Visualisez et convertissez SDF / MOL (Sans Inscription)
Fonctionne directement dans Chrome, Firefox, Safari et Edge.
Également chez Innerscene : Circadian Lab, un calculateur d’éclairage gratuit pour l’éclairement d’une pièce, l’EML mélanopique et l’éblouissement.
Décrivez un composé, une protéine ou un cristal. L’IA le trouve dans PubChem ou la Protein Data Bank, ou le construit, et l’ouvre ici.
Créez un modèle avec l’IA
Décrivez ce dont vous avez besoin, ou ajoutez une photo, et l’IA le construit à taille réelle dans la visionneuse. Demandez des modifications dans le chat, puis exportez-le. Gratuit, avec votre propre clé Anthropic ou OpenAI.
Ouvrir le Générateur IAQu’est-ce qu’un fichier SDF / MOL ?
Un fichier .mol (molfile MDL) commence par un en-tête de trois lignes et une ligne de comptage, suivis d’un bloc d’atomes (coordonnées et élément de chaque atome) et d’un bloc de liaisons (les deux atomes de chaque liaison et son ordre : simple, double, triple ou aromatique). La disposition classique V2000 utilise des colonnes fixes ; la disposition V3000 écrit les mêmes données dans des lignes M V30 et ne connaît pas la limite de 999 atomes.
Un fichier .sdf ou .sd (structure-data file) est une suite de molfiles, chacun suivi de champs de données nommés (un identifiant, un nom, une valeur mesurée) et terminé par une ligne $$$$. PubChem, ChEMBL, ZINC et la plupart des fournisseurs de composés livrent leurs chimiothèques en fichiers SD.
Pour les protéines, voir la visionneuse PDB ; pour le format Tripos qu’utilisent les programmes de docking, la visionneuse MOL2 ; pour tous les formats moléculaires sur une seule page, la visionneuse de molécules.
Qui utilise les fichiers SDF / MOL ?
Les chimistes médicinaux et organiciens, les chémoinformaticiens qui travaillent sur des chimiothèques, les élèves, les étudiants et les enseignants en chimie, les chercheurs qui téléchargent des composés depuis PubChem ou ChEMBL, et les designers qui veulent une vraie molécule (la caféine, un parfum, un pigment) pour un rendu, une étude de logo ou une impression 3D.
Cas d’usage courants
- Regarder un composé téléchargé depuis PubChem sous forme de conformère 3D
- Parcourir les molécules d’un fichier SD, un calque par molécule
- Vérifier les liaisons et les cycles d’une structure dessinée dans ChemDraw ou un autre éditeur de structures
- Partager une molécule grâce à un lien qui s’ouvre dans n’importe quel navigateur
- Exporter une molécule en STL ou 3MF pour un modèle imprimé en 3D, ou en GLB ou USDZ pour la réalité augmentée
Fonctionnalités
Ouvre les fichiers .sdf et .mol
Molfiles MDL et fichiers SD en V2000 et V3000.
Boules et bâtonnets
Atomes colorés par élément, avec les liaisons doubles, triples et aromatiques dessinées en cylindres parallèles.
Remplissage spatial
Un calque avec chaque atome à son rayon de van der Waals.
Un calque par molécule
Un fichier de plusieurs molécules s’ouvre avec chacune sur son propre calque, nommé d’après le fichier.
Composés PubChem
Un conformère 3D de PubChem s’ouvre avec le composé nommé d’après sa fiche.
Export en GLB, STL ou USDZ
Enregistrez la structure en GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ou USDZ pour un rendu, une impression 3D ou la réalité augmentée, ou la vue en PNG.
Mesures en ångströms
Cliquez sur deux atomes pour mesurer la distance qui les sépare, en Å.
Affichage en VR
Dans le navigateur d’un casque, la molécule se dresse sur une table devant vous.
Aucun envoi de fichier
Le fichier est lu entièrement dans votre navigateur. Pas de compte, pas d’envoi, pas de copie sur un serveur.
Partage et intégration
Envoyez un lien qui ouvre la molécule dans n’importe quel navigateur, ou insérez la visionneuse dans votre propre page avec un seul iframe.
Compatibilité et notes sur le format
Les molfiles V2000 et V3000 s’ouvrent, seuls ou comme enregistrements d’un fichier SD. Les atomes, les liaisons et les ordres de liaison proviennent du fichier. Un fichier qui ne contient que des coordonnées 2D (un schéma plat issu d’un éditeur de structures) s’ouvre à plat, tel qu’il est ; téléchargez le conformère 3D depuis PubChem pour obtenir une molécule en trois dimensions.
La molécule s’ouvre en boules et bâtonnets, chaque atome coloré par élément dans les couleurs Jmol, avec les liaisons doubles et triples dessinées en deux ou trois cylindres parallèles et les liaisons aromatiques en paire. Un calque Space filling montre chaque atome à son rayon de van der Waals. Un fichier SD de nombreuses molécules s’ouvre avec un calque par molécule (les 200 premières ; la ligne d’état compte les autres), ce qui permet de les montrer une par une ou toutes ensemble.
Les coordonnées sont lues en ångströms (Å) et conservées à cette échelle, de sorte que l’outil de mesure donne les distances en Å. Les liaisons sont reprises du fichier lorsqu’il les liste et calculées à partir des rayons covalents pour les autres. Les très grandes structures, comme une capside virale entière de plusieurs millions d’atomes, s’ouvrent avec le cartoon et leurs atomes dessinés en points pour que le navigateur suive.
Intégrer sur votre site
Ajoutez ce visualiseur à votre site avec une seule ligne de HTML. Cliquez sur Intégrer dans la barre d’outils pour générer un code, ou utilisez le snippet ci-dessous avec l’URL de votre fichier.
Vos fichiers restent sur votre ordinateur
Vos fichiers sont traités entièrement dans votre navigateur. Le bouton Partager téléverse le fichier pour créer un lien. Les fichiers partagés sont conservés 90 jours puis supprimés.
Questions fréquentes
▶Quelles versions de molfile s’ouvrent ?
V2000 et V3000, en fichiers .mol isolés ou comme enregistrements d’un fichier .sdf ou .sd.
▶Comment les molécules d’un fichier SD sont-elles affichées ?
Chaque molécule a son propre calque, de sorte que le panneau des calques les liste par nom. Activez et désactivez les calques pour regarder une molécule ou en comparer plusieurs.
▶Pourquoi ma molécule est-elle plate ?
Le fichier a des coordonnées 2D : c’est un schéma issu d’un éditeur de structures, avec toutes les valeurs z à zéro. La visionneuse dessine les atomes là où le fichier les place. PubChem propose un conformère 3D de la plupart des composés sous Download, 3D Conformer, SDF.
▶Les liaisons doubles et aromatiques sont-elles affichées ?
Oui. Les liaisons doubles sont dessinées en deux cylindres parallèles, les triples en trois et les aromatiques en paire, dans le plan des atomes voisins.
▶Les champs de données d’un fichier SD sont-ils affichés ?
Le nom de la molécule sert d’étiquette à son calque. Les autres champs de données sont ignorés à la lecture.
▶Puis-je imprimer la molécule en 3D ?
Oui. Exportez en STL ou en 3MF et ouvrez le fichier dans votre trancheur. Les rubans fins du cartoon et les bâtonnets sont fragiles en petite taille : pour une impression solide, activez Space filling (ou boules et bâtonnets pour une petite molécule) avant l’export, et agrandissez le modèle dans le trancheur. Un ångström du fichier vaut une unité dans l’export.
▶Cette visionneuse SDF / MOL est-elle vraiment gratuite ?
Oui, entièrement gratuite. Pas d’inscription, pas de filigrane, pas de limite de taille de fichier dans la visionneuse (la fonction facultative de lien de partage accepte des fichiers jusqu’à 100 Mo). Conçue par Innerscene comme un outil pour les architectes, les ingénieurs et les designers.
▶Mes fichiers sont-ils envoyés sur un serveur ?
Non. La lecture, le rendu et la conversion se font entièrement dans votre navigateur : rien n’est téléversé, stocké ni transmis par défaut. Le bouton Partager est la seule fonction qui téléverse un fichier, et seulement lorsque vous cliquez dessus.
▶Puis-je convertir vers un autre format ?
Oui. Cliquez sur Exporter dans la barre d’outils pour enregistrer la structure en GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ou USDZ, ou la vue en image PNG. L’export contient les calques que vous avez activés : activez d’abord Space filling ou Polymer atoms si vous les voulez dans le fichier. Il n’existe pas d’écriture en PDB ou en SDF : les exports sont des modèles 3D de l’image que vous voyez.
▶Puis-je intégrer cette visionneuse sur mon propre site ?
Oui. Cliquez sur Intégrer dans la barre d’outils pour générer un extrait <iframe> d’une seule ligne à coller dans n’importe quelle page HTML. Vous pouvez choisir si l’intégration affiche la barre d’outils de la visionneuse.
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