Visualisez et convertissez CIF (Sans Inscription)
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Également chez Innerscene : Circadian Lab, un calculateur d’éclairage gratuit pour l’éclairement d’une pièce, l’EML mélanopique et l’éblouissement.
Décrivez un composé, une protéine ou un cristal. L’IA le trouve dans PubChem ou la Protein Data Bank, ou le construit, et l’ouvre ici.
Créez un modèle avec l’IA
Décrivez ce dont vous avez besoin, ou ajoutez une photo, et l’IA le construit à taille réelle dans la visionneuse. Demandez des modifications dans le chat, puis exportez-le. Gratuit, avec votre propre clé Anthropic ou OpenAI.
Ouvrir le Générateur IAQu’est-ce qu’un fichier CIF ?
Un fichier CIF est une liste d’éléments nommés et de tableaux (blocs loop_) dans la syntaxe STAR. Deux dictionnaires l’utilisent. PDBx/mmCIF est le format d’archive de la Protein Data Bank : _atom_site liste chaque atome avec son résidu, sa chaîne et ses coordonnées cartésiennes, _struct_conf et _struct_sheet_range marquent les hélices et les brins, et _struct_conn liste les liens entre résidus et ligands. Il n’a aucune limite d’atomes ni de chaînes, c’est pourquoi les grands complexes comme les ribosomes sont publiés uniquement en mmCIF.
Le CIF de petites molécules est ce que les cristallographes déposent auprès du Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC), de la Crystallography Open Database (COD) et des revues de l’IUCr. Il donne la maille élémentaire (_cell_length_a et les angles), le groupe d’espace et les coordonnées fractionnaires des atomes de l’unité asymétrique.
Pour l’ancien format de la Protein Data Bank, voir la visionneuse PDB ; pour tous les formats moléculaires sur une seule page, la visionneuse de molécules.
Qui utilise les fichiers CIF ?
Les cristallographes et les biologistes structuraux, les chimistes et les spécialistes des matériaux qui lisent des structures du CCDC ou de la COD, les étudiants en chimie, en minéralogie et en biologie, et les designers et architectes qui veulent la géométrie d’un vrai cristal ou d’une vraie protéine pour un rendu, un motif ou une impression 3D.
Cas d’usage courants
- Ouvrir une grande entrée de la Protein Data Bank publiée uniquement en PDBx/mmCIF
- Regarder une structure cristalline de la COD ou des informations complémentaires d’un article avec sa maille élémentaire
- Vérifier une structure avant une réunion d’équipe ou un cours sans ouvrir Mercury, PyMOL ou ChimeraX
- Partager un cristal ou une protéine grâce à un lien qui s’ouvre dans n’importe quel navigateur
- Exporter la structure en STL, 3MF, GLB ou OBJ pour une impression, un rendu ou un moteur de jeu
Fonctionnalités
Ouvre les fichiers .cif
PDBx/mmCIF de la Protein Data Bank et CIF de petites molécules du CCDC, de la COD et des revues.
Cristaux dans leur maille élémentaire
Coordonnées fractionnaires converties en ångströms, avec la maille élémentaire dessinée comme une boîte autour des atomes.
Cartoon de chaque chaîne
Hélices et brins en rubans repris du fichier, ou calculés à partir de la trace des Cα ; une chaîne unique colorée du bleu au rouge, plusieurs chaînes chacune dans sa couleur.
ADN et ARN
Les acides nucléiques en tube le long du squelette, avec les bases en bâtonnets.
Ligands en boules et bâtonnets
Ligands liés, cofacteurs et ions dessinés en boules et bâtonnets, colorés par élément.
Calques à activer
Atomes des polymères, hydrogènes, eau, remplissage spatial et maille élémentaire, chacun sur son propre calque.
Export en GLB, STL ou USDZ
Enregistrez la structure en GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ou USDZ pour un rendu, une impression 3D ou la réalité augmentée, ou la vue en PNG.
Mesures en ångströms
Cliquez sur deux atomes pour mesurer la distance qui les sépare, en Å.
Affichage en VR
Dans le navigateur d’un casque, la molécule se dresse sur une table devant vous.
Aucun envoi de fichier
Le fichier est lu entièrement dans votre navigateur. Pas de compte, pas d’envoi, pas de copie sur un serveur.
Partage et intégration
Envoyez un lien qui ouvre la molécule dans n’importe quel navigateur, ou insérez la visionneuse dans votre propre page avec un seul iframe.
Compatibilité et notes sur le format
Le premier bloc de données contenant des coordonnées atomiques est lu (un bloc initial de détails de publication est ignoré). En mmCIF, _atom_site (premier modèle, une position alternative par résidu), _struct_conf, _struct_sheet_range et _struct_conn sont utilisés. Dans un CIF de petites molécules, la maille élémentaire et les coordonnées fractionnaires sont converties en ångströms cartésiens ; les atomes dessinés sont ceux que le fichier liste (l’unité asymétrique), et la maille élémentaire est dessinée comme une boîte autour d’eux.
Les protéines s’ouvrent en cartoon : hélices et brins en rubans, repris des enregistrements de structure secondaire du fichier lorsqu’il en contient et calculés à partir de la trace des Cα dans le cas contraire, avec les boucles en tube arrondi. Une chaîne unique est colorée le long de sa séquence, du bleu au début au rouge à la fin ; lorsqu’il y a plusieurs chaînes, chacune reçoit sa propre couleur. L’ADN et l’ARN s’ouvrent en tube le long du squelette, avec les bases en bâtonnets. Les ligands sont dessinés en boules et bâtonnets, colorés par élément (carbone gris, oxygène rouge, azote bleu, soufre jaune, dans les couleurs Jmol).
Chaque représentation est un calque que vous pouvez activer ou désactiver : Cartoon, Polymer atoms (tous les atomes lourds des chaînes en bâtonnets), Hydrogens (hydrogènes), Ligands, Water (eau), Space filling (chaque atome sauf l’eau en sphère à son rayon de van der Waals) et Unit cell (maille élémentaire) lorsque le fichier en donne une. Cartoon et Ligands sont activés à l’ouverture du fichier ; les autres calques attendent dans le panneau des calques.
Un cristal de petites molécules s’ouvre en boules et bâtonnets avec son calque Unit cell activé ; pour une macromolécule, la maille élémentaire est masquée au départ.
Les coordonnées sont lues en ångströms (Å) et conservées à cette échelle, de sorte que l’outil de mesure donne les distances en Å. Les liaisons sont reprises du fichier lorsqu’il les liste et calculées à partir des rayons covalents pour les autres. Les très grandes structures, comme une capside virale entière de plusieurs millions d’atomes, s’ouvrent avec le cartoon et leurs atomes dessinés en points pour que le navigateur suive.
Intégrer sur votre site
Ajoutez ce visualiseur à votre site avec une seule ligne de HTML. Cliquez sur Intégrer dans la barre d’outils pour générer un code, ou utilisez le snippet ci-dessous avec l’URL de votre fichier.
Vos fichiers restent sur votre ordinateur
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Questions fréquentes
▶Ouvre-t-elle à la fois le mmCIF et le CIF de petites molécules ?
Oui. Un fichier PDBx/mmCIF de la Protein Data Bank s’ouvre en cartoon de ses chaînes avec ses ligands ; un CIF de cristallographie du CCDC, de la COD ou d’une revue s’ouvre en boules et bâtonnets dans sa maille élémentaire. La visionneuse les distingue d’après leur contenu.
▶L’empilement cristallin est-il généré à partir de la symétrie ?
Non. Les atomes dessinés sont ceux que le fichier liste, c’est-à-dire l’unité asymétrique pour un CIF de petites molécules, avec la maille élémentaire dessinée autour d’eux.
▶Mon fichier CIF contient plusieurs structures. Laquelle s’ouvre ?
La première qui contient des coordonnées atomiques ; un bloc de détails de publication en tête de fichier est ignoré. Pour voir une autre structure, enregistrez son bloc dans un fichier séparé.
▶Puis-je ouvrir les très grandes structures qui n’ont pas de fichier PDB ?
Oui. Les ribosomes, les capsides virales et les autres entrées publiées uniquement en mmCIF s’ouvrent avec leur cartoon ; au-delà d’un quart de million d’atomes dans un calque, les atomes sont dessinés en points pour que le navigateur suive.
▶Où sont les hydrogènes et l’eau ?
Sur leurs propres calques, Hydrogens et Water, qui sont désactivés au départ. Activez-les dans le panneau des calques.
▶Puis-je imprimer la molécule en 3D ?
Oui. Exportez en STL ou en 3MF et ouvrez le fichier dans votre trancheur. Les rubans fins du cartoon et les bâtonnets sont fragiles en petite taille : pour une impression solide, activez Space filling (ou boules et bâtonnets pour une petite molécule) avant l’export, et agrandissez le modèle dans le trancheur. Un ångström du fichier vaut une unité dans l’export.
▶Cette visionneuse CIF est-elle vraiment gratuite ?
Oui, entièrement gratuite. Pas d’inscription, pas de filigrane, pas de limite de taille de fichier dans la visionneuse (la fonction facultative de lien de partage accepte des fichiers jusqu’à 100 Mo). Conçue par Innerscene comme un outil pour les architectes, les ingénieurs et les designers.
▶Mes fichiers sont-ils envoyés sur un serveur ?
Non. La lecture, le rendu et la conversion se font entièrement dans votre navigateur : rien n’est téléversé, stocké ni transmis par défaut. Le bouton Partager est la seule fonction qui téléverse un fichier, et seulement lorsque vous cliquez dessus.
▶Puis-je convertir vers un autre format ?
Oui. Cliquez sur Exporter dans la barre d’outils pour enregistrer la structure en GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ou USDZ, ou la vue en image PNG. L’export contient les calques que vous avez activés : activez d’abord Space filling ou Polymer atoms si vous les voulez dans le fichier. Il n’existe pas d’écriture en PDB ou en SDF : les exports sont des modèles 3D de l’image que vous voyez.
▶Puis-je intégrer cette visionneuse sur mon propre site ?
Oui. Cliquez sur Intégrer dans la barre d’outils pour générer un extrait <iframe> d’une seule ligne à coller dans n’importe quelle page HTML. Vous pouvez choisir si l’intégration affiche la barre d’outils de la visionneuse.
Outils et guides liés
Visionneuse de molécules
Tous les formats moléculaires dans une seule visionneuse
Visionneuse PDB
Ouvrez les structures de la Protein Data Bank au format PDB
CIF en STL
Transformez un cristal ou une protéine en maillage imprimable en 3D
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Enregistrez une structure en Wavefront OBJ