Visualisez et convertissez MOL2 (Sans Inscription)

Qu’est-ce qu’un fichier MOL2 ?

Un fichier .mol2 est du texte brut organisé en sections qui commencent par une balise @<TRIPOS>. @<TRIPOS>MOLECULE nomme la molécule et donne ses comptages, @<TRIPOS>ATOM liste chaque atome avec son nom, ses coordonnées, son type d’atome SYBYL (par exemple C.ar pour un carbone aromatique ou N.am pour un azote d’amide), son résidu et sa charge partielle, et @<TRIPOS>BOND liste chaque liaison avec son type (1, 2, 3, ar, am).

Un fichier peut contenir de nombreuses molécules à la suite, ce qui est la forme sous laquelle les chimiothèques de docking et les jeux de criblage virtuel sont souvent distribués. UCSF Chimera et ChimeraX, Open Babel, AutoDock Tools, DOCK, GOLD et SYBYL le lisent et l’écrivent tous.

Pour les formats MDL, voir la visionneuse SDF et MOL ; pour les protéines, la visionneuse PDB ; pour tous les formats moléculaires sur une seule page, la visionneuse de molécules.

Qui utilise les fichiers MOL2 ?

Les chimistes computationnels et les équipes de découverte de médicaments qui préparent des ligands et des récepteurs pour le docking, les chercheurs qui travaillent avec des chimiothèques de criblage virtuel, les étudiants en modélisation moléculaire, et toute personne qui reçoit un fichier .mol2 sans avoir Chimera ou SYBYL sous la main.

Cas d’usage courants

• Vérifier un ligand préparé pour le docking avant un calcul
• Parcourir les molécules d’une chimiothèque de criblage, un calque par molécule
• Comparer des poses dockées ou des conformères enregistrés ensemble dans un même fichier
• Partager un ligand de docking avec un collègue grâce à un lien qui s’ouvre dans n’importe quel navigateur
• Exporter une molécule en GLB, OBJ ou STL pour un rendu, une diapositive ou une impression 3D

Fonctionnalités

Compatibilité et notes sur le format

Les sections MOLECULE, ATOM et BOND sont lues. L’élément est déduit du type d’atome SYBYL, et les types de liaison deviennent des liaisons simples, doubles, triples et aromatiques ; les liaisons amide sont dessinées comme des liaisons simples. Un fichier de nombreuses molécules s’ouvre avec un calque par molécule, nommé d’après sa section MOLECULE, pour les 200 premières molécules ; la ligne d’état compte les autres.

Les molécules s’ouvrent en boules et bâtonnets, colorées par élément dans les couleurs Jmol, avec les liaisons doubles et triples dessinées en cylindres parallèles et un calque Space filling à côté.

Les coordonnées sont lues en ångströms (Å) et conservées à cette échelle, de sorte que l’outil de mesure donne les distances en Å. Les liaisons sont reprises du fichier lorsqu’il les liste et calculées à partir des rayons covalents pour les autres. Les très grandes structures, comme une capside virale entière de plusieurs millions d’atomes, s’ouvrent avec le cartoon et leurs atomes dessinés en points pour que le navigateur suive.

Questions fréquentes

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