Προβολή και μετατροπή SDF / MOL (Δωρεάν)
Λειτουργεί απευθείας σε Chrome, Firefox, Safari και Edge.
Επίσης από την Innerscene: Circadian Lab, ένας δωρεάν υπολογιστής φωτισμού για τη φωτεινότητα χώρου, το μελανοπικό EML και τη θάμβωση.
Περιγράψτε μια ένωση, μια πρωτεΐνη ή έναν κρύσταλλο. Η AI το βρίσκει στο PubChem ή στο Protein Data Bank, ή το κατασκευάζει, και το ανοίγει εδώ.
Δημιουργήστε μοντέλο με AI
Περιγράψτε τι χρειάζεστε, ή προσθέστε μια φωτογραφία, και το AI το κατασκευάζει σε πραγματικό μέγεθος στο πρόγραμμα προβολής. Ζητήστε αλλαγές στη συνομιλία και μετά εξαγάγετέ το. Δωρεάν, με το δικό σας κλειδί Anthropic ή OpenAI.
Άνοιγμα της Γεννήτριας AIΤι είναι ένα αρχείο SDF / MOL;
Ένα αρχείο .mol (MDL molfile) ξεκινά με μια κεφαλίδα τριών γραμμών και μια γραμμή μετρήσεων, και ακολουθούν ένα μπλοκ ατόμων (συντεταγμένες και στοιχείο κάθε ατόμου) και ένα μπλοκ δεσμών (τα δύο άτομα κάθε δεσμού και η τάξη του: απλός, διπλός, τριπλός ή αρωματικός). Η κλασική διάταξη V2000 χρησιμοποιεί σταθερές στήλες· η διάταξη V3000 γράφει τα ίδια δεδομένα σε γραμμές M V30 και δεν έχει το όριο των 999 ατόμων.
Ένα αρχείο .sdf ή .sd (structure-data file) είναι μια σειρά από molfiles, το καθένα ακολουθούμενο από επώνυμα πεδία δεδομένων (ένα αναγνωριστικό, ένα όνομα, μια μετρημένη τιμή) και τερματισμένο από μια γραμμή $$$$. Το PubChem, το ChEMBL, το ZINC και οι περισσότεροι προμηθευτές ενώσεων διαθέτουν τις βιβλιοθήκες τους ως αρχεία SD.
Για πρωτεΐνες, δείτε το πρόγραμμα προβολής PDB· για τη μορφή Tripos που χρησιμοποιούν τα προγράμματα μοριακής πρόσδεσης, το πρόγραμμα προβολής MOL2· για όλες τις μοριακές μορφές σε μία σελίδα, το πρόγραμμα προβολής μοριακής δομής.
Ποιοι χρησιμοποιούν αρχεία SDF / MOL;
Φαρμακευτικοί και οργανικοί χημικοί, χημειοπληροφορικοί που εργάζονται με βιβλιοθήκες ενώσεων, μαθητές, φοιτητές και εκπαιδευτικοί σε μαθήματα χημείας, ερευνητές που κατεβάζουν ενώσεις από το PubChem ή το ChEMBL, και σχεδιαστές που θέλουν ένα πραγματικό μόριο (καφεΐνη, ένα άρωμα, μια χρωστική) για απόδοση, μελέτη λογοτύπου ή τρισδιάστατη εκτύπωση.
Συνηθισμένες χρήσεις
- Δείτε μια ένωση που κατεβάσατε από το PubChem ως τρισδιάστατη διαμόρφωση (conformer)
- Περιηγηθείτε στα μόρια ενός αρχείου SD, ένα επίπεδο ανά μόριο
- Ελέγξτε τους δεσμούς και τους δακτυλίους μιας δομής που σχεδιάστηκε στο ChemDraw ή σε άλλο πρόγραμμα σχεδίασης
- Μοιραστείτε ένα μόριο ως σύνδεσμο που ανοίγει σε οποιοδήποτε πρόγραμμα περιήγησης
- Εξαγάγετε ένα μόριο σε STL ή 3MF για τρισδιάστατα εκτυπωμένο μοντέλο, ή σε GLB ή USDZ για AR
Δυνατότητες
Ανοίγει αρχεία .sdf και .mol
MDL molfiles και αρχεία SD σε V2000 και V3000.
Σφαίρες και ράβδοι
Άτομα χρωματισμένα ανά στοιχείο, με τους διπλούς, τριπλούς και αρωματικούς δεσμούς σχεδιασμένους ως παράλληλους κυλίνδρους.
Πλήρωση χώρου
Ένα επίπεδο με κάθε άτομο στην ακτίνα van der Waals του.
Ένα επίπεδο ανά μόριο
Ένα αρχείο με πολλά μόρια ανοίγει με το καθένα στο δικό του επίπεδο, ονομασμένο από το αρχείο.
Ενώσεις PubChem
Μια τρισδιάστατη διαμόρφωση από το PubChem ανοίγει με την ένωση ονομασμένη από την εγγραφή της.
Εξαγωγή σε GLB, STL ή USDZ
Αποθηκεύστε τη δομή ως GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ή USDZ για απόδοση (render), τρισδιάστατη εκτύπωση ή AR, ή την προβολή ως PNG.
Μέτρηση σε ångström
Κάντε κλικ σε δύο άτομα για να μετρήσετε την απόσταση μεταξύ τους, σε Å.
Προβολή σε VR
Στο πρόγραμμα περιήγησης ενός headset το μόριο στέκεται σε ένα τραπέζι μπροστά σας.
Τίποτα δεν μεταφορτώνεται
Το αρχείο διαβάζεται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησής σας. Χωρίς λογαριασμό, χωρίς μεταφόρτωση, χωρίς αντίγραφο σε διακομιστή.
Κοινή χρήση και ενσωμάτωση
Στείλτε έναν σύνδεσμο που ανοίγει το μόριο σε οποιοδήποτε πρόγραμμα περιήγησης, ή ενσωματώστε το πρόγραμμα προβολής στη δική σας σελίδα με ένα μόνο iframe.
Συμβατότητα και σημειώσεις μορφής
Ανοίγουν molfiles V2000 και V3000, μεμονωμένα ή ως εγγραφές ενός αρχείου SD. Τα άτομα, οι δεσμοί και οι τάξεις δεσμών λαμβάνονται από το αρχείο. Ένα αρχείο με μόνο δισδιάστατες συντεταγμένες (ένα επίπεδο σχέδιο από πρόγραμμα σχεδίασης) ανοίγει επίπεδο, όπως είναι το σχέδιο· κατεβάστε την τρισδιάστατη διαμόρφωση από το PubChem για ένα τρισδιάστατο μόριο.
Το μόριο ανοίγει ως σφαίρες και ράβδοι, με κάθε άτομο χρωματισμένο ανά στοιχείο στα χρώματα Jmol, με τους διπλούς και τριπλούς δεσμούς σχεδιασμένους ως δύο ή τρεις παράλληλους κυλίνδρους και τους αρωματικούς δεσμούς ως ζεύγος. Ένα επίπεδο Space filling δείχνει κάθε άτομο στην ακτίνα van der Waals του. Ένα αρχείο SD με πολλά μόρια ανοίγει με ένα επίπεδο ανά μόριο (για τα πρώτα 200· η γραμμή κατάστασης μετρά τα υπόλοιπα), ώστε να μπορείτε να τα δείξετε ένα ένα ή όλα μαζί.
Οι συντεταγμένες διαβάζονται σε ångström (Å) και διατηρούνται σε αυτή την κλίμακα, οπότε το εργαλείο μέτρησης δίνει αποστάσεις σε Å. Οι δεσμοί λαμβάνονται από το αρχείο όπου τους καταγράφει, και για τα υπόλοιπα άτομα υπολογίζονται από τις ομοιοπολικές ακτίνες. Πολύ μεγάλες δομές, όπως ένα ολόκληρο καψίδιο ιού με εκατομμύρια άτομα, ανοίγουν με το cartoon και με τα άτομά τους σχεδιασμένα ως σημεία, ώστε το πρόγραμμα περιήγησης να ανταποκρίνεται.
Ενσωμάτωση στον ιστότοπό σας
Προσθέστε το εργαλείο στον ιστότοπό σας με μία γραμμή HTML. Επιλέξτε Ενσωμάτωση στη γραμμή εργαλείων για να δημιουργήσετε τον κώδικα ή χρησιμοποιήστε το παρακάτω παράδειγμα με τη διεύθυνση του αρχείου σας.
Τα αρχεία σας παραμένουν στον υπολογιστή σας
Τα αρχεία σας επεξεργάζονται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησης. Η επιλογή Κοινή χρήση μεταφορτώνει το αρχείο για τη δημιουργία συνδέσμου. Τα κοινόχρηστα αρχεία διατηρούνται για 90 ημέρες και έπειτα διαγράφονται.
Συχνές ερωτήσεις
▶Ποιες εκδόσεις molfile ανοίγουν;
Οι V2000 και V3000, ως μεμονωμένα αρχεία .mol ή ως εγγραφές ενός αρχείου .sdf ή .sd.
▶Πώς εμφανίζονται τα μόρια ενός αρχείου SD;
Κάθε μόριο είναι ένα δικό του επίπεδο, οπότε ο πίνακας Layers τα παραθέτει με το όνομά τους. Ενεργοποιήστε και απενεργοποιήστε επίπεδα για να δείτε ένα μόριο ή να συγκρίνετε πολλά.
▶Γιατί το μόριό μου είναι επίπεδο;
Το αρχείο έχει δισδιάστατες συντεταγμένες: είναι ένα σχέδιο από πρόγραμμα σχεδίασης με κάθε τιμή z ίση με μηδέν. Το πρόγραμμα προβολής σχεδιάζει τα άτομα εκεί όπου τα τοποθετεί το αρχείο. Το PubChem προσφέρει τρισδιάστατη διαμόρφωση για τις περισσότερες ενώσεις στο Download, 3D Conformer, SDF.
▶Εμφανίζονται οι διπλοί και οι αρωματικοί δεσμοί;
Ναι. Οι διπλοί δεσμοί σχεδιάζονται ως δύο παράλληλοι κύλινδροι, οι τριπλοί ως τρεις και οι αρωματικοί ως ζεύγος, στο επίπεδο των γειτονικών ατόμων.
▶Εμφανίζονται τα πεδία δεδομένων ενός αρχείου SD;
Το όνομα του μορίου γίνεται η ετικέτα του επιπέδου του. Τα υπόλοιπα πεδία δεδομένων παραλείπονται κατά την ανάγνωση.
▶Μπορώ να εκτυπώσω το μόριο σε τρισδιάστατο εκτυπωτή;
Ναι. Εξαγάγετε σε STL ή 3MF και ανοίξτε το αρχείο στο πρόγραμμα τεμαχισμού (slicer). Οι λεπτές κορδέλες cartoon και οι ράβδοι είναι εύθραυστες σε μικρά μεγέθη, οπότε για ανθεκτική εκτύπωση ενεργοποιήστε το Space filling (ή σφαίρες και ράβδους για ένα μικρό μόριο) πριν από την εξαγωγή, και μεγεθύνετε το μοντέλο στο slicer: ένα ångström στο αρχείο είναι μία μονάδα στην εξαγωγή.
▶Είναι πραγματικά δωρεάν αυτό το πρόγραμμα προβολής SDF / MOL;
Ναι, εντελώς δωρεάν. Χωρίς εγγραφή, χωρίς υδατογραφήματα και χωρίς όριο μεγέθους στο πρόγραμμα προβολής (η προαιρετική κοινή χρήση μέσω συνδέσμου δέχεται μεταφορτώσεις έως 100 MB). Δημιουργήθηκε από την Innerscene ως εργαλείο για αρχιτέκτονες, μηχανικούς και σχεδιαστές.
▶Μεταφορτώνονται τα αρχεία μου σε διακομιστή;
Όχι. Η ανάγνωση, η σχεδίαση και η μετατροπή γίνονται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησης: από προεπιλογή τίποτα δεν μεταφορτώνεται, δεν αποθηκεύεται και δεν μεταδίδεται. Το κουμπί Κοινή χρήση είναι η μόνη λειτουργία που μεταφορτώνει αρχείο, και μόνο όταν το πατήσετε ρητά.
▶Μπορώ να το μετατρέψω σε άλλη μορφή;
Ναι. Πατήστε Εξαγωγή στη γραμμή εργαλείων για να αποθηκεύσετε τη δομή ως GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ή USDZ, ή την προβολή ως εικόνα PNG. Η εξαγωγή περιλαμβάνει τα επίπεδα που έχετε ενεργοποιήσει, οπότε ενεργοποιήστε πρώτα το Space filling ή το Polymer atoms αν τα θέλετε στο αρχείο. Δεν υπάρχει εγγραφή σε PDB ή SDF: οι εξαγωγές είναι τρισδιάστατα μοντέλα της εικόνας που βλέπετε.
▶Μπορώ να ενσωματώσω αυτό το πρόγραμμα προβολής στον ιστότοπό μου;
Ναι. Πατήστε Ενσωμάτωση στη γραμμή εργαλείων για να δημιουργήσετε ένα απόσπασμα <iframe> μίας γραμμής που μπορείτε να επικολλήσετε σε οποιαδήποτε σελίδα HTML. Μπορείτε να επιλέξετε αν η ενσωμάτωση θα εμφανίζει τη γραμμή εργαλείων του προγράμματος προβολής.
Σχετικά εργαλεία και οδηγοί
Πρόγραμμα προβολής μορίων
Όλες οι μοριακές μορφές σε ένα πρόγραμμα προβολής
Πρόγραμμα προβολής MOL2
Ανοίξτε αρχεία Tripos MOL2
Πρόγραμμα προβολής PDB
Ανοίξτε δομές της Protein Data Bank, PDBQT και PQR
Πρόγραμμα προβολής CIF
Ανοίξτε PDBx/mmCIF και κρυσταλλογραφικά CIF
STL σε VR
Δείτε ένα εξαγόμενο μοντέλο σε headset εικονικής πραγματικότητας