表示と変換: SDF / MOL （無料）
Chrome、Firefox、Safari、Edgeでそのまま動作します。
Innerscene のもうひとつの無料ツール：Circadian Lab。室内の照度、メラノピック EML、グレアを計算する照明計算ツールです。
化合物、タンパク質、結晶を言葉で説明してください。AI が PubChem や Protein Data Bank から見つけるか組み立てて、ここで開きます。
AI でモデルを作成
必要なものを言葉で説明するか写真を追加すると、AI がビューアーで実寸のモデルを作ります。チャットで修正を頼み、エクスポートできます。無料、ご自身の Anthropic または OpenAI のキーを使います。
AI 生成ツールを開くSDF / MOLファイルとは？
.molファイル（MDL molfile）は、3行のヘッダーとカウント行で始まり、続いて原子ブロック（各原子の座標と元素）と結合ブロック（各結合の2つの原子と結合次数：単結合、二重結合、三重結合、芳香族結合）があります。従来のV2000レイアウトは固定桁を使い、V3000レイアウトは同じデータをM V30行で書き、999原子の上限がありません。
.sdfまたは.sdファイル（structure-data file）は、molfileを連ねたもので、各molfileの後に名前付きデータフィールド（識別子、名称、測定値など）が続き、$$$$行で終わります。PubChem、ChEMBL、ZINC、そして多くの化合物ベンダーが、ライブラリをSDファイルで提供しています。
タンパク質についてはPDBビューアーを、ドッキングプログラムが使うTripos形式についてはMOL2ビューアーを、すべての分子形式をまとめて扱うには分子構造ビューアーをご覧ください。
SDF / MOLファイルを使う人
創薬化学者や有機化学者、化合物ライブラリを扱うケモインフォマティシャン、化学の授業の学生と教員、PubChemやChEMBLから化合物をダウンロードする研究者、そしてレンダリング、ロゴの検討、3Dプリントに本物の分子（カフェイン、香料、顔料）を使いたいデザイナーです。
主な用途
- PubChemからダウンロードした化合物を3D配座で見る
- SDファイルの分子を、分子ごとに1レイヤーで順に見ていく
- ChemDrawなどの構造式エディターで描いた構造の結合と環を確認する
- どのブラウザーでも開けるリンクで分子を共有する
- 分子をSTLや3MFでエクスポートして3Dプリントモデルに、GLBやUSDZでARに使う
機能
.sdfと.molファイルを開く
V2000とV3000のMDL molfileとSDファイル。
ボールアンドスティック
原子は元素ごとに色分けされ、二重結合、三重結合、芳香族結合は平行な円柱で描かれます。
空間充填モデル
すべての原子をファンデルワールス半径で表示するレイヤーです。
分子ごとに1レイヤー
複数の分子を含むファイルは、分子ごとに別のレイヤーで開き、レイヤー名はファイルから付けられます。
PubChemの化合物
PubChemの3D配座は、レコードから付けた化合物名とともに開きます。
GLB、STL、USDZへのエクスポート
構造をGLB、glTF、OBJ、STL、3MF、PLY、FBX、USDZとして保存し、レンダリング、3Dプリント、ARに使えます。ビューはPNGとしても保存できます。
オングストロームで計測
2つの原子をクリックすると、その間の距離をÅで計測します。
VRで表示
ヘッドセットのブラウザーでは、分子が目の前のテーブルの上に立ちます。
アップロードは一切なし
ファイルはすべてブラウザー内で読み込まれます。アカウント不要、アップロードなし、サーバーにコピーも残りません。
共有と埋め込み
どのブラウザーでも分子を開けるリンクを送るか、iframe 1行でビューアーを自分のページに埋め込めます。
互換性と形式について
V2000とV3000のmolfileを、単独でもSDファイルのレコードとしても開けます。原子、結合、結合次数はファイルから取得します。2D座標しかないファイル（構造式エディターで描いた平面の図）は、その図のとおり平面で開きます。立体的な分子を見るには、PubChemから3D配座をダウンロードしてください。
分子はボールアンドスティックで開き、各原子はJmolの配色で元素ごとに色分けされます。二重結合と三重結合は2本または3本の平行な円柱で、芳香族結合は2本1組で描かれます。Space fillingレイヤーでは、すべての原子をファンデルワールス半径で表示します。多くの分子を含むSDファイルは、分子ごとに1つのレイヤーで開きます（最初の200個まで。残りの数はステータス行に表示されます）。分子を1つずつ表示することも、すべて一緒に表示することもできます。
座標はオングストローム（Å）単位で読み込まれ、そのスケールのまま保たれるため、計測ツールは距離をÅで表示します。結合はファイルに記載があればそれを使い、残りは共有結合半径から求めます。数百万個の原子を持つウイルスキャプシド全体のような非常に大きな構造は、ブラウザーの動作を保つため、カートゥーンと点で描いた原子で開きます。
ウェブサイトへの埋め込み
HTMLを1行追加して、このビューアーをサイトに埋め込めます。ツールバーの埋め込みボタンでコードを生成するか、下の例にファイルのURLを指定してください。
ファイルはお使いのコンピューター内で処理
ファイルの処理はすべてブラウザー内で行われます。共有ボタンを選択すると、リンクを作成するためにファイルがアップロードされます。共有ファイルは90日間保存された後、削除されます。
よくある質問
▶どのバージョンのmolfileを開けますか？
V2000とV3000です。単独の.molファイルとしても、.sdfまたは.sdファイルのレコードとしても開けます。
▶SDファイルの分子はどのように表示されますか？
各分子がそれぞれ専用のレイヤーになり、「レイヤー」パネルに名前で一覧表示されます。レイヤーのオン・オフを切り替えて、1つの分子を見たり、複数の分子を比べたりできます。
▶分子が平面で表示されるのはなぜですか？
ファイルの座標が2Dだからです。構造式エディターで描いた図で、z値がすべてゼロになっています。ビューアーはファイルが指定する位置に原子を描きます。PubChemでは、ほとんどの化合物の3D配座を「Download」、「3D Conformer」、「SDF」から入手できます。
▶二重結合や芳香族結合は表示されますか？
はい。二重結合は2本の平行な円柱、三重結合は3本、芳香族結合は2本1組で、隣接する原子の平面内に描かれます。
▶SDファイルのデータフィールドは表示されますか？
分子の名前がレイヤー名として表示されます。それ以外のデータフィールドは読み飛ばします。
▶分子を3Dプリントできますか？
はい。STLまたは3MFでエクスポートして、スライサーで開いてください。細いカートゥーンのリボンやスティックは小さいサイズでは壊れやすいので、丈夫に印刷するには、エクスポートの前にSpace filling（低分子ならボールアンドスティック）をオンにし、スライサーでモデルを拡大してください。ファイル内の1オングストロームが、エクスポートでは1単位になります。
▶このSDF / MOLビューアーは本当に無料ですか？
はい、完全に無料です。登録不要、透かしなし、ビューアーでのファイルサイズ制限もありません（オプションのリンク共有機能のみ、アップロード上限が100 MBです）。建築家、エンジニア、デザイナー向けのツールとしてInnersceneが開発しました。
▶ファイルはサーバーにアップロードされますか？
いいえ。読み込み、描画、変換はすべてブラウザー内で行われ、初期設定では何もアップロード、保存、送信されません。ファイルをアップロードするのは「共有」ボタンだけで、それもクリックしたときに限られます。
▶別の形式に変換できますか？
はい。ツールバーの「エクスポート」をクリックすると、構造をGLB、glTF、OBJ、STL、3MF、PLY、FBX、USDZとして、または現在のビューをPNG画像として保存できます。エクスポートにはオンにしているレイヤーが含まれるため、Space fillingやPolymer atomsをファイルに入れたい場合は先にオンにしてください。PDBやSDFとして書き出す機能はありません。エクスポートされるのは、画面に見えている表示の3Dモデルです。
▶このビューアーを自分のサイトに埋め込めますか？
はい。ツールバーの「埋め込み」をクリックすると、どのHTMLページにも貼り付けられる1行の<iframe>スニペットが作成されます。埋め込んだビューアーにツールバーを表示するかどうかも選べます。