表示と変換: MOL2 （無料）
Chrome、Firefox、Safari、Edgeでそのまま動作します。
Innerscene のもうひとつの無料ツール：Circadian Lab。室内の照度、メラノピック EML、グレアを計算する照明計算ツールです。
化合物、タンパク質、結晶を言葉で説明してください。AI が PubChem や Protein Data Bank から見つけるか組み立てて、ここで開きます。
AI でモデルを作成
必要なものを言葉で説明するか写真を追加すると、AI がビューアーで実寸のモデルを作ります。チャットで修正を頼み、エクスポートできます。無料、ご自身の Anthropic または OpenAI のキーを使います。
AI 生成ツールを開くMOL2ファイルとは？
.mol2ファイルは、@<TRIPOS>タグで始まるセクションからなるプレーンテキストです。@<TRIPOS>MOLECULEは分子の名前と各種の数を記録し、@<TRIPOS>ATOMは各原子を名前、座標、SYBYL原子タイプ（芳香族炭素のC.arやアミド窒素のN.amなど）、残基、部分電荷とともに記載し、@<TRIPOS>BONDは各結合をタイプ（1、2、3、ar、am）とともに記載します。
1つのファイルに多くの分子を続けて入れることができ、ドッキングライブラリやバーチャルスクリーニングのセットはこの形でよく配布されます。UCSF ChimeraとChimeraX、Open Babel、AutoDock Tools、DOCK、GOLD、SYBYLはいずれもこの形式を読み書きします。
MDL形式についてはSDF・MOLビューアーを、タンパク質についてはPDBビューアーを、すべての分子形式をまとめて扱うには分子構造ビューアーをご覧ください。
MOL2ファイルを使う人
ドッキングのためにリガンドとレセプターを準備する計算化学者や創薬チーム、バーチャルスクリーニングのライブラリを扱う研究者、分子モデリングの講座の学生、そしてChimeraやSYBYLが手元にない状態で.mol2ファイルを受け取ったすべての人です。
主な用途
- ドッキング用に準備したリガンドを、計算の前に確認する
- スクリーニングライブラリの分子を、分子ごとに1レイヤーで見ていく
- 1つのファイルにまとめて保存されたドッキングポーズや配座を比べる
- どのブラウザーでも開けるリンクで、ドッキング用リガンドを同僚と共有する
- 分子をGLB、OBJ、STLでエクスポートして、レンダリング、スライド、3Dプリントに使う
機能
.mol2ファイルを開く
1つまたは多数の分子を含むTripos MOL2ファイル。
SYBYLタイプを読み込み
元素はSYBYL原子タイプから、結合次数は芳香族結合も含めて結合タイプから求めます。
ボールアンドスティック
原子は元素ごとに色分けされ、二重結合、三重結合、芳香族結合は平行な円柱で描かれます。
空間充填モデル
すべての原子をファンデルワールス半径で表示するレイヤーです。
分子ごとに1レイヤー
複数の分子を含むファイルは、分子ごとに別のレイヤーで開き、レイヤー名はファイルから付けられます。
GLB、STL、USDZへのエクスポート
構造をGLB、glTF、OBJ、STL、3MF、PLY、FBX、USDZとして保存し、レンダリング、3Dプリント、ARに使えます。ビューはPNGとしても保存できます。
オングストロームで計測
2つの原子をクリックすると、その間の距離をÅで計測します。
VRで表示
ヘッドセットのブラウザーでは、分子が目の前のテーブルの上に立ちます。
アップロードは一切なし
ファイルはすべてブラウザー内で読み込まれます。アカウント不要、アップロードなし、サーバーにコピーも残りません。
共有と埋め込み
どのブラウザーでも分子を開けるリンクを送るか、iframe 1行でビューアーを自分のページに埋め込めます。
互換性と形式について
MOLECULE、ATOM、BONDセクションを読み込みます。元素はSYBYL原子タイプから求め、結合タイプは単結合、二重結合、三重結合、芳香族結合になります。アミド結合は単結合として描かれます。多くの分子を含むファイルは、最初の200分子まで、分子ごとにMOLECULEセクションから名前を付けた1つのレイヤーで開きます。残りの数はステータス行に表示されます。
分子はボールアンドスティックで開き、Jmolの配色で元素ごとに色分けされます。二重結合と三重結合は平行な円柱で描かれ、Space fillingレイヤーも用意されます。
座標はオングストローム（Å）単位で読み込まれ、そのスケールのまま保たれるため、計測ツールは距離をÅで表示します。結合はファイルに記載があればそれを使い、残りは共有結合半径から求めます。数百万個の原子を持つウイルスキャプシド全体のような非常に大きな構造は、ブラウザーの動作を保つため、カートゥーンと点で描いた原子で開きます。
ウェブサイトへの埋め込み
HTMLを1行追加して、このビューアーをサイトに埋め込めます。ツールバーの埋め込みボタンでコードを生成するか、下の例にファイルのURLを指定してください。
ファイルはお使いのコンピューター内で処理
ファイルの処理はすべてブラウザー内で行われます。共有ボタンを選択すると、リンクを作成するためにファイルがアップロードされます。共有ファイルは90日間保存された後、削除されます。
よくある質問
▶多くの分子を含むMOL2ファイルも開けますか？
はい。各分子が、MOLECULEセクションから名前を付けた専用のレイヤーになるので、1つ、複数、またはすべてを表示できます。
▶SYBYL原子タイプと結合タイプは使われますか？
はい。各原子の元素はSYBYLタイプ（C.3、C.ar、N.pl3など）から求め、結合タイプ1、2、3、arは単結合、二重結合、三重結合、芳香族結合として描かれます。
▶部分電荷は表示されますか？
いいえ。原子は元素ごとに色分けされます。部分電荷の列は読み込まれず、表示にも使われません。
▶ライブラリの分子はいくつまで描画されますか？
ファイルの最初の200分子で、それぞれ専用のレイヤーに描画されます。ファイルに含まれる分子の数はステータス行に表示されるので、大きなライブラリを小さなファイルに分けるべきときがわかります。
▶Chimera、SYBYL、Open Babelは必要ですか？
いいえ。ファイルはどのコンピューター、タブレット、スマートフォンでも、ブラウザー内で読み込まれ描画されます。
▶分子を3Dプリントできますか？
はい。STLまたは3MFでエクスポートして、スライサーで開いてください。細いカートゥーンのリボンやスティックは小さいサイズでは壊れやすいので、丈夫に印刷するには、エクスポートの前にSpace filling（低分子ならボールアンドスティック）をオンにし、スライサーでモデルを拡大してください。ファイル内の1オングストロームが、エクスポートでは1単位になります。
▶このMOL2ビューアーは本当に無料ですか？
はい、完全に無料です。登録不要、透かしなし、ビューアーでのファイルサイズ制限もありません（オプションのリンク共有機能のみ、アップロード上限が100 MBです）。建築家、エンジニア、デザイナー向けのツールとしてInnersceneが開発しました。
▶ファイルはサーバーにアップロードされますか？
いいえ。読み込み、描画、変換はすべてブラウザー内で行われ、初期設定では何もアップロード、保存、送信されません。ファイルをアップロードするのは「共有」ボタンだけで、それもクリックしたときに限られます。
▶別の形式に変換できますか？
はい。ツールバーの「エクスポート」をクリックすると、構造をGLB、glTF、OBJ、STL、3MF、PLY、FBX、USDZとして、または現在のビューをPNG画像として保存できます。エクスポートにはオンにしているレイヤーが含まれるため、Space fillingやPolymer atomsをファイルに入れたい場合は先にオンにしてください。PDBやSDFとして書き出す機能はありません。エクスポートされるのは、画面に見えている表示の3Dモデルです。
▶このビューアーを自分のサイトに埋め込めますか？
はい。ツールバーの「埋め込み」をクリックすると、どのHTMLページにも貼り付けられる1行の<iframe>スニペットが作成されます。埋め込んだビューアーにツールバーを表示するかどうかも選べます。