Просмотр и преобразование GRO (Бесплатно)
Работает прямо в Chrome, Firefox, Safari и Edge.
Also from Innerscene: Circadian Lab, a free lighting calculator for room illuminance, melanopic EML, and glare.
Опишите соединение, белок или кристалл. ИИ найдёт его в PubChem или Protein Data Bank либо построит и откроет здесь.
Создайте модель с помощью ИИ
Опишите, что вам нужно, или добавьте фото, и ИИ построит модель в натуральную величину прямо в просмотрщике. Попросите изменения в чате, затем экспортируйте. Бесплатно, с вашим ключом Anthropic или OpenAI.
Открыть ИИ-генераторЧто такое файл GRO?
Файл .gro представляет собой обычный текст. Первая строка содержит заголовок, вторая число атомов, а каждая строка атома задаёт номер и имя остатка, имя и номер атома и положение x, y и z в нанометрах, за которыми могут следовать скорости. Последняя строка описывает ячейку: три длины для прямоугольной ячейки, девять чисел для триклинной.
GROMACS записывает файлы .gro при построении системы (gmx pdb2gmx, gmx solvate, gmx genion) и в конце расчёта (confout.gro), а gmx trjconv записывает кадры траектории в формате .gro. Система обычно представляет собой белок или мембрану, окружённые тысячами молекул воды и ионов.
Для формата Protein Data Bank есть просмотрщик PDB; для всех молекулярных форматов на одной странице есть просмотрщик молекул.
Кто использует файлы GRO?
Исследователи и студенты, выполняющие молекулярную динамику в GROMACS, биофизики, моделирующие белки и мембраны, преподаватели курсов вычислительной химии и все, кто хочет быстро взглянуть на систему на ноутбуке, планшете или телефоне вдали от кластера.
Типичные задачи
- Проверить сольватированную систему с добавленными ионами перед запуском расчёта
- Посмотреть последний кадр моделирования, не копируя его на рабочую станцию с VMD
- Увидеть ячейку моделирования вокруг белка или мембраны
- Поделиться снимком с научным руководителем или коллегой по ссылке, которая открывается в любом браузере
- Экспортировать кадр в GLB или OBJ для рисунка, рендера или слайда
Возможности
Открывает файлы .gro
Структуры и снимки GROMACS с переводом из нанометров в ангстремы.
Ячейка моделирования
Прямоугольная ячейка рисуется как слой Unit cell.
Ленточная модель каждой цепи
Спирали и тяжи лентами по данным файла или по Cα-трассе; одна цепь окрашена от синего к красному, несколько цепей каждая своим цветом.
ДНК и РНК
Нуклеиновые кислоты в виде трубки вдоль остова с основаниями в виде палочек.
Лиганды шаростержневой моделью
Связанные лиганды, кофакторы и ионы показаны шаростержневой моделью и окрашены по элементам.
Вода и ионы на своих слоях
Вода сначала лежит на выключенном слое, чтобы был виден белок или мембрана.
Экспорт в GLB, STL или USDZ
Сохраните структуру как GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX или USDZ для рендера, 3D-печати или AR, а вид как PNG.
Измерения в ангстремах
Щёлкните два атома, чтобы измерить расстояние между ними в Å.
Просмотр в VR
В браузере шлема молекула стоит на столе перед вами.
Ничего не загружается
Файл читается полностью в вашем браузере. Без аккаунта, без загрузки, без копии на сервере.
Ссылка и встраивание
Отправьте ссылку, которая открывает молекулу в любом браузере, или встройте просмотрщик в свою страницу одним iframe.
Совместимость и особенности формата
Читаются строки атомов и строка ячейки. Положения переводятся из нанометров в ангстремы, поэтому структура имеет те же размеры, что и её файл PDB. Элемент каждого атома определяется по именам атома и остатка, а связи по ковалентным радиусам (в файле .gro связей нет). Прямоугольная ячейка рисуется как слой Unit cell. Скорости пропускаются, и из файла с несколькими кадрами рисуется только первый.
Белки открываются в мультяшном (cartoon) представлении: спирали и тяжи показаны лентами, которые берутся из записей вторичной структуры в файле, если они есть, а если их нет, вычисляются по Cα-трассе; петли показаны круглой трубкой. Одна цепь окрашена вдоль последовательности от синего в начале до красного в конце; если цепей несколько, каждая получает свой цвет. ДНК и РНК открываются трубкой вдоль остова с основаниями в виде палочек. Лиганды показаны шаростержневой моделью и окрашены по элементам (в цветах Jmol: углерод серый, кислород красный, азот синий, сера жёлтая).
Каждое представление является слоем, который можно включать и выключать: Cartoon (ленточная модель), Polymer atoms (все тяжёлые атомы цепей в виде палочек), Hydrogens (водороды), Ligands (лиганды), Water (вода), Space filling (каждый атом, кроме воды, в виде сферы с ван-дер-ваальсовым радиусом) и Unit cell (элементарная ячейка), если она задана в файле. При открытии файла включены Cartoon и лиганды; остальные слои ждут на панели «Слои».
Координаты читаются в ангстремах (Å) и сохраняют этот масштаб, поэтому инструмент измерения показывает расстояния в Å. Связи берутся из файла, где он их перечисляет, а остальные вычисляются по ковалентным радиусам. Очень большие структуры, например целый капсид вируса из миллионов атомов, открываются с ленточной моделью, а их атомы рисуются точками, чтобы браузер справлялся.
Встраивание на ваш сайт
Добавьте просмотрщик на свой сайт одной строкой HTML. Нажмите кнопку встраивания на панели инструментов или используйте пример ниже, указав URL своего файла.
Файлы остаются на вашем компьютере
Файлы полностью обрабатываются в браузере. Кнопка «Поделиться» загружает файл для создания ссылки. Общедоступные файлы хранятся 90 дней, затем удаляются.
Частые вопросы
▶Почему моя система открывается без воды?
Слой Water сначала выключен, чтобы был виден белок или мембрана. Включите его на панели «Слои», чтобы увидеть растворитель.
▶Какие единицы используются?
GROMACS хранит нанометры; просмотрщик переводит их в ангстремы, единицу остальных молекулярных форматов, и инструмент измерения показывает Å.
▶Показывается ли ячейка моделирования?
Прямоугольная показывается, как слой Unit cell, построенный по последней строке файла. Триклинная ячейка (девять чисел) пропускается.
▶Можно ли проиграть траекторию?
Нет. Просмотрщик рисует один кадр: первый в файле. Используйте gmx trjconv -dump, чтобы записать нужный кадр в отдельный файл .gro.
▶Как определяются связи?
В файле .gro связей нет, поэтому они выводятся из расстояния между атомами и их ковалентных радиусов.
▶Можно ли напечатать молекулу на 3D-принтере?
Да. Экспортируйте STL или 3MF и откройте файл в слайсере. Тонкие ленты и палочки хрупки при малых размерах, поэтому для прочной печати перед экспортом включите Space filling (или шаростержневую модель для малой молекулы) и увеличьте модель в слайсере: один ангстрем в файле равен одной единице в экспорте.
▶Этот просмотрщик GRO правда бесплатный?
Да, полностью бесплатный. Без регистрации, без водяных знаков и без ограничения размера файла в просмотрщике (для необязательной функции ссылок загрузка ограничена 100 МБ). Его сделала компания Innerscene как инструмент для архитекторов, инженеров и дизайнеров.
▶Загружаются ли мои файлы на сервер?
Нет. Чтение, отрисовка и конвертация выполняются в вашем браузере: по умолчанию ничего не загружается, не хранится и не передаётся. Файл загружает только кнопка «Поделиться», и только когда вы сами её нажмёте.
▶Можно ли конвертировать файл в другой формат?
Да. Нажмите «Экспорт» на панели инструментов, чтобы сохранить структуру как GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX или USDZ, а вид как изображение PNG. В экспорт попадают включённые слои, поэтому сначала включите Space filling или Polymer atoms, если они нужны в файле. Записи в PDB или SDF нет: экспортируются 3D-модели того изображения, которое вы видите.
▶Можно ли встроить этот просмотрщик на свой сайт?
Да. Нажмите «Встроить» на панели инструментов, чтобы получить однострочный фрагмент <iframe>, который можно вставить в любую HTML-страницу. Можно выбрать, показывать ли во встроенном просмотрщике панель инструментов.