Просмотр и преобразование SDF / MOL (Бесплатно)
Работает прямо в Chrome, Firefox, Safari и Edge.
Also from Innerscene: Circadian Lab, a free lighting calculator for room illuminance, melanopic EML, and glare.
Опишите соединение, белок или кристалл. ИИ найдёт его в PubChem или Protein Data Bank либо построит и откроет здесь.
Создайте модель с помощью ИИ
Опишите, что вам нужно, или добавьте фото, и ИИ построит модель в натуральную величину прямо в просмотрщике. Попросите изменения в чате, затем экспортируйте. Бесплатно, с вашим ключом Anthropic или OpenAI.
Открыть ИИ-генераторЧто такое файл SDF / MOL?
Файл .mol (MDL molfile) начинается с трёхстрочного заголовка и строки счётчиков, за которыми идут блок атомов (координаты и элемент каждого атома) и блок связей (два атома каждой связи и её порядок: одинарная, двойная, тройная или ароматическая). Классическая разметка V2000 использует фиксированные колонки; разметка V3000 записывает те же данные в строках M V30 и не имеет ограничения в 999 атомов.
Файл .sdf или .sd (structure-data file) представляет собой последовательность molfile, за каждым из которых идут именованные поля данных (идентификатор, название, измеренное значение), а завершает запись строка $$$$. PubChem, ChEMBL, ZINC и большинство поставщиков соединений распространяют свои библиотеки в виде SD-файлов.
Для белков есть просмотрщик PDB; для формата Tripos, которым пользуются программы докинга, есть просмотрщик MOL2; для всех молекулярных форматов на одной странице есть просмотрщик молекул.
Кто использует файлы SDF / MOL?
Химики-медики и химики-органики, хемоинформатики, работающие с библиотеками соединений, студенты и преподаватели химии, исследователи, скачивающие соединения из PubChem или ChEMBL, а также дизайнеры, которым нужна настоящая молекула (кофеин, душистое вещество, пигмент) для рендера, эскиза логотипа или 3D-печати.
Типичные задачи
- Посмотреть соединение, скачанное из PubChem, в виде 3D-конформера
- Пролистать молекулы SD-файла, по одному слою на молекулу
- Проверить связи и кольца структуры, нарисованной в ChemDraw или другом редакторе
- Поделиться молекулой по ссылке, которая открывается в любом браузере
- Экспортировать молекулу в STL или 3MF для модели, напечатанной на 3D-принтере, либо в GLB или USDZ для AR
Возможности
Открывает файлы .sdf и .mol
MDL molfile и SD-файлы в версиях V2000 и V3000.
Шаростержневая модель
Атомы окрашены по элементам, двойные, тройные и ароматические связи показаны параллельными цилиндрами.
Заполнение пространства
Слой, где каждый атом показан с его ван-дер-ваальсовым радиусом.
Один слой на молекулу
Файл со многими молекулами открывается так, что каждая лежит на своём слое с именем из файла.
Соединения PubChem
3D-конформер из PubChem открывается с названием соединения из его записи.
Экспорт в GLB, STL или USDZ
Сохраните структуру как GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX или USDZ для рендера, 3D-печати или AR, а вид как PNG.
Измерения в ангстремах
Щёлкните два атома, чтобы измерить расстояние между ними в Å.
Просмотр в VR
В браузере шлема молекула стоит на столе перед вами.
Ничего не загружается
Файл читается полностью в вашем браузере. Без аккаунта, без загрузки, без копии на сервере.
Ссылка и встраивание
Отправьте ссылку, которая открывает молекулу в любом браузере, или встройте просмотрщик в свою страницу одним iframe.
Совместимость и особенности формата
Открываются molfile версий V2000 и V3000, отдельно или как записи SD-файла. Атомы, связи и порядки связей берутся из файла. Файл только с 2D-координатами (плоский рисунок из редактора) открывается плоским, таким, каков этот рисунок; для трёхмерной молекулы скачайте 3D-конформер из PubChem.
Молекула открывается шаростержневой моделью, каждый атом окрашен по элементу в цветах Jmol, двойные и тройные связи показаны двумя или тремя параллельными цилиндрами, а ароматические связи парой. Слой Space filling показывает каждый атом с его ван-дер-ваальсовым радиусом. SD-файл со многими молекулами открывается с одним слоем на молекулу (первые 200 из них; строка состояния сообщает число остальных), так что их можно показывать по одной или все вместе.
Координаты читаются в ангстремах (Å) и сохраняют этот масштаб, поэтому инструмент измерения показывает расстояния в Å. Связи берутся из файла, где он их перечисляет, а остальные вычисляются по ковалентным радиусам. Очень большие структуры, например целый капсид вируса из миллионов атомов, открываются с ленточной моделью, а их атомы рисуются точками, чтобы браузер справлялся.
Встраивание на ваш сайт
Добавьте просмотрщик на свой сайт одной строкой HTML. Нажмите кнопку встраивания на панели инструментов или используйте пример ниже, указав URL своего файла.
Файлы остаются на вашем компьютере
Файлы полностью обрабатываются в браузере. Кнопка «Поделиться» загружает файл для создания ссылки. Общедоступные файлы хранятся 90 дней, затем удаляются.
Частые вопросы
▶Какие версии molfile открываются?
V2000 и V3000, как отдельные файлы .mol или как записи файла .sdf или .sd.
▶Как показываются молекулы SD-файла?
Каждая молекула лежит на своём слое, поэтому панель «Слои» перечисляет их по именам. Включайте и выключайте слои, чтобы рассмотреть одну молекулу или сравнить несколько.
▶Почему моя молекула плоская?
В файле 2D-координаты: это рисунок из редактора, где все значения z равны нулю. Просмотрщик рисует атомы там, где их размещает файл. PubChem предлагает 3D-конформер большинства соединений в разделе Download, 3D Conformer, SDF.
▶Показываются ли двойные и ароматические связи?
Да. Двойные связи рисуются двумя параллельными цилиндрами, тройные тремя, а ароматические парой, в плоскости соседних атомов.
▶Показываются ли поля данных SD-файла?
Название молекулы становится именем её слоя. Остальные поля данных пропускаются при чтении.
▶Можно ли напечатать молекулу на 3D-принтере?
Да. Экспортируйте STL или 3MF и откройте файл в слайсере. Тонкие ленты и палочки хрупки при малых размерах, поэтому для прочной печати перед экспортом включите Space filling (или шаростержневую модель для малой молекулы) и увеличьте модель в слайсере: один ангстрем в файле равен одной единице в экспорте.
▶Этот просмотрщик SDF / MOL правда бесплатный?
Да, полностью бесплатный. Без регистрации, без водяных знаков и без ограничения размера файла в просмотрщике (для необязательной функции ссылок загрузка ограничена 100 МБ). Его сделала компания Innerscene как инструмент для архитекторов, инженеров и дизайнеров.
▶Загружаются ли мои файлы на сервер?
Нет. Чтение, отрисовка и конвертация выполняются в вашем браузере: по умолчанию ничего не загружается, не хранится и не передаётся. Файл загружает только кнопка «Поделиться», и только когда вы сами её нажмёте.
▶Можно ли конвертировать файл в другой формат?
Да. Нажмите «Экспорт» на панели инструментов, чтобы сохранить структуру как GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX или USDZ, а вид как изображение PNG. В экспорт попадают включённые слои, поэтому сначала включите Space filling или Polymer atoms, если они нужны в файле. Записи в PDB или SDF нет: экспортируются 3D-модели того изображения, которое вы видите.
▶Можно ли встроить этот просмотрщик на свой сайт?
Да. Нажмите «Встроить» на панели инструментов, чтобы получить однострочный фрагмент <iframe>, который можно вставить в любую HTML-страницу. Можно выбрать, показывать ли во встроенном просмотрщике панель инструментов.