Просмотр и преобразование MOL2 (Бесплатно)
Работает прямо в Chrome, Firefox, Safari и Edge.
Also from Innerscene: Circadian Lab, a free lighting calculator for room illuminance, melanopic EML, and glare.
Опишите соединение, белок или кристалл. ИИ найдёт его в PubChem или Protein Data Bank либо построит и откроет здесь.
Создайте модель с помощью ИИ
Опишите, что вам нужно, или добавьте фото, и ИИ построит модель в натуральную величину прямо в просмотрщике. Попросите изменения в чате, затем экспортируйте. Бесплатно, с вашим ключом Anthropic или OpenAI.
Открыть ИИ-генераторЧто такое файл MOL2?
Файл .mol2 представляет собой обычный текст из разделов, которые начинаются с тега @<TRIPOS>. @<TRIPOS>MOLECULE называет молекулу и задаёт её счётчики, @<TRIPOS>ATOM перечисляет каждый атом с именем, координатами, типом атома SYBYL (например, C.ar для ароматического углерода или N.am для амидного азота), остатком и частичным зарядом, а @<TRIPOS>BOND перечисляет каждую связь с её типом (1, 2, 3, ar, am).
Файл может содержать много молекул подряд; так часто распространяют библиотеки для докинга и наборы для виртуального скрининга. UCSF Chimera и ChimeraX, Open Babel, AutoDock Tools, DOCK, GOLD и SYBYL читают и записывают этот формат.
Для форматов MDL есть просмотрщик SDF и MOL; для белков есть просмотрщик PDB; для всех молекулярных форматов на одной странице есть просмотрщик молекул.
Кто использует файлы MOL2?
Вычислительные химики и команды по разработке лекарств, готовящие лиганды и рецепторы к докингу, исследователи, работающие с библиотеками для виртуального скрининга, студенты курсов молекулярного моделирования и все, кому прислали файл .mol2, а Chimera или SYBYL под рукой нет.
Типичные задачи
- Проверить лиганд, подготовленный для докинга, перед запуском расчёта
- Просмотреть молекулы библиотеки для скрининга, по одному слою на молекулу
- Сравнить позы докинга или конформеры, сохранённые вместе в одном файле
- Поделиться лигандом для докинга с коллегой по ссылке, которая открывается в любом браузере
- Экспортировать молекулу в GLB, OBJ или STL для рендера, слайда или 3D-печати
Возможности
Открывает файлы .mol2
Файлы Tripos MOL2 с одной или многими молекулами.
Чтение типов SYBYL
Элементы по типам атомов SYBYL и порядки связей по типам связей, включая ароматические.
Шаростержневая модель
Атомы окрашены по элементам, двойные, тройные и ароматические связи показаны параллельными цилиндрами.
Заполнение пространства
Слой, где каждый атом показан с его ван-дер-ваальсовым радиусом.
Один слой на молекулу
Файл со многими молекулами открывается так, что каждая лежит на своём слое с именем из файла.
Экспорт в GLB, STL или USDZ
Сохраните структуру как GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX или USDZ для рендера, 3D-печати или AR, а вид как PNG.
Измерения в ангстремах
Щёлкните два атома, чтобы измерить расстояние между ними в Å.
Просмотр в VR
В браузере шлема молекула стоит на столе перед вами.
Ничего не загружается
Файл читается полностью в вашем браузере. Без аккаунта, без загрузки, без копии на сервере.
Ссылка и встраивание
Отправьте ссылку, которая открывает молекулу в любом браузере, или встройте просмотрщик в свою страницу одним iframe.
Совместимость и особенности формата
Читаются разделы MOLECULE, ATOM и BOND. Элемент определяется по типу атома SYBYL, а типы связей становятся одинарными, двойными, тройными и ароматическими связями; амидные связи рисуются как одинарные. Файл со многими молекулами открывается с одним слоем на молекулу, названным по её разделу MOLECULE, для первых 200 молекул; строка состояния сообщает число остальных.
Молекулы открываются шаростержневой моделью, окрашенной по элементам в цветах Jmol, с двойными и тройными связями в виде параллельных цилиндров и слоем Space filling рядом.
Координаты читаются в ангстремах (Å) и сохраняют этот масштаб, поэтому инструмент измерения показывает расстояния в Å. Связи берутся из файла, где он их перечисляет, а остальные вычисляются по ковалентным радиусам. Очень большие структуры, например целый капсид вируса из миллионов атомов, открываются с ленточной моделью, а их атомы рисуются точками, чтобы браузер справлялся.
Встраивание на ваш сайт
Добавьте просмотрщик на свой сайт одной строкой HTML. Нажмите кнопку встраивания на панели инструментов или используйте пример ниже, указав URL своего файла.
Файлы остаются на вашем компьютере
Файлы полностью обрабатываются в браузере. Кнопка «Поделиться» загружает файл для создания ссылки. Общедоступные файлы хранятся 90 дней, затем удаляются.
Частые вопросы
▶Открывается ли файл MOL2 со многими молекулами?
Да. Каждая молекула лежит на своём слое, названном по её разделу MOLECULE, так что можно показать одну, несколько или все.
▶Используются ли типы атомов и типы связей SYBYL?
Да. Элемент каждого атома определяется по его типу SYBYL (C.3, C.ar, N.pl3 и так далее), а типы связей 1, 2, 3 и ar рисуются как одинарные, двойные, тройные и ароматические связи.
▶Показываются ли частичные заряды?
Нет. Атомы окрашены по элементам; колонка зарядов пропускается при чтении.
▶Сколько молекул библиотеки рисуется?
Первые 200 молекул файла, каждая на своём слое. Строка состояния сообщает, сколько молекул в файле, так что понятно, когда большую библиотеку стоит разбить на файлы поменьше.
▶Нужны ли Chimera, SYBYL или Open Babel?
Нет. Файл читается и рисуется в вашем браузере, на любом компьютере, планшете или телефоне.
▶Можно ли напечатать молекулу на 3D-принтере?
Да. Экспортируйте STL или 3MF и откройте файл в слайсере. Тонкие ленты и палочки хрупки при малых размерах, поэтому для прочной печати перед экспортом включите Space filling (или шаростержневую модель для малой молекулы) и увеличьте модель в слайсере: один ангстрем в файле равен одной единице в экспорте.
▶Этот просмотрщик MOL2 правда бесплатный?
Да, полностью бесплатный. Без регистрации, без водяных знаков и без ограничения размера файла в просмотрщике (для необязательной функции ссылок загрузка ограничена 100 МБ). Его сделала компания Innerscene как инструмент для архитекторов, инженеров и дизайнеров.
▶Загружаются ли мои файлы на сервер?
Нет. Чтение, отрисовка и конвертация выполняются в вашем браузере: по умолчанию ничего не загружается, не хранится и не передаётся. Файл загружает только кнопка «Поделиться», и только когда вы сами её нажмёте.
▶Можно ли конвертировать файл в другой формат?
Да. Нажмите «Экспорт» на панели инструментов, чтобы сохранить структуру как GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX или USDZ, а вид как изображение PNG. В экспорт попадают включённые слои, поэтому сначала включите Space filling или Polymer atoms, если они нужны в файле. Записи в PDB или SDF нет: экспортируются 3D-модели того изображения, которое вы видите.
▶Можно ли встроить этот просмотрщик на свой сайт?
Да. Нажмите «Встроить» на панели инструментов, чтобы получить однострочный фрагмент <iframe>, который можно вставить в любую HTML-страницу. Можно выбрать, показывать ли во встроенном просмотрщике панель инструментов.