Visionneuse de structures de protéines par IA Depuis la Protein Data Bank, gratuit

Décrivez une protéine, une structure d’ADN ou d’ARN ou un complexe avec des mots simples : l’IA cherche dans la Protein Data Bank, choisit une entrée correspondante et l’ouvre dans la visionneuse. Vous pouvez donner un identifiant PDB, ou décrire la structure : l’organisme, un médicament ou un ligand lié, ou la méthode expérimentale. Chaque structure affichée est une entrée expérimentale de la PDB.

Gratuit. Utilisez votre propre clé Anthropic ou OpenAI.

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Un exemple de structure

Un fichier d’exemple de la visionneuse, issu des mêmes sources que celles de l’IA : PubChem, la Protein Data Bank, la Crystallography Open Database ou un réseau cristallin de manuel.

Télécharger le fichier PDB

Voir comment ça marche

Comment ça marche

  1. 1. Décrivez-le ou ajoutez une photoÉcrivez ce que vous voulez avec des mots simples, avec les dimensions si vous les connaissez, ou ajoutez une photo comme référence. Décrivez un objet ou une personne.
  2. 2. L’IA le construit et le vérifiePour un objet, l’IA écrit un programme OpenSCAD ; pour une personne, elle règle le générateur de personnages. Elle examine six vues rendues du résultat et corrige ce qui ne va pas, jusqu’à cinq générations par message.
  3. 3. Affinez et exportezLe modèle s’ouvre dans la visionneuse en taille réelle. Demandez des modifications dans la conversation, déplacez les curseurs, puis téléchargez-le ou choisissez un format dans le menu Exporter.

Pourquoi le créer ici avec l’IA

  • Aucun identifiant PDB n’est nécessaire : l’IA cherche à partir de la description, compare les entrées trouvées par titre, méthode et résolution, et nomme celle qu’elle charge.
  • Les chaînes sont dessinées en cartoon, chacune dans sa couleur, avec hélices et brins, et les ligands, cofacteurs et ions liés en boules et bâtonnets.
  • L’ADN et l’ARN s’affichent en tube le long du squelette avec les bases en bâtonnets, et un calque de remplissage spatial est à un clic.

Exemples de demandes

Cliquez sur une demande pour l’ouvrir dans le panneau IA, puis adaptez les dimensions.

Récupérer la protéine

  1. Téléchargez le mmCIF depuis la liste des versions du panneau IA, ou notez l’identifiant PDB pour récupérer l’entrée ailleurs.
  2. Pour un rendu, la réalité augmentée ou une impression 3D, ouvrez le menu Exporter et choisissez GLB, USDZ, STL ou un autre format.
  3. Enregistrez un PNG de la vue, ou une page HTML autonome qui ouvre la protéine en 3D dans n’importe quel navigateur.

Le mmCIF est l’entrée telle que publiée dans la Protein Data Bank. Les exports 3D sont des maillages du cartoon et des ligands tels qu’ils sont dessinés : une protéine imprimée a donc généralement besoin de supports.

Meilleurs formats d’export: GLB, USDZ, STL, HTML

Ouvrir des fichiers Visionneuse de structures de protéines par IA dans la visionneuse Visionneuse de structures de protéines par IA gratuite

Bon à savoir

Seules les structures résolues et publiées dans la Protein Data Bank peuvent être affichées. L’outil ne fait aucune prédiction de structure : une protéine sans structure expérimentale ne peut donc pas être créée.

Coût et confidentialité

Vous utilisez votre propre clé API Anthropic ou OpenAI. Elle est enregistrée uniquement dans votre navigateur et envoyée uniquement à ce fournisseur, qui vous facture directement : un modèle coûte généralement de $0.05 à $0.30 en qualité Standard et jusqu’à environ $1 en qualité Détaillée, et Innerscene ne facture rien. Votre clé et vos demandes ne sont pas envoyées à Innerscene ; nous enregistrons des statistiques d’utilisation anonymes comme les étapes utilisées, le modèle choisi, le nombre de tokens, une estimation du coût et si un modèle a été créé.

Comment obtenir une clé API Anthropic ou OpenAI

Lire le guide complet : clés API, affinage et export

Questions

▶D’où viennent les structures de protéines ?
De la Protein Data Bank (RCSB PDB). Chaque protéine, acide nucléique et complexe affiché est une structure expérimentale obtenue par cristallographie aux rayons X, cryo-microscopie électronique ou RMN, chargée directement depuis l’entrée publiée.
▶Peut-elle prédire la structure d’une nouvelle protéine ?
Non. L’outil affiche des structures qui existent déjà dans la Protein Data Bank et ne fait ni repliement ni prédiction de structure.
▶Dois-je connaître l’identifiant PDB ?
Non. Décrivez la structure et l’IA la cherche dans la PDB. Si vous connaissez l’identifiant, par exemple 4HHB, indiquez-le et l’IA charge directement cette entrée.
▶Puis-je ouvrir mes propres fichiers PDB ?
Oui. Déposez un fichier .pdb, .cif, .pdbqt ou .pqr sur la visionneuse, ou utilisez la visionneuse PDB gratuite. Les fichiers s’ouvrent dans votre navigateur et ne sont pas envoyés.

Ce qu’il peut créer

Plans et aménagements

Molécules, protéines et cristaux

Créer un modèle pour chaque format

Créer un modèle pour votre logiciel

Autres usages

Générateur IA