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Qu’est-ce qu’un fichier Molécule ?

Tous les fichiers moléculaires contiennent le même noyau : une liste d’atomes, chacun avec son élément et sa position en ångströms (un dix-milliardième de mètre). Les formats diffèrent par ce qu’ils ajoutent. Les structures de protéines et d’acides nucléiques (PDB et mmCIF) regroupent les atomes en résidus et en chaînes et enregistrent les hélices et les brins ; les formats de petites molécules (SDF et MOL, MOL2) listent chaque liaison avec son ordre ; un CIF de cristallographie donne la maille élémentaire ; un fichier GROMACS .gro est un instantané d’une boîte de simulation ; et un fichier .xyz de chimie se limite à l’élément et aux coordonnées de chaque atome.

Cette visionneuse les lit tous et choisit la représentation adaptée à la molécule. Les protéines et les acides nucléiques s’ouvrent en cartoon de leurs chaînes, avec les ligands en boules et bâtonnets ; les petites molécules s’ouvrent en boules et bâtonnets, avec les liaisons doubles, triples et aromatiques dessinées en cylindres parallèles. Les atomes sont colorés par élément dans les couleurs Jmol habituelles, et un calque Space filling (remplissage spatial) montre chaque atome à son rayon de van der Waals.

Chaque format a sa propre page avec les détails : visionneuse PDB, visionneuse CIF, visionneuse SDF et MOL, visionneuse MOL2 et visionneuse GRO.

Qui utilise les fichiers Molécule ?

Les biologistes structuraux, les biochimistes et les chimistes médicinaux qui vérifient une structure sans ouvrir PyMOL, ChimeraX ou Avogadro ; les élèves, les étudiants et les enseignants en biologie et en chimie ; les rédacteurs et illustrateurs scientifiques ; et les designers, architectes et scénographes d’exposition qui veulent une vraie protéine ou un vrai cristal pour un rendu, une impression 3D, une sculpture ou un élément de bâtiment.

Cas d’usage courants

• Ouvrir une protéine téléchargée depuis la RCSB Protein Data Bank et la faire tourner en 3D
• Regarder un composé de PubChem ou de ChEMBL en boules et bâtonnets
• Vérifier une structure cristalline de la Crystallography Open Database avec sa maille élémentaire
• Partager une structure avec une classe, un collègue ou un client grâce à un lien qui s’ouvre dans n’importe quel navigateur
• Exporter une molécule en STL ou 3MF pour une impression 3D, ou en GLB, FBX ou USDZ pour Blender, un moteur de jeu ou la réalité augmentée

Fonctionnalités

Compatibilité et notes sur le format

Fichiers pris en charge : PDB (.pdb, .ent) avec ses variantes AutoDock PDBQT (.pdbqt) et APBS PQR (.pqr) ; PDBx/mmCIF et CIF de petites molécules (.cif, .mmcif, .mcif) ; molfiles MDL et fichiers SD en V2000 et V3000 (.mol, .sdf, .sd) ; Tripos MOL2 (.mol2, .ml2) ; structures GROMACS (.gro) ; et XYZ de chimie (.xyz). Un fichier .xyz qui décrit une molécule est distingué d’un nuage de points .xyz par son contenu.

Les protéines s’ouvrent en cartoon : hélices et brins en rubans, repris des enregistrements de structure secondaire du fichier lorsqu’il en contient et calculés à partir de la trace des Cα dans le cas contraire, avec les boucles en tube arrondi. Une chaîne unique est colorée le long de sa séquence, du bleu au début au rouge à la fin ; lorsqu’il y a plusieurs chaînes, chacune reçoit sa propre couleur. L’ADN et l’ARN s’ouvrent en tube le long du squelette, avec les bases en bâtonnets. Les ligands sont dessinés en boules et bâtonnets, colorés par élément (carbone gris, oxygène rouge, azote bleu, soufre jaune, dans les couleurs Jmol).

Les petites molécules s’ouvrent en boules et bâtonnets, avec un calque Space filling à côté. Un fichier SD ou MOL2 contenant de nombreuses molécules s’ouvre avec un calque par molécule. Seuls le premier modèle d’un ensemble RMN et la première image d’un fichier XYZ à plusieurs images sont dessinés.

Les coordonnées sont lues en ångströms (Å) et conservées à cette échelle, de sorte que l’outil de mesure donne les distances en Å. Les liaisons sont reprises du fichier lorsqu’il les liste et calculées à partir des rayons covalents pour les autres. Les très grandes structures, comme une capside virale entière de plusieurs millions d’atomes, s’ouvrent avec le cartoon et leurs atomes dessinés en points pour que le navigateur suive.

Questions fréquentes

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