表示と変換: 分子構造 （無料）
Chrome、Firefox、Safari、Edgeでそのまま動作します。
Innerscene のもうひとつの無料ツール：Circadian Lab。室内の照度、メラノピック EML、グレアを計算する照明計算ツールです。
化合物、タンパク質、結晶を言葉で説明してください。AI が PubChem や Protein Data Bank から見つけるか組み立てて、ここで開きます。
AI でモデルを作成
必要なものを言葉で説明するか写真を追加すると、AI がビューアーで実寸のモデルを作ります。チャットで修正を頼み、エクスポートできます。無料、ご自身の Anthropic または OpenAI のキーを使います。
AI 生成ツールを開く分子構造ファイルとは？
どの分子ファイルも、中心となる内容は同じです。原子のリストで、各原子に元素とオングストローム（100億分の1メートル）単位の位置があります。形式によって追加される情報が異なります。タンパク質と核酸の構造（PDBとmmCIF）は原子を残基と鎖にまとめ、ヘリックスとストランドを記録します。低分子の形式（SDFとMOL、MOL2）は各結合を結合次数とともに記載します。結晶学のCIFは単位格子を記録し、GROMACSの.groファイルはシミュレーションボックスのスナップショットです。化学の.xyzファイルは、各原子の元素と座標だけを持ちます。
このビューアーはそのすべてを読み込み、分子に合った表示を選びます。タンパク質と核酸は鎖のカートゥーンと、ボールアンドスティックのリガンドで開きます。低分子はボールアンドスティックで開き、二重結合、三重結合、芳香族結合は平行な円柱で描かれます。原子はおなじみのJmolの配色で元素ごとに色分けされ、Space fillingレイヤーではすべての原子をファンデルワールス半径で表示します。
形式ごとに詳しいページがあります：PDBビューアー、CIFビューアー、SDF・MOLビューアー、MOL2ビューアー、GROビューアー。
分子構造ファイルを使う人
PyMOL、ChimeraX、Avogadroを開かずに構造を確認したい構造生物学者、生化学者、創薬化学者。生物や化学の授業の学生と教員。サイエンスライターやイラストレーター。そして、レンダリング、3Dプリント、彫刻、建物の一部に本物のタンパク質や結晶を使いたいデザイナー、建築家、展示制作者です。
主な用途
- RCSB Protein Data Bankからダウンロードしたタンパク質を開き、3Dで回転させる
- PubChemやChEMBLの化合物をボールアンドスティックで見る
- Crystallography Open Databaseの結晶構造を単位格子とともに確認する
- どのブラウザーでも開けるリンクで、構造をクラス、同僚、顧客と共有する
- 分子をSTLや3MFでエクスポートして3Dプリントに、GLB、FBX、USDZでBlender、ゲームエンジン、ARに使う
機能
主要な形式すべてに対応
PDB、PDBQT、PQR、mmCIF、CIF、SDF、MOL、MOL2、GRO、化学のXYZ。
すべての鎖をカートゥーン表示
ヘリックスとストランドはファイルの情報から、またはCαトレースから求めてリボンで表示。鎖が1本なら青から赤へ、複数なら鎖ごとに別の色で表示します。
DNAとRNA
核酸は主鎖に沿ったチューブと、スティックで描いた塩基で表示します。
リガンドをボールアンドスティックで表示
結合したリガンド、補因子、イオンをボールアンドスティックで描き、元素ごとに色分けします。
ボールアンドスティック
原子は元素ごとに色分けされ、二重結合、三重結合、芳香族結合は平行な円柱で描かれます。
空間充填モデル
すべての原子をファンデルワールス半径で表示するレイヤーです。
GLB、STL、USDZへのエクスポート
構造をGLB、glTF、OBJ、STL、3MF、PLY、FBX、USDZとして保存し、レンダリング、3Dプリント、ARに使えます。ビューはPNGとしても保存できます。
オングストロームで計測
2つの原子をクリックすると、その間の距離をÅで計測します。
VRで表示
ヘッドセットのブラウザーでは、分子が目の前のテーブルの上に立ちます。
アップロードは一切なし
ファイルはすべてブラウザー内で読み込まれます。アカウント不要、アップロードなし、サーバーにコピーも残りません。
共有と埋め込み
どのブラウザーでも分子を開けるリンクを送るか、iframe 1行でビューアーを自分のページに埋め込めます。
互換性と形式について
開けるファイル：PDB（.pdb、.ent）とそのバリエーションであるAutoDock PDBQT（.pdbqt）およびAPBS PQR（.pqr）、PDBx/mmCIFと低分子CIF（.cif、.mmcif、.mcif）、V2000とV3000のMDL molfileとSDファイル（.mol、.sdf、.sd）、Tripos MOL2（.mol2、.ml2）、GROMACSの構造（.gro）、化学のXYZ（.xyz）。分子の.xyzファイルと点群の.xyzファイルは、内容から区別されます。
タンパク質はカートゥーン表示で開きます。ヘリックスとストランドはリボンで描かれ、ファイルに二次構造レコードがあればそれを使い、なければCαトレースから求めます。ループは丸いチューブです。鎖が1本の場合は配列に沿って先頭の青から末端の赤へと色が変わり、複数の鎖がある場合はそれぞれに別の色が付きます。DNAとRNAは主鎖に沿ったチューブと、スティックで描いた塩基で開きます。リガンドはボールアンドスティックで描かれ、元素ごとに色分けされます（Jmolの配色で、炭素は灰色、酸素は赤、窒素は青、硫黄は黄色）。
低分子はボールアンドスティックで開き、Space fillingレイヤーも用意されます。複数の分子を含むSDファイルやMOL2ファイルは、分子ごとに1つのレイヤーで開きます。NMRアンサンブルは最初のモデルだけ、複数フレームのXYZファイルは最初のフレームだけが描画されます。
座標はオングストローム（Å）単位で読み込まれ、そのスケールのまま保たれるため、計測ツールは距離をÅで表示します。結合はファイルに記載があればそれを使い、残りは共有結合半径から求めます。数百万個の原子を持つウイルスキャプシド全体のような非常に大きな構造は、ブラウザーの動作を保つため、カートゥーンと点で描いた原子で開きます。
ウェブサイトへの埋め込み
HTMLを1行追加して、このビューアーをサイトに埋め込めます。ツールバーの埋め込みボタンでコードを生成するか、下の例にファイルのURLを指定してください。
ファイルはお使いのコンピューター内で処理
ファイルの処理はすべてブラウザー内で行われます。共有ボタンを選択すると、リンクを作成するためにファイルがアップロードされます。共有ファイルは90日間保存された後、削除されます。
よくある質問
▶どの分子ファイル形式を開けますか？
PDB、PDBQT、PQR、PDBx/mmCIFと結晶学のCIF、MDL MOLとSDF（V2000とV3000）、Tripos MOL2、GROMACS GRO、化学のXYZです。形式は拡張子だけでなく、ファイルの内容からも判別されます。
▶分子はどのように描画されますか？
タンパク質と核酸は鎖のカートゥーンで、リガンドはボールアンドスティックで描かれます。低分子はボールアンドスティックで、二重結合、三重結合、芳香族結合は平行な円柱になります。すべての原子は元素ごとに色分けされ、「レイヤー」パネルで全原子のスティック、水素、水、空間充填、単位格子をオンにできます。
▶PyMOL、ChimeraXなどの化学ソフトウェアは必要ですか？
いいえ。ファイルはどのコンピューター、タブレット、スマートフォンでも、ブラウザー内で読み込まれ描画されます。何もインストールされず、何もアップロードされません。
▶座標の単位は何ですか？
ファイルに保存されているとおりオングストロームです（ナノメートル単位のGROMACSファイルはオングストロームに変換されます）。計測ツールは距離をÅで表示するので、炭素と炭素の単結合は約1.5と計測されます。
▶分子を3Dプリントできますか？
はい。STLまたは3MFでエクスポートして、スライサーで開いてください。細いカートゥーンのリボンやスティックは小さいサイズでは壊れやすいので、丈夫に印刷するには、エクスポートの前にSpace filling（低分子ならボールアンドスティック）をオンにし、スライサーでモデルを拡大してください。ファイル内の1オングストロームが、エクスポートでは1単位になります。
▶VRで見ることはできますか？
はい。ヘッドセットのブラウザー（Meta Quest、Apple Vision Pro、Pico）でツールバーの「VR」をクリックすると、分子が目の前のテーブルの上に立ち、周りを歩いたり覗き込んだりできる大きさで表示されます。
▶この分子構造ビューアーは本当に無料ですか？
はい、完全に無料です。登録不要、透かしなし、ビューアーでのファイルサイズ制限もありません（オプションのリンク共有機能のみ、アップロード上限が100 MBです）。建築家、エンジニア、デザイナー向けのツールとしてInnersceneが開発しました。
▶ファイルはサーバーにアップロードされますか？
いいえ。読み込み、描画、変換はすべてブラウザー内で行われ、初期設定では何もアップロード、保存、送信されません。ファイルをアップロードするのは「共有」ボタンだけで、それもクリックしたときに限られます。
▶別の形式に変換できますか？
はい。ツールバーの「エクスポート」をクリックすると、構造をGLB、glTF、OBJ、STL、3MF、PLY、FBX、USDZとして、または現在のビューをPNG画像として保存できます。エクスポートにはオンにしているレイヤーが含まれるため、Space fillingやPolymer atomsをファイルに入れたい場合は先にオンにしてください。PDBやSDFとして書き出す機能はありません。エクスポートされるのは、画面に見えている表示の3Dモデルです。
▶このビューアーを自分のサイトに埋め込めますか？
はい。ツールバーの「埋め込み」をクリックすると、どのHTMLページにも貼り付けられる1行の<iframe>スニペットが作成されます。埋め込んだビューアーにツールバーを表示するかどうかも選べます。