Просмотр структур белков с ИИ Из Protein Data Bank, бесплатно

Опишите белок, структуру ДНК или РНК либо комплекс простыми словами, и ИИ проведёт поиск в Protein Data Bank, выберет подходящую запись и откроет её в просмотрщике. Можно указать PDB ID или описать структуру: организм, связанное лекарство или лиганд, экспериментальный метод. Каждая показанная структура это экспериментальная запись из PDB.

Бесплатно. Используйте свой ключ Anthropic или OpenAI.

Also from Innerscene: Circadian Lab, a free lighting calculator for room illuminance, melanopic EML, and glare.

Пример структуры

Пример файла из просмотрщика, взятый из тех же источников, что использует ИИ: PubChem, Protein Data Bank, Crystallography Open Database или учебная кристаллическая решётка.

Скачать файл PDB

Посмотрите, как это работает

Как это работает

  1. 1. Опишите или добавьте фотоНапишите простыми словами, что вам нужно, с размерами, если они известны, или добавьте фото для образца. Опишите предмет или человека.
  2. 2. ИИ строит и проверяет модельДля предмета ИИ пишет программу OpenSCAD, для человека настраивает генератор персонажей. Он смотрит на шесть отрендеренных видов результата и исправляет ошибки, до пяти сборок на одно сообщение.
  3. 3. Доработайте и экспортируйтеМодель открывается в просмотрщике в натуральную величину. Попросите изменения в чате, подвигайте ползунки, затем скачайте её или выберите формат в меню «Экспорт».

Почему стоит создавать модель с ИИ здесь

  • PDB ID не нужен: ИИ ищет по описанию, сравнивает найденные записи по названию, методу и разрешению и сообщает, какую запись загружает.
  • Цепи показаны в ленточной модели, каждая своим цветом, со спиралями и тяжами, а связанные лиганды, кофакторы и ионы в шаростержневом виде.
  • ДНК и РНК показаны трубкой вдоль остова с основаниями в виде палочек, а слой заполнения пространства включается одним щелчком.

Запросы, которые стоит попробовать

Нажмите на запрос, чтобы открыть его в панели ИИ, затем поменяйте размеры под свою задачу.

Как получить белок

  1. Скачайте mmCIF из списка версий в панели ИИ или запишите PDB ID, чтобы загрузить запись в другом месте.
  2. Для рендера, AR или 3D-печати откройте меню «Экспорт» и выберите GLB, USDZ, STL или другой формат.
  3. Сохраните вид в PNG или как автономную страницу HTML, которая открывает белок в 3D в любом браузере.

mmCIF содержит запись в том виде, в каком она опубликована в Protein Data Bank. 3D-экспорт создаёт сетки ленточной модели и лигандов в том виде, в каком они отображены, поэтому для печати белка обычно нужны поддержки.

Лучшие форматы экспорта: GLB, USDZ, STL, HTML

Открыть файлы Просмотр структур белков с ИИ в бесплатном просмотрщике Просмотр структур белков с ИИ

Полезно знать

Показать можно только структуры, которые решены и опубликованы в Protein Data Bank. Инструмент не предсказывает структуры, поэтому белок без экспериментальной структуры получить нельзя.

Стоимость и конфиденциальность

Вы используете свой API-ключ Anthropic или OpenAI. Он хранится только в вашем браузере и отправляется только этому провайдеру, который выставляет вам счёт напрямую: модель обычно стоит от $0.05 до $0.30 при качестве «Стандартное» и примерно до $1 при качестве «Детальное», а Innerscene ничего не берёт. Ваш ключ и запросы не отправляются в Innerscene; мы собираем анонимную статистику использования: выполненные шаги, выбранную модель ИИ, число токенов, оценку стоимости и то, была ли создана модель.

Как получить API-ключ Anthropic или OpenAI

Полное руководство: API-ключи, доработка и экспорт

Вопросы

▶Откуда берутся структуры белков?
Из Protein Data Bank (RCSB PDB). Каждый показанный белок, нуклеиновая кислота и комплекс это экспериментальная структура, полученная рентгеноструктурным анализом, криоэлектронной микроскопией или ЯМР и загруженная прямо из опубликованной записи.
▶Может ли инструмент предсказать структуру нового белка?
Нет. Инструмент показывает структуры, которые уже есть в Protein Data Bank, и не выполняет фолдинг или предсказание структуры.
▶Нужно ли знать PDB ID?
Нет. Опишите структуру, и ИИ найдёт её в PDB. Если вы знаете ID, например 4HHB, укажите его, и ИИ сразу загрузит эту запись.
▶Можно ли открыть свои файлы PDB?
Да. Перетащите файл .pdb, .cif, .pdbqt или .pqr в просмотрщик или воспользуйтесь бесплатным просмотрщиком PDB. Файлы открываются в вашем браузере и никуда не загружаются.

Что он умеет создавать

Планы этажей и планировки

Молекулы, белки и кристаллы

Модель для любого формата

Модель для вашей программы

Другие способы применения

ИИ-генератор