Просмотр и преобразование CIF (Бесплатно)
Работает прямо в Chrome, Firefox, Safari и Edge.
Also from Innerscene: Circadian Lab, a free lighting calculator for room illuminance, melanopic EML, and glare.
Опишите соединение, белок или кристалл. ИИ найдёт его в PubChem или Protein Data Bank либо построит и откроет здесь.
Создайте модель с помощью ИИ
Опишите, что вам нужно, или добавьте фото, и ИИ построит модель в натуральную величину прямо в просмотрщике. Попросите изменения в чате, затем экспортируйте. Бесплатно, с вашим ключом Anthropic или OpenAI.
Открыть ИИ-генераторЧто такое файл CIF?
Файл CIF представляет собой список именованных элементов и таблиц (блоков loop_) в синтаксисе STAR. Его используют два словаря. PDBx/mmCIF является архивным форматом Protein Data Bank: _atom_site перечисляет все атомы с остатком, цепью и декартовыми координатами, _struct_conf и _struct_sheet_range отмечают спирали и тяжи, а _struct_conn перечисляет связи между остатками и лигандами. Ограничений на число атомов и цепей нет, поэтому большие комплексы, такие как рибосомы, публикуются только в mmCIF.
CIF малых молекул кристаллографы депонируют в Кембриджский центр кристаллографических данных (CCDC), Crystallography Open Database (COD) и журналы IUCr. Он задаёт элементарную ячейку (_cell_length_a и углы), пространственную группу и дробные координаты атомов асимметричной единицы.
Для более старого формата Protein Data Bank есть просмотрщик PDB; для всех молекулярных форматов на одной странице есть просмотрщик молекул.
Кто использует файлы CIF?
Кристаллографы и структурные биологи, химики и материаловеды, читающие структуры из CCDC или COD, студенты химии, минералогии и биологии, а также дизайнеры и архитекторы, которым нужна геометрия настоящего кристалла или белка для рендера, узора или 3D-печати.
Типичные задачи
- Открыть большую запись Protein Data Bank, опубликованную только в PDBx/mmCIF
- Посмотреть кристаллическую структуру из COD или из дополнительных материалов журнала вместе с её элементарной ячейкой
- Проверить структуру перед семинаром группы или лекцией, не открывая Mercury, PyMOL или ChimeraX
- Поделиться кристаллом или белком по ссылке, которая открывается в любом браузере
- Экспортировать структуру в STL, 3MF, GLB или OBJ для печати, рендера или игрового движка
Возможности
Открывает файлы .cif
PDBx/mmCIF из Protein Data Bank и CIF малых молекул из CCDC, COD и журналов.
Кристаллы в элементарной ячейке
Дробные координаты переводятся в ангстремы, а элементарная ячейка рисуется рамкой вокруг атомов.
Ленточная модель каждой цепи
Спирали и тяжи лентами по данным файла или по Cα-трассе; одна цепь окрашена от синего к красному, несколько цепей каждая своим цветом.
ДНК и РНК
Нуклеиновые кислоты в виде трубки вдоль остова с основаниями в виде палочек.
Лиганды шаростержневой моделью
Связанные лиганды, кофакторы и ионы показаны шаростержневой моделью и окрашены по элементам.
Слои для включения
Атомы полимера, водороды, вода, заполнение пространства и элементарная ячейка, каждый на своём слое.
Экспорт в GLB, STL или USDZ
Сохраните структуру как GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX или USDZ для рендера, 3D-печати или AR, а вид как PNG.
Измерения в ангстремах
Щёлкните два атома, чтобы измерить расстояние между ними в Å.
Просмотр в VR
В браузере шлема молекула стоит на столе перед вами.
Ничего не загружается
Файл читается полностью в вашем браузере. Без аккаунта, без загрузки, без копии на сервере.
Ссылка и встраивание
Отправьте ссылку, которая открывает молекулу в любом браузере, или встройте просмотрщик в свою страницу одним iframe.
Совместимость и особенности формата
Читается первый блок данных с координатами атомов (начальный блок с библиографическими данными пропускается). В mmCIF используются _atom_site (первая модель, одно альтернативное положение на остаток), _struct_conf, _struct_sheet_range и _struct_conn. В CIF малых молекул элементарная ячейка и дробные координаты переводятся в декартовы ангстремы; рисуются атомы, перечисленные в файле (асимметричная единица), а элементарная ячейка показана рамкой вокруг них.
Белки открываются в мультяшном (cartoon) представлении: спирали и тяжи показаны лентами, которые берутся из записей вторичной структуры в файле, если они есть, а если их нет, вычисляются по Cα-трассе; петли показаны круглой трубкой. Одна цепь окрашена вдоль последовательности от синего в начале до красного в конце; если цепей несколько, каждая получает свой цвет. ДНК и РНК открываются трубкой вдоль остова с основаниями в виде палочек. Лиганды показаны шаростержневой моделью и окрашены по элементам (в цветах Jmol: углерод серый, кислород красный, азот синий, сера жёлтая).
Каждое представление является слоем, который можно включать и выключать: Cartoon (ленточная модель), Polymer atoms (все тяжёлые атомы цепей в виде палочек), Hydrogens (водороды), Ligands (лиганды), Water (вода), Space filling (каждый атом, кроме воды, в виде сферы с ван-дер-ваальсовым радиусом) и Unit cell (элементарная ячейка), если она задана в файле. При открытии файла включены Cartoon и лиганды; остальные слои ждут на панели «Слои».
Кристалл малой молекулы открывается шаростержневой моделью с включённым слоем Unit cell; у макромолекулы элементарная ячейка сначала скрыта.
Координаты читаются в ангстремах (Å) и сохраняют этот масштаб, поэтому инструмент измерения показывает расстояния в Å. Связи берутся из файла, где он их перечисляет, а остальные вычисляются по ковалентным радиусам. Очень большие структуры, например целый капсид вируса из миллионов атомов, открываются с ленточной моделью, а их атомы рисуются точками, чтобы браузер справлялся.
Встраивание на ваш сайт
Добавьте просмотрщик на свой сайт одной строкой HTML. Нажмите кнопку встраивания на панели инструментов или используйте пример ниже, указав URL своего файла.
Файлы остаются на вашем компьютере
Файлы полностью обрабатываются в браузере. Кнопка «Поделиться» загружает файл для создания ссылки. Общедоступные файлы хранятся 90 дней, затем удаляются.
Частые вопросы
▶Открываются ли и mmCIF, и CIF малых молекул?
Да. Файл PDBx/mmCIF из Protein Data Bank открывается ленточной моделью цепей с лигандами; кристаллографический CIF из CCDC, COD или журнала открывается шаростержневой моделью внутри элементарной ячейки. Просмотрщик различает их по содержимому.
▶Строится ли упаковка кристалла по симметрии?
Нет. Рисуются атомы, перечисленные в файле, то есть для CIF малых молекул асимметричная единица, а вокруг неё показана элементарная ячейка.
▶В моём файле CIF несколько структур. Какая откроется?
Первая структура с координатами атомов; блок с библиографическими данными в начале файла пропускается. Чтобы посмотреть другую структуру, сохраните её блок в отдельный файл.
▶Можно ли открыть очень большие структуры, у которых нет файла PDB?
Да. Рибосомы, вирусные капсиды и другие записи, опубликованные только в mmCIF, открываются с ленточной моделью; если в слое больше четверти миллиона атомов, атомы рисуются точками, чтобы браузер справлялся.
▶Где водороды и вода?
На своих слоях, Hydrogens и Water, которые сначала выключены. Включите их на панели «Слои».
▶Можно ли напечатать молекулу на 3D-принтере?
Да. Экспортируйте STL или 3MF и откройте файл в слайсере. Тонкие ленты и палочки хрупки при малых размерах, поэтому для прочной печати перед экспортом включите Space filling (или шаростержневую модель для малой молекулы) и увеличьте модель в слайсере: один ангстрем в файле равен одной единице в экспорте.
▶Этот просмотрщик CIF правда бесплатный?
Да, полностью бесплатный. Без регистрации, без водяных знаков и без ограничения размера файла в просмотрщике (для необязательной функции ссылок загрузка ограничена 100 МБ). Его сделала компания Innerscene как инструмент для архитекторов, инженеров и дизайнеров.
▶Загружаются ли мои файлы на сервер?
Нет. Чтение, отрисовка и конвертация выполняются в вашем браузере: по умолчанию ничего не загружается, не хранится и не передаётся. Файл загружает только кнопка «Поделиться», и только когда вы сами её нажмёте.
▶Можно ли конвертировать файл в другой формат?
Да. Нажмите «Экспорт» на панели инструментов, чтобы сохранить структуру как GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX или USDZ, а вид как изображение PNG. В экспорт попадают включённые слои, поэтому сначала включите Space filling или Polymer atoms, если они нужны в файле. Записи в PDB или SDF нет: экспортируются 3D-модели того изображения, которое вы видите.
▶Можно ли встроить этот просмотрщик на свой сайт?
Да. Нажмите «Встроить» на панели инструментов, чтобы получить однострочный фрагмент <iframe>, который можно вставить в любую HTML-страницу. Можно выбрать, показывать ли во встроенном просмотрщике панель инструментов.