Visualisez et convertissez GRO (Sans Inscription)

Qu’est-ce qu’un fichier GRO ?

Un fichier .gro est du texte brut. La première ligne est un titre, la deuxième le nombre d’atomes, et chaque ligne d’atome donne le numéro et le nom du résidu, le nom et le numéro de l’atome et la position x, y et z en nanomètres, éventuellement suivie des vitesses. La dernière ligne est la boîte : trois longueurs pour une boîte rectangulaire, neuf nombres pour une boîte triclinique.

GROMACS écrit des fichiers .gro lorsqu’il construit un système (gmx pdb2gmx, gmx solvate, gmx genion) et à la fin d’un calcul (confout.gro), et gmx trjconv écrit des images d’une trajectoire en .gro. Un système est généralement une protéine ou une membrane entourée de milliers de molécules d’eau et d’ions.

Pour le format de la Protein Data Bank, voir la visionneuse PDB ; pour tous les formats moléculaires sur une seule page, la visionneuse de molécules.

Qui utilise les fichiers GRO ?

Les chercheurs et les étudiants qui font de la dynamique moléculaire avec GROMACS, les biophysiciens qui simulent des protéines et des membranes, les enseignants de chimie computationnelle, et toute personne qui veut jeter un coup d’œil rapide à un système sur un ordinateur portable, une tablette ou un téléphone, loin du cluster.

Cas d’usage courants

• Vérifier un système solvaté et ionisé avant de lancer un calcul
• Regarder la dernière image d’une simulation sans la copier sur une station de travail équipée de VMD
• Voir la boîte de simulation autour d’une protéine ou d’une membrane
• Partager un instantané avec un encadrant ou un collègue grâce à un lien qui s’ouvre dans n’importe quel navigateur
• Exporter une image en GLB ou OBJ pour une figure, un rendu ou une diapositive

Fonctionnalités

Compatibilité et notes sur le format

Les lignes d’atomes et la ligne de la boîte sont lues. Les positions sont converties des nanomètres en ångströms, de sorte que la structure mesure la même chose que son fichier PDB. L’élément de chaque atome est déduit de ses noms d’atome et de résidu, et les liaisons des rayons covalents (un fichier .gro ne liste aucune liaison). Une boîte rectangulaire est dessinée comme calque Unit cell. Les vitesses sont ignorées à la lecture, et seule la première image d’un fichier qui en contient plusieurs est dessinée.

Les protéines s’ouvrent en cartoon : hélices et brins en rubans, repris des enregistrements de structure secondaire du fichier lorsqu’il en contient et calculés à partir de la trace des Cα dans le cas contraire, avec les boucles en tube arrondi. Une chaîne unique est colorée le long de sa séquence, du bleu au début au rouge à la fin ; lorsqu’il y a plusieurs chaînes, chacune reçoit sa propre couleur. L’ADN et l’ARN s’ouvrent en tube le long du squelette, avec les bases en bâtonnets. Les ligands sont dessinés en boules et bâtonnets, colorés par élément (carbone gris, oxygène rouge, azote bleu, soufre jaune, dans les couleurs Jmol).

Chaque représentation est un calque que vous pouvez activer ou désactiver : Cartoon, Polymer atoms (tous les atomes lourds des chaînes en bâtonnets), Hydrogens (hydrogènes), Ligands, Water (eau), Space filling (chaque atome sauf l’eau en sphère à son rayon de van der Waals) et Unit cell (maille élémentaire) lorsque le fichier en donne une. Cartoon et Ligands sont activés à l’ouverture du fichier ; les autres calques attendent dans le panneau des calques.

Les coordonnées sont lues en ångströms (Å) et conservées à cette échelle, de sorte que l’outil de mesure donne les distances en Å. Les liaisons sont reprises du fichier lorsqu’il les liste et calculées à partir des rayons covalents pour les autres. Les très grandes structures, comme une capside virale entière de plusieurs millions d’atomes, s’ouvrent avec le cartoon et leurs atomes dessinés en points pour que le navigateur suive.

Questions fréquentes

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