Προβολή δομών πρωτεϊνών με AI Από την Protein Data Bank, δωρεάν

Περιγράψτε με απλά λόγια μια πρωτεΐνη, μια δομή DNA ή RNA ή ένα σύμπλοκο, και η ΤΝ αναζητά στην Protein Data Bank, επιλέγει μια καταχώριση που ταιριάζει και την ανοίγει στο πρόγραμμα προβολής. Μπορείτε να δώσετε ένα PDB ID ή να περιγράψετε τη δομή: τον οργανισμό, ένα δεσμευμένο φάρμακο ή προσδέτη, ή την πειραματική μέθοδο. Κάθε δομή που εμφανίζεται είναι πειραματική καταχώριση της PDB.

Δωρεάν. Χρησιμοποιήστε το δικό σας κλειδί Anthropic ή OpenAI.

Also from Innerscene: Circadian Lab, a free lighting calculator for room illuminance, melanopic EML, and glare.

Παράδειγμα δομής

Ένα δείγμα αρχείου από το πρόγραμμα προβολής, από τις ίδιες πηγές που χρησιμοποιεί η ΤΝ: το PubChem, την Protein Data Bank, την Crystallography Open Database ή ένα πλέγμα σχολικού βιβλίου.

Λήψη του αρχείου PDB

Δείτε πώς λειτουργεί

Πώς λειτουργεί

  1. 1. Περιγράψτε το ή προσθέστε μια φωτογραφίαΓράψτε με απλά λόγια τι θέλετε, με διαστάσεις αν τις ξέρετε, ή προσθέστε μια φωτογραφία ως αναφορά. Περιγράψτε ένα αντικείμενο ή ένα πρόσωπο.
  2. 2. Η ΤΝ το κατασκευάζει και το ελέγχειΓια ένα αντικείμενο η ΤΝ γράφει ένα πρόγραμμα OpenSCAD, για ένα πρόσωπο ρυθμίζει τη γεννήτρια χαρακτήρων. Εξετάζει έξι αποδοσμένες όψεις του αποτελέσματος και διορθώνει ό,τι είναι λάθος, με έως πέντε κατασκευές ανά μήνυμα.
  3. 3. Βελτίωση και εξαγωγήΤο μοντέλο ανοίγει στο πρόγραμμα προβολής σε πραγματικό μέγεθος. Ζητήστε αλλαγές στη συνομιλία, μετακινήστε τα ρυθμιστικά και μετά κατεβάστε το ή επιλέξτε μορφή από το μενού Εξαγωγή.

Γιατί να το δημιουργήσετε με ΤΝ εδώ

  • Δεν χρειάζεται PDB ID: η ΤΝ αναζητά με βάση την περιγραφή, συγκρίνει τις καταχωρίσεις που βρίσκει ως προς τον τίτλο, τη μέθοδο και τη διακριτική ικανότητα, και ονομάζει αυτή που φορτώνει.
  • Οι αλυσίδες σχεδιάζονται ως cartoon, η καθεμία με το δικό της χρώμα, με έλικες και κλώνους, και οι δεσμευμένοι προσδέτες, οι συμπαράγοντες και τα ιόντα ως σφαίρες και ράβδοι.
  • Το DNA και το RNA εμφανίζονται ως σωλήνας κατά μήκος του σκελετού με τις βάσεις ως ράβδους, και ένα επίπεδο πλήρωσης χώρου απέχει ένα κλικ.

Περιγραφές για δοκιμή

Πατήστε μία για να ανοίξει στο πλαίσιο ΤΝ και μετά προσαρμόστε τις διαστάσεις.

Λήψη της πρωτεΐνης

  1. Κατεβάστε το mmCIF από τη λίστα εκδόσεων στο πλαίσιο ΤΝ ή σημειώστε το PDB ID για να ανακτήσετε την καταχώριση αλλού.
  2. Για απόδοση, AR ή τρισδιάστατη εκτύπωση, ανοίξτε το μενού Εξαγωγή και επιλέξτε GLB, USDZ, STL ή άλλη μορφή.
  3. Αποθηκεύστε ένα PNG της προβολής ή μια αυτόνομη σελίδα HTML που ανοίγει την πρωτεΐνη σε 3D σε οποιοδήποτε πρόγραμμα περιήγησης.

Το mmCIF είναι η καταχώριση όπως δημοσιεύτηκε στην Protein Data Bank. Οι τρισδιάστατες εξαγωγές είναι πλέγματα (meshes) του cartoon και των προσδετών όπως σχεδιάζονται, οπότε μια εκτυπωμένη πρωτεΐνη συνήθως χρειάζεται στηρίγματα.

Οι καλύτερες μορφές εξαγωγής: GLB, USDZ, STL, HTML

Ανοίξτε αρχεία Προβολή δομών πρωτεϊνών με AI στο δωρεάν πρόγραμμα προβολής Προβολή δομών πρωτεϊνών με AI

Καλό να ξέρετε

Μπορούν να εμφανιστούν μόνο δομές που έχουν επιλυθεί και δημοσιευτεί στην Protein Data Bank. Το εργαλείο δεν κάνει πρόβλεψη δομής, οπότε μια πρωτεΐνη χωρίς πειραματική δομή δεν μπορεί να δημιουργηθεί.

Κόστος και απόρρητο

Χρησιμοποιείτε το δικό σας κλειδί API της Anthropic ή της OpenAI. Αποθηκεύεται μόνο στο πρόγραμμα περιήγησής σας και αποστέλλεται μόνο σε αυτόν τον πάροχο, που σας χρεώνει απευθείας: ένα μοντέλο κοστίζει συνήθως $0.05 έως $0.30 σε Τυπική ποιότητα και έως περίπου $1 σε Λεπτομερή, και η Innerscene δεν χρεώνει τίποτα. Το κλειδί και οι περιγραφές σας δεν αποστέλλονται στην Innerscene· καταγράφουμε ανώνυμα στατιστικά χρήσης, όπως τα βήματα που χρησιμοποιήθηκαν, το μοντέλο που επιλέχθηκε, τον αριθμό των tokens, μια εκτίμηση κόστους και αν δημιουργήθηκε μοντέλο.

Πώς να αποκτήσετε κλειδί API από την Anthropic ή την OpenAI

Διαβάστε τον πλήρη οδηγό: κλειδιά API, βελτίωση και εξαγωγή

Ερωτήσεις

▶Από πού προέρχονται οι δομές των πρωτεϊνών;
Από την Protein Data Bank (RCSB PDB). Κάθε πρωτεΐνη, νουκλεϊκό οξύ και σύμπλοκο που εμφανίζεται είναι πειραματική δομή από κρυσταλλογραφία ακτίνων X, κρυοηλεκτρονική μικροσκοπία (cryo-EM) ή NMR, φορτωμένη απευθείας από τη δημοσιευμένη καταχώριση.
▶Μπορεί να προβλέψει τη δομή μιας νέας πρωτεΐνης;
Όχι. Το εργαλείο δείχνει δομές που υπάρχουν ήδη στην Protein Data Bank και δεν κάνει πρόβλεψη αναδίπλωσης ή δομής.
▶Χρειάζεται να ξέρω το PDB ID;
Όχι. Περιγράψτε τη δομή και η ΤΝ την αναζητά στην PDB. Αν ξέρετε το ID, για παράδειγμα 4HHB, δώστε το και η ΤΝ φορτώνει απευθείας αυτή την καταχώριση.
▶Μπορώ να ανοίξω τα δικά μου αρχεία PDB;
Ναι. Αφήστε ένα αρχείο .pdb, .cif, .pdbqt ή .pqr πάνω στο πρόγραμμα προβολής ή χρησιμοποιήστε το δωρεάν πρόγραμμα προβολής PDB. Τα αρχεία ανοίγουν στο πρόγραμμα περιήγησής σας και δεν μεταφορτώνονται.

Τι μπορεί να δημιουργήσει

Κατόψεις και διαρρυθμίσεις

Μόρια, πρωτεΐνες και κρύσταλλοι

Δημιουργήστε μοντέλο για κάθε μορφή

Δημιουργήστε μοντέλο για την εφαρμογή σας

Περισσότεροι τρόποι χρήσης

Γεννήτρια AI