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Qu’est-ce qu’un fichier PDB ?

Un fichier .pdb est du texte brut en colonnes fixes. Les enregistrements ATOM et HETATM donnent à chaque atome son nom, son élément, son résidu, sa chaîne et ses coordonnées ; les enregistrements HELIX et SHEET marquent la structure secondaire ; les enregistrements CONECT listent les liaisons des ligands et des résidus inhabituels ; CRYST1 donne la maille élémentaire du cristal ; et les blocs MODEL contiennent les modèles d’un ensemble RMN. Le format accepte au plus 99 999 atomes et 62 chaînes, c’est pourquoi les plus grandes entrées de la Protein Data Bank sont publiées uniquement en PDBx/mmCIF.

Trois variantes partagent cette disposition. .ent est le nom que l’archive wwPDB donne à ses fichiers PDB (pdb1abc.ent). PDBQT, écrit par AutoDock Tools, Open Babel et Meeko pour AutoDock et AutoDock Vina, ajoute les charges partielles et les types d’atomes AutoDock pour les récepteurs et les ligands de docking. PQR, écrit par PDB2PQR pour APBS, place la charge et le rayon de chaque atome dans les colonnes que PDB utilise pour l’occupation et le facteur de température.

Pour les petites molécules, voir la visionneuse SDF et MOL ; pour tous les formats moléculaires sur une seule page, la visionneuse de molécules.

Qui utilise les fichiers PDB ?

Les biologistes structuraux et les biochimistes, les équipes de découverte de médicaments qui lisent des résultats de docking, les élèves, les étudiants et les enseignants en biologie et en chimie, les bio-informaticiens, les illustrateurs scientifiques et les designers qui veulent une vraie protéine pour un rendu, une animation ou un modèle imprimé en 3D.

Cas d’usage courants

• Regarder une protéine de la RCSB PDB, de PDBe ou de PDBj sans installer PyMOL ni ChimeraX
• Vérifier un résultat de docking : le récepteur et le ligand docké par AutoDock Vina en PDBQT
• Montrer une structure à une classe ou à un client grâce à un lien qui s’ouvre dans n’importe quel navigateur
• Exporter une protéine en STL ou 3MF pour un modèle imprimé en 3D
• Importer une protéine dans Blender, un moteur de jeu ou une scène de réalité augmentée en GLB, FBX ou USDZ

Fonctionnalités

Compatibilité et notes sur le format

Les enregistrements ATOM, HETATM, HELIX, SHEET, CONECT et CRYST1 sont lus. L’élément est pris dans sa propre colonne, ou dans le nom de l’atome lorsque cette colonne est vide (comme dans de nombreux fichiers anciens et sorties de docking). Seuls le premier modèle d’un fichier à plusieurs modèles et la première position alternative de chaque atome sont dessinés. Les fichiers PDBQT et PQR s’ouvrent de la même façon, leurs colonnes supplémentaires étant ignorées.

Les protéines s’ouvrent en cartoon : hélices et brins en rubans, repris des enregistrements de structure secondaire du fichier lorsqu’il en contient et calculés à partir de la trace des Cα dans le cas contraire, avec les boucles en tube arrondi. Une chaîne unique est colorée le long de sa séquence, du bleu au début au rouge à la fin ; lorsqu’il y a plusieurs chaînes, chacune reçoit sa propre couleur. L’ADN et l’ARN s’ouvrent en tube le long du squelette, avec les bases en bâtonnets. Les ligands sont dessinés en boules et bâtonnets, colorés par élément (carbone gris, oxygène rouge, azote bleu, soufre jaune, dans les couleurs Jmol).

Chaque représentation est un calque que vous pouvez activer ou désactiver : Cartoon, Polymer atoms (tous les atomes lourds des chaînes en bâtonnets), Hydrogens (hydrogènes), Ligands, Water (eau), Space filling (chaque atome sauf l’eau en sphère à son rayon de van der Waals) et Unit cell (maille élémentaire) lorsque le fichier en donne une. Cartoon et Ligands sont activés à l’ouverture du fichier ; les autres calques attendent dans le panneau des calques.

Les coordonnées sont lues en ångströms (Å) et conservées à cette échelle, de sorte que l’outil de mesure donne les distances en Å. Les liaisons sont reprises du fichier lorsqu’il les liste et calculées à partir des rayons covalents pour les autres. Les très grandes structures, comme une capside virale entière de plusieurs millions d’atomes, s’ouvrent avec le cartoon et leurs atomes dessinés en points pour que le navigateur suive.

Questions fréquentes

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