Просмотр и преобразование PDB (Бесплатно)
Работает прямо в Chrome, Firefox, Safari и Edge.
Also from Innerscene: Circadian Lab, a free lighting calculator for room illuminance, melanopic EML, and glare.
Опишите соединение, белок или кристалл. ИИ найдёт его в PubChem или Protein Data Bank либо построит и откроет здесь.
Создайте модель с помощью ИИ
Опишите, что вам нужно, или добавьте фото, и ИИ построит модель в натуральную величину прямо в просмотрщике. Попросите изменения в чате, затем экспортируйте. Бесплатно, с вашим ключом Anthropic или OpenAI.
Открыть ИИ-генераторЧто такое файл PDB?
Файл .pdb представляет собой обычный текст в фиксированных колонках. Записи ATOM и HETATM задают каждому атому имя, элемент, остаток, цепь и координаты; записи HELIX и SHEET отмечают вторичную структуру; записи CONECT перечисляют связи лигандов и необычных остатков; CRYST1 задаёт элементарную ячейку кристалла; а блоки MODEL содержат модели ЯМР-ансамбля. Формат вмещает до 99 999 атомов и 62 цепей, поэтому самые большие записи Protein Data Bank публикуются только в PDBx/mmCIF.
Эту разметку используют три варианта. .ent является именем, которое архив wwPDB даёт своим файлам PDB (pdb1abc.ent). PDBQT, который записывают AutoDock Tools, Open Babel и Meeko для AutoDock и AutoDock Vina, добавляет частичные заряды и типы атомов AutoDock для рецепторов и лигандов докинга. PQR, который записывает PDB2PQR для APBS, помещает заряд и радиус каждого атома в колонки, где в PDB стоят заселённость и температурный фактор.
Для малых молекул есть просмотрщик SDF и MOL; для всех молекулярных форматов на одной странице есть просмотрщик молекул.
Кто использует файлы PDB?
Структурные биологи и биохимики, команды по разработке лекарств, разбирающие результаты докинга, студенты и преподаватели биологии и химии, биоинформатики, научные иллюстраторы, а также дизайнеры, которым нужен настоящий белок для рендера, анимации или модели, напечатанной на 3D-принтере.
Типичные задачи
- Посмотреть белок из RCSB PDB, PDBe или PDBj, не устанавливая PyMOL или ChimeraX
- Проверить результат докинга: рецептор и пристыкованный лиганд из AutoDock Vina в формате PDBQT
- Показать структуру группе или клиенту по ссылке, которая открывается в любом браузере
- Экспортировать белок в STL или 3MF для модели, напечатанной на 3D-принтере
- Перенести белок в Blender, игровой движок или сцену AR в формате GLB, FBX или USDZ
Возможности
Открывает файлы .pdb
Структуры Protein Data Bank, файлы .ent из wwPDB, AutoDock PDBQT и APBS PQR.
Ленточная модель каждой цепи
Спирали и тяжи лентами по данным файла или по Cα-трассе; одна цепь окрашена от синего к красному, несколько цепей каждая своим цветом.
ДНК и РНК
Нуклеиновые кислоты в виде трубки вдоль остова с основаниями в виде палочек.
Лиганды шаростержневой моделью
Связанные лиганды, кофакторы и ионы показаны шаростержневой моделью и окрашены по элементам.
Слои для включения
Атомы полимера палочками, водороды, вода, заполнение пространства и элементарная ячейка, каждый на своём слое.
Экспорт в GLB, STL или USDZ
Сохраните структуру как GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX или USDZ для рендера, 3D-печати или AR, а вид как PNG.
Измерения в ангстремах
Щёлкните два атома, чтобы измерить расстояние между ними в Å.
Просмотр в VR
В браузере шлема молекула стоит на столе перед вами.
Ничего не загружается
Файл читается полностью в вашем браузере. Без аккаунта, без загрузки, без копии на сервере.
Ссылка и встраивание
Отправьте ссылку, которая открывает молекулу в любом браузере, или встройте просмотрщик в свою страницу одним iframe.
Совместимость и особенности формата
Читаются записи ATOM, HETATM, HELIX, SHEET, CONECT и CRYST1. Элемент берётся из своей колонки или из имени атома, если эта колонка пуста (как во многих старых файлах и результатах докинга). Рисуются только первая модель многомодельного файла и первое альтернативное положение каждого атома. Файлы PDBQT и PQR открываются так же, их дополнительные колонки пропускаются.
Белки открываются в мультяшном (cartoon) представлении: спирали и тяжи показаны лентами, которые берутся из записей вторичной структуры в файле, если они есть, а если их нет, вычисляются по Cα-трассе; петли показаны круглой трубкой. Одна цепь окрашена вдоль последовательности от синего в начале до красного в конце; если цепей несколько, каждая получает свой цвет. ДНК и РНК открываются трубкой вдоль остова с основаниями в виде палочек. Лиганды показаны шаростержневой моделью и окрашены по элементам (в цветах Jmol: углерод серый, кислород красный, азот синий, сера жёлтая).
Каждое представление является слоем, который можно включать и выключать: Cartoon (ленточная модель), Polymer atoms (все тяжёлые атомы цепей в виде палочек), Hydrogens (водороды), Ligands (лиганды), Water (вода), Space filling (каждый атом, кроме воды, в виде сферы с ван-дер-ваальсовым радиусом) и Unit cell (элементарная ячейка), если она задана в файле. При открытии файла включены Cartoon и лиганды; остальные слои ждут на панели «Слои».
Координаты читаются в ангстремах (Å) и сохраняют этот масштаб, поэтому инструмент измерения показывает расстояния в Å. Связи берутся из файла, где он их перечисляет, а остальные вычисляются по ковалентным радиусам. Очень большие структуры, например целый капсид вируса из миллионов атомов, открываются с ленточной моделью, а их атомы рисуются точками, чтобы браузер справлялся.
Встраивание на ваш сайт
Добавьте просмотрщик на свой сайт одной строкой HTML. Нажмите кнопку встраивания на панели инструментов или используйте пример ниже, указав URL своего файла.
Файлы остаются на вашем компьютере
Файлы полностью обрабатываются в браузере. Кнопка «Поделиться» загружает файл для создания ссылки. Общедоступные файлы хранятся 90 дней, затем удаляются.
Частые вопросы
▶Как открыть структуру из Protein Data Bank?
На странице записи на rcsb.org, PDBe или PDBj выберите Download Files и PDB Format (или PDBx/mmCIF для больших записей), затем перетащите файл в просмотрщик. Открываются оба формата.
▶Почему мой белок показан лентами?
Ленточная модель сразу показывает укладку каждой цепи. Чтобы увидеть все атомы, включите Polymer atoms (палочки) или Space filling (сферы) на панели «Слои», а Cartoon при желании выключите.
▶Открываются ли файлы PDBQT и PQR?
Да. Файлы PDBQT из AutoDock и AutoDock Vina (рецепторы, лиганды и позы докинга) и файлы PQR из APBS открываются как файлы PDB. Файл PDBQT с несколькими позами докинга показывает первую.
▶Какая модель ЯМР-структуры показывается?
Первая модель ансамбля. Остальные модели пропускаются при чтении и не рисуются.
▶Где водороды и вода?
Они лежат на своих слоях, Hydrogens и Water, которые сначала выключены, чтобы структура оставалась читаемой. Включите их на панели «Слои».
▶Можно ли напечатать молекулу на 3D-принтере?
Да. Экспортируйте STL или 3MF и откройте файл в слайсере. Тонкие ленты и палочки хрупки при малых размерах, поэтому для прочной печати перед экспортом включите Space filling (или шаростержневую модель для малой молекулы) и увеличьте модель в слайсере: один ангстрем в файле равен одной единице в экспорте.
▶Этот просмотрщик PDB правда бесплатный?
Да, полностью бесплатный. Без регистрации, без водяных знаков и без ограничения размера файла в просмотрщике (для необязательной функции ссылок загрузка ограничена 100 МБ). Его сделала компания Innerscene как инструмент для архитекторов, инженеров и дизайнеров.
▶Загружаются ли мои файлы на сервер?
Нет. Чтение, отрисовка и конвертация выполняются в вашем браузере: по умолчанию ничего не загружается, не хранится и не передаётся. Файл загружает только кнопка «Поделиться», и только когда вы сами её нажмёте.
▶Можно ли конвертировать файл в другой формат?
Да. Нажмите «Экспорт» на панели инструментов, чтобы сохранить структуру как GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX или USDZ, а вид как изображение PNG. В экспорт попадают включённые слои, поэтому сначала включите Space filling или Polymer atoms, если они нужны в файле. Записи в PDB или SDF нет: экспортируются 3D-модели того изображения, которое вы видите.
▶Можно ли встроить этот просмотрщик на свой сайт?
Да. Нажмите «Встроить» на панели инструментов, чтобы получить однострочный фрагмент <iframe>, который можно вставить в любую HTML-страницу. Можно выбрать, показывать ли во встроенном просмотрщике панель инструментов.