3D-молекула по тексту По названию или описанию, бесплатно

Введите название соединения или опишите новую либо изменённую малую молекулу, и ИИ превратит его в 3D-структуру в просмотрщике. Известные соединения загружаются из PubChem. Для всех остальных ИИ пишет строку SMILES, а инструмент добавляет атомы водорода, генерирует 3D-конформеры и оптимизирует их в силовом поле MMFF94s, после чего результат открывается в шаростержневой модели.

Бесплатно. Используйте свой ключ Anthropic или OpenAI.

Also from Innerscene: Circadian Lab, a free lighting calculator for room illuminance, melanopic EML, and glare.

Пример структуры

Пример файла из просмотрщика, взятый из тех же источников, что использует ИИ: PubChem, Protein Data Bank, Crystallography Open Database или учебная кристаллическая решётка.

Скачать файл SDF

Посмотрите, как это работает

Как это работает

  1. 1. Опишите или добавьте фотоНапишите простыми словами, что вам нужно, с размерами, если они известны, или добавьте фото для образца. Опишите предмет или человека.
  2. 2. ИИ строит и проверяет модельДля предмета ИИ пишет программу OpenSCAD, для человека настраивает генератор персонажей. Он смотрит на шесть отрендеренных видов результата и исправляет ошибки, до пяти сборок на одно сообщение.
  3. 3. Доработайте и экспортируйтеМодель открывается в просмотрщике в натуральную величину. Попросите изменения в чате, подвигайте ползунки, затем скачайте её или выберите формат в меню «Экспорт».

Почему стоит создавать модель с ИИ здесь

  • Подходят тривиальные названия, названия IUPAC, названия лекарств и торговые марки, потому что известные соединения ищутся в PubChem.
  • Изменённые и новые молекулы, конкретные изомеры и зарядовые состояния строятся по SMILES, после чего проверяются брутто-формула, обозначения R/S и E/Z, напряжение и перекрывания атомов.
  • ИИ сравнивает 2D-изображение каждого результата с вашим запросом и исправляет структуру, если она не совпадает.

Запросы, которые стоит попробовать

Нажмите на запрос, чтобы открыть его в панели ИИ, затем поменяйте размеры под свою задачу.

Как получить молекулу

  1. Скачайте SDF из списка версий в панели ИИ; у молекулы, построенной по SMILES, строка SMILES сохраняется в файле.
  2. Откройте SDF в Avogadro, PyMOL, ChimeraX или другой химической программе.
  3. Для 3D-модели откройте меню «Экспорт» и выберите GLB, STL, OBJ или USDZ либо сохраните вид в PNG.

Молекула, построенная по SMILES, это расчётная модель: конформер с наименьшей энергией, который нашёл инструмент. Её форма может отличаться от формы в кристалле или в комплексе с белком. 3D-конформеры PubChem тоже являются расчётными моделями.

Лучшие форматы экспорта: GLB, STL, OBJ, PNG

Открыть файлы 3D-молекула по тексту в бесплатном просмотрщике 3D-молекула по тексту

Полезно знать

Только малые молекулы, примерно до 600 атомов с учётом водорода. Металлокомплексы нельзя построить по SMILES; запросите их как кристаллы, они берутся из Crystallography Open Database.

Стоимость и конфиденциальность

Вы используете свой API-ключ Anthropic или OpenAI. Он хранится только в вашем браузере и отправляется только этому провайдеру, который выставляет вам счёт напрямую: модель обычно стоит от $0.05 до $0.30 при качестве «Стандартное» и примерно до $1 при качестве «Детальное», а Innerscene ничего не берёт. Ваш ключ и запросы не отправляются в Innerscene; мы собираем анонимную статистику использования: выполненные шаги, выбранную модель ИИ, число токенов, оценку стоимости и то, была ли создана модель.

Как получить API-ключ Anthropic или OpenAI

Полное руководство: API-ключи, доработка и экспорт

Вопросы

▶Как текст превращается в 3D-молекулу?
Для известного соединения ИИ ищет его в PubChem и загружает его 3D-конформер. Для новой или изменённой молекулы ИИ пишет строку SMILES, а инструмент строит 3D-конформеры, оптимизирует их в MMFF94s и оставляет конформер с наименьшей энергией.
▶Насколько точна 3D-структура?
Длины связей и валентные углы задаёт силовое поле MMFF94s, а брутто-формула, стереохимия, напряжение и перекрывания проверяются, поэтому форма является надёжной расчётной моделью. Это один низкоэнергетический конформер в вакууме, поэтому он может отличаться от экспериментальной структуры.
▶Правильно ли передаётся стереохимия?
В отчёте указано обозначение R/S или E/Z для каждого стереоцентра и двойной связи, и ИИ сверяет их с вашим запросом. Назовите нужный изомер, например (S)-ибупрофен или цис-бутен-2.
▶Какой файл я получу?
SDF с 3D-координатами, атомами водорода и порядками связей; у молекулы, построенной по SMILES, строка SMILES также записана как поле данных. Меню «Экспорт» создаёт и GLB, STL, OBJ, USDZ и другие 3D-форматы.

Что он умеет создавать

Планы этажей и планировки

Молекулы, белки и кристаллы

Модель для любого формата

Модель для вашей программы

Другие способы применения

ИИ-генератор