使いのコンピューター内で処理
ファイルの処理はすべてブラウザー内で行われます。共有ボタンを選択すると、リンクを作成するためにファイルがアップロードされます。共有ファイルは90日間保存された後、削除されます。
よくある質問
▶系が水なしで開くのはなぜですか？
タンパク質や膜が見えるように、Waterレイヤーは最初はオフになっています。溶媒を見るには「レイヤー」パネルでオンにしてください。
▶どの単位が使われますか？
GROMACSはナノメートルで保存しますが、ビューアーはほかの分子形式と同じ単位であるオングストロームに変換し、計測ツールはÅで表示します。
▶シミュレーションボックスは表示されますか？
直方体のボックスは、ファイルの最終行から描いたUnit cellレイヤーとして表示されます。三斜晶のボックス（9つの数値）は読み飛ばします。
▶トラジェクトリを再生できますか？
いいえ。ビューアーが描画するのは1フレーム、つまりファイルの最初のフレームです。見たいフレームは、gmx trjconv -dump で単独の.groファイルとして書き出してください。
▶結合はどのように求められますか？
.groファイルには結合が含まれないため、原子間の距離と共有結合半径から推定します。
▶分子を3Dプリントできますか？
はい。STLまたは3MFでエクスポートして、スライサーで開いてください。細いカートゥーンのリボンやスティックは小さいサイズでは壊れやすいので、丈夫に印刷するには、エクスポートの前にSpace filling（低分子ならボールアンドスティック）をオンにし、スライサーでモデルを拡大してください。ファイル内の1オングストロームが、エクスポートでは1単位になります。
▶このGROビューアーは本当に無料ですか？
はい、完全に無料です。登録不要、透かしなし、ビューアーでのファイルサイズ制限もありません（オプションのリンク共有機能のみ、アップロード上限が100 MBです）。建築家、エンジニア、デザイナー向けのツールとしてInnersceneが開発しました。
▶ファイルはサーバーにアップロードされますか？
いいえ。読み込み、描画、変換はすべてブラウザー内で行われ、初期設定では何もアップロード、保存、送信されません。ファイルをアップロードするのは「共有」ボタンだけで、それもクリックしたときに限られます。
▶別の形式に変換できますか？
はい。ツールバーの「エクスポート」をクリックすると、構造をGLB、glTF、OBJ、STL、3MF、PLY、FBX、USDZとして、または現在のビューをPNG画像として保存できます。エクスポートにはオンにしているレイヤーが含まれるため、Space fillingやPolymer atomsをファイルに入れたい場合は先にオンにしてください。PDBやSDFとして書き出す機能はありません。エクスポートされるのは、画面に見えている表示の3Dモデルです。
▶このビューアーを自分のサイトに埋め込めますか？
はい。ツールバーの「埋め込み」をクリックすると、どのHTMLページにも貼り付けられる1行の<iframe>スニペットが作成されます。埋め込んだビューアーにツールバーを表示するかどうかも選べます。