Προβολή και μετατροπή PDB (Δωρεάν)
Λειτουργεί απευθείας σε Chrome, Firefox, Safari και Edge.
Επίσης από την Innerscene: Circadian Lab, ένας δωρεάν υπολογιστής φωτισμού για τη φωτεινότητα χώρου, το μελανοπικό EML και τη θάμβωση.
Περιγράψτε μια ένωση, μια πρωτεΐνη ή έναν κρύσταλλο. Η AI το βρίσκει στο PubChem ή στο Protein Data Bank, ή το κατασκευάζει, και το ανοίγει εδώ.
Δημιουργήστε μοντέλο με AI
Περιγράψτε τι χρειάζεστε, ή προσθέστε μια φωτογραφία, και το AI το κατασκευάζει σε πραγματικό μέγεθος στο πρόγραμμα προβολής. Ζητήστε αλλαγές στη συνομιλία και μετά εξαγάγετέ το. Δωρεάν, με το δικό σας κλειδί Anthropic ή OpenAI.
Άνοιγμα της Γεννήτριας AIΤι είναι ένα αρχείο PDB;
Ένα αρχείο .pdb είναι απλό κείμενο σε σταθερές στήλες. Οι εγγραφές ATOM και HETATM δίνουν σε κάθε άτομο το όνομα, το στοιχείο, το κατάλοιπο, την αλυσίδα και τις συντεταγμένες του· οι εγγραφές HELIX και SHEET σημειώνουν τη δευτεροταγή δομή· οι εγγραφές CONECT καταγράφουν δεσμούς για προσδέτες και ασυνήθιστα κατάλοιπα· το CRYST1 δίνει τη μοναδιαία κυψελίδα του κρυστάλλου· και τα μπλοκ MODEL περιέχουν τα μοντέλα ενός συνόλου NMR. Η μορφή χωρά έως 99.999 άτομα και 62 αλυσίδες, γι’ αυτό οι μεγαλύτερες καταχωρίσεις της Protein Data Bank δημοσιεύονται μόνο σε PDBx/mmCIF.
Τρεις παραλλαγές μοιράζονται τη διάταξη. Το .ent είναι το όνομα που δίνει το αρχείο του wwPDB στα αρχεία PDB του (pdb1abc.ent). Το PDBQT, που γράφουν τα AutoDock Tools, Open Babel και Meeko για το AutoDock και το AutoDock Vina, προσθέτει μερικά φορτία και τύπους ατόμων AutoDock για υποδοχείς και προσδέτες μοριακής πρόσδεσης (docking). Το PQR, που γράφει το PDB2PQR για το APBS, βάζει το φορτίο και την ακτίνα κάθε ατόμου στις στήλες που το PDB χρησιμοποιεί για την πληρότητα (occupancy) και τον παράγοντα θερμοκρασίας.
Για μικρά μόρια, δείτε το πρόγραμμα προβολής SDF και MOL· για όλες τις μοριακές μορφές σε μία σελίδα, το πρόγραμμα προβολής μοριακής δομής.
Ποιοι χρησιμοποιούν αρχεία PDB;
Δομικοί βιολόγοι και βιοχημικοί, ομάδες ανακάλυψης φαρμάκων που διαβάζουν αποτελέσματα μοριακής πρόσδεσης, μαθητές, φοιτητές και εκπαιδευτικοί σε μαθήματα βιολογίας και χημείας, βιοπληροφορικοί, επιστημονικοί εικονογράφοι και σχεδιαστές που θέλουν μια πραγματική πρωτεΐνη για απόδοση, κινούμενη εικόνα ή τρισδιάστατα εκτυπωμένο μοντέλο.
Συνηθισμένες χρήσεις
- Δείτε μια πρωτεΐνη από τα RCSB PDB, PDBe ή PDBj χωρίς να εγκαταστήσετε PyMOL ή ChimeraX
- Ελέγξτε ένα αποτέλεσμα μοριακής πρόσδεσης: τον υποδοχέα και τον προσδέτη από το AutoDock Vina σε PDBQT
- Δείξτε μια δομή σε μια τάξη ή σε έναν πελάτη ως σύνδεσμο που ανοίγει σε οποιοδήποτε πρόγραμμα περιήγησης
- Εξαγάγετε μια πρωτεΐνη σε STL ή 3MF για τρισδιάστατα εκτυπωμένο μοντέλο
- Φέρτε μια πρωτεΐνη στο Blender, σε μια μηχανή παιχνιδιών ή σε σκηνή AR ως GLB, FBX ή USDZ
Δυνατότητες
Ανοίγει αρχεία .pdb
Δομές της Protein Data Bank, αρχεία .ent του wwPDB, PDBQT του AutoDock και PQR του APBS.
Cartoon κάθε αλυσίδας
Έλικες και κλώνοι ως κορδέλες από το αρχείο, ή υπολογισμένοι από την αλυσίδα των Cα· μία αλυσίδα χρωματίζεται από μπλε έως κόκκινο, ενώ πολλές αλυσίδες παίρνουν η καθεμία το δικό της χρώμα.
DNA και RNA
Τα νουκλεϊκά οξέα ως σωλήνας κατά μήκος του σκελετού, με τις βάσεις ως ράβδους.
Προσδέτες ως σφαίρες και ράβδοι
Δεσμευμένοι προσδέτες, συμπαράγοντες και ιόντα σχεδιασμένοι ως σφαίρες και ράβδοι, χρωματισμένοι ανά στοιχείο.
Επίπεδα για ενεργοποίηση
Άτομα πολυμερούς ως ράβδοι, υδρογόνα, νερό, πλήρωση χώρου και η μοναδιαία κυψελίδα, το καθένα στο δικό του επίπεδο.
Εξαγωγή σε GLB, STL ή USDZ
Αποθηκεύστε τη δομή ως GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ή USDZ για απόδοση (render), τρισδιάστατη εκτύπωση ή AR, ή την προβολή ως PNG.
Μέτρηση σε ångström
Κάντε κλικ σε δύο άτομα για να μετρήσετε την απόσταση μεταξύ τους, σε Å.
Προβολή σε VR
Στο πρόγραμμα περιήγησης ενός headset το μόριο στέκεται σε ένα τραπέζι μπροστά σας.
Τίποτα δεν μεταφορτώνεται
Το αρχείο διαβάζεται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησής σας. Χωρίς λογαριασμό, χωρίς μεταφόρτωση, χωρίς αντίγραφο σε διακομιστή.
Κοινή χρήση και ενσωμάτωση
Στείλτε έναν σύνδεσμο που ανοίγει το μόριο σε οποιοδήποτε πρόγραμμα περιήγησης, ή ενσωματώστε το πρόγραμμα προβολής στη δική σας σελίδα με ένα μόνο iframe.
Συμβατότητα και σημειώσεις μορφής
Διαβάζονται οι εγγραφές ATOM, HETATM, HELIX, SHEET, CONECT και CRYST1. Το στοιχείο λαμβάνεται από τη δική του στήλη, ή από το όνομα του ατόμου όταν η στήλη είναι κενή (όπως σε πολλά παλαιότερα αρχεία και αποτελέσματα docking). Σχεδιάζεται μόνο το πρώτο μοντέλο ενός αρχείου με πολλά μοντέλα και μόνο η πρώτη εναλλακτική θέση κάθε ατόμου. Τα αρχεία PDBQT και PQR ανοίγουν με τον ίδιο τρόπο, και οι επιπλέον στήλες τους παραλείπονται.
Οι πρωτεΐνες ανοίγουν ως αναπαράσταση cartoon: οι έλικες και οι κλώνοι ως κορδέλες, όπως τους δίνουν οι εγγραφές δευτεροταγούς δομής του αρχείου όταν υπάρχουν, ή όπως υπολογίζονται από την αλυσίδα των Cα όταν δεν υπάρχουν, με τους βρόχους ως στρογγυλό σωλήνα. Μια μεμονωμένη αλυσίδα χρωματίζεται κατά μήκος της αλληλουχίας της, από μπλε στην αρχή έως κόκκινο στο τέλος· όταν υπάρχουν πολλές αλυσίδες, η καθεμία παίρνει το δικό της χρώμα. Το DNA και το RNA ανοίγουν ως σωλήνας κατά μήκος του σκελετού (backbone) με τις βάσεις ως ράβδους. Οι προσδέτες (ligands) σχεδιάζονται ως σφαίρες και ράβδοι, χρωματισμένοι ανά στοιχείο (άνθρακας γκρι, οξυγόνο κόκκινο, άζωτο μπλε, θείο κίτρινο, στα χρώματα Jmol).
Κάθε αναπαράσταση είναι ένα επίπεδο που μπορείτε να ενεργοποιήσετε και να απενεργοποιήσετε: Cartoon (κορδέλες), Polymer atoms (άτομα πολυμερούς: κάθε βαρύ άτομο των αλυσίδων ως ράβδοι), Hydrogens (υδρογόνα), Ligands (προσδέτες), Water (νερό), Space filling (πλήρωση χώρου: κάθε άτομο εκτός από το νερό ως σφαίρα με την ακτίνα van der Waals του) και Unit cell (μοναδιαία κυψελίδα) όταν το αρχείο την ορίζει. Τα Cartoon και Ligands είναι ενεργά όταν ανοίγει το αρχείο· τα υπόλοιπα περιμένουν στον πίνακα Layers (επίπεδα).
Οι συντεταγμένες διαβάζονται σε ångström (Å) και διατηρούνται σε αυτή την κλίμακα, οπότε το εργαλείο μέτρησης δίνει αποστάσεις σε Å. Οι δεσμοί λαμβάνονται από το αρχείο όπου τους καταγράφει, και για τα υπόλοιπα άτομα υπολογίζονται από τις ομοιοπολικές ακτίνες. Πολύ μεγάλες δομές, όπως ένα ολόκληρο καψίδιο ιού με εκατομμύρια άτομα, ανοίγουν με το cartoon και με τα άτομά τους σχεδιασμένα ως σημεία, ώστε το πρόγραμμα περιήγησης να ανταποκρίνεται.
Ενσωμάτωση στον ιστότοπό σας
Προσθέστε το εργαλείο στον ιστότοπό σας με μία γραμμή HTML. Επιλέξτε Ενσωμάτωση στη γραμμή εργαλείων για να δημιουργήσετε τον κώδικα ή χρησιμοποιήστε το παρακάτω παράδειγμα με τη διεύθυνση του αρχείου σας.
Τα αρχεία σας παραμένουν στον υπολογιστή σας
Τα αρχεία σας επεξεργάζονται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησης. Η επιλογή Κοινή χρήση μεταφορτώνει το αρχείο για τη δημιουργία συνδέσμου. Τα κοινόχρηστα αρχεία διατηρούνται για 90 ημέρες και έπειτα διαγράφονται.
Συχνές ερωτήσεις
▶Πώς ανοίγω μια δομή από την Protein Data Bank;
Στη σελίδα της καταχώρισης στο rcsb.org, στο PDBe ή στο PDBj, επιλέξτε Download Files και διαλέξτε PDB Format (ή PDBx/mmCIF για μεγάλες καταχωρίσεις), και μετά αφήστε το αρχείο πάνω στο πρόγραμμα προβολής. Ανοίγουν και οι δύο μορφές.
▶Γιατί η πρωτεΐνη μου εμφανίζεται ως κορδέλες;
Το cartoon δείχνει την αναδίπλωση κάθε αλυσίδας με μια ματιά. Για να δείτε κάθε άτομο, ενεργοποιήστε το Polymer atoms (ράβδοι) ή το Space filling (σφαίρες) στον πίνακα Layers, και απενεργοποιήστε το Cartoon αν θέλετε.
▶Ανοίγουν τα αρχεία PDBQT και PQR;
Ναι. Τα αρχεία PDBQT του AutoDock και του AutoDock Vina (υποδοχείς, προσδέτες και θέσεις πρόσδεσης) και τα αρχεία PQR του APBS ανοίγουν όπως τα αρχεία PDB. Ένα αρχείο PDBQT με πολλές θέσεις πρόσδεσης δείχνει την πρώτη.
▶Ποιο μοντέλο μιας δομής NMR εμφανίζεται;
Το πρώτο μοντέλο του συνόλου. Τα υπόλοιπα μοντέλα παραλείπονται κατά την ανάγνωση.
▶Πού είναι τα υδρογόνα και το νερό;
Βρίσκονται στα δικά τους επίπεδα, Hydrogens και Water, που ξεκινούν απενεργοποιημένα ώστε η δομή να παραμένει ευανάγνωστη. Ενεργοποιήστε τα στον πίνακα Layers.
▶Μπορώ να εκτυπώσω το μόριο σε τρισδιάστατο εκτυπωτή;
Ναι. Εξαγάγετε σε STL ή 3MF και ανοίξτε το αρχείο στο πρόγραμμα τεμαχισμού (slicer). Οι λεπτές κορδέλες cartoon και οι ράβδοι είναι εύθραυστες σε μικρά μεγέθη, οπότε για ανθεκτική εκτύπωση ενεργοποιήστε το Space filling (ή σφαίρες και ράβδους για ένα μικρό μόριο) πριν από την εξαγωγή, και μεγεθύνετε το μοντέλο στο slicer: ένα ångström στο αρχείο είναι μία μονάδα στην εξαγωγή.
▶Είναι πραγματικά δωρεάν αυτό το πρόγραμμα προβολής PDB;
Ναι, εντελώς δωρεάν. Χωρίς εγγραφή, χωρίς υδατογραφήματα και χωρίς όριο μεγέθους στο πρόγραμμα προβολής (η προαιρετική κοινή χρήση μέσω συνδέσμου δέχεται μεταφορτώσεις έως 100 MB). Δημιουργήθηκε από την Innerscene ως εργαλείο για αρχιτέκτονες, μηχανικούς και σχεδιαστές.
▶Μεταφορτώνονται τα αρχεία μου σε διακομιστή;
Όχι. Η ανάγνωση, η σχεδίαση και η μετατροπή γίνονται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησης: από προεπιλογή τίποτα δεν μεταφορτώνεται, δεν αποθηκεύεται και δεν μεταδίδεται. Το κουμπί Κοινή χρήση είναι η μόνη λειτουργία που μεταφορτώνει αρχείο, και μόνο όταν το πατήσετε ρητά.
▶Μπορώ να το μετατρέψω σε άλλη μορφή;
Ναι. Πατήστε Εξαγωγή στη γραμμή εργαλείων για να αποθηκεύσετε τη δομή ως GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ή USDZ, ή την προβολή ως εικόνα PNG. Η εξαγωγή περιλαμβάνει τα επίπεδα που έχετε ενεργοποιήσει, οπότε ενεργοποιήστε πρώτα το Space filling ή το Polymer atoms αν τα θέλετε στο αρχείο. Δεν υπάρχει εγγραφή σε PDB ή SDF: οι εξαγωγές είναι τρισδιάστατα μοντέλα της εικόνας που βλέπετε.
▶Μπορώ να ενσωματώσω αυτό το πρόγραμμα προβολής στον ιστότοπό μου;
Ναι. Πατήστε Ενσωμάτωση στη γραμμή εργαλείων για να δημιουργήσετε ένα απόσπασμα <iframe> μίας γραμμής που μπορείτε να επικολλήσετε σε οποιαδήποτε σελίδα HTML. Μπορείτε να επιλέξετε αν η ενσωμάτωση θα εμφανίζει τη γραμμή εργαλείων του προγράμματος προβολής.
Σχετικά εργαλεία και οδηγοί
Πρόγραμμα προβολής μορίων
Όλες οι μοριακές μορφές σε ένα πρόγραμμα προβολής
Πρόγραμμα προβολής CIF
Ανοίξτε PDBx/mmCIF, τη μορφή αρχειοθέτησης για μεγάλες καταχωρίσεις
Πρόγραμμα προβολής SDF και MOL
Ανοίξτε MDL molfiles και αρχεία SD
Πρόγραμμα προβολής GRO
Ανοίξτε αρχεία δομής GROMACS
STL σε VR
Δείτε ένα εξαγόμενο μοντέλο σε headset εικονικής πραγματικότητας