Προβολή και μετατροπή μοριακής δομής (Δωρεάν)
Λειτουργεί απευθείας σε Chrome, Firefox, Safari και Edge.
Επίσης από την Innerscene: Circadian Lab, ένας δωρεάν υπολογιστής φωτισμού για τη φωτεινότητα χώρου, το μελανοπικό EML και τη θάμβωση.
Περιγράψτε μια ένωση, μια πρωτεΐνη ή έναν κρύσταλλο. Η AI το βρίσκει στο PubChem ή στο Protein Data Bank, ή το κατασκευάζει, και το ανοίγει εδώ.
Δημιουργήστε μοντέλο με AI
Περιγράψτε τι χρειάζεστε, ή προσθέστε μια φωτογραφία, και το AI το κατασκευάζει σε πραγματικό μέγεθος στο πρόγραμμα προβολής. Ζητήστε αλλαγές στη συνομιλία και μετά εξαγάγετέ το. Δωρεάν, με το δικό σας κλειδί Anthropic ή OpenAI.
Άνοιγμα της Γεννήτριας AIΤι είναι ένα αρχείο μοριακής δομής;
Κάθε μοριακό αρχείο αποθηκεύει τον ίδιο πυρήνα: μια λίστα ατόμων, το καθένα με το στοιχείο του και τη θέση του σε ångström (ένα δεκαδισεκατομμυριοστό του μέτρου). Οι μορφές διαφέρουν σε ό,τι προσθέτουν. Οι δομές πρωτεϊνών και νουκλεϊκών οξέων (PDB και mmCIF) ομαδοποιούν τα άτομα σε κατάλοιπα (residues) και αλυσίδες και καταγράφουν έλικες και κλώνους· οι μορφές μικρών μορίων (SDF και MOL, MOL2) καταγράφουν κάθε δεσμό με την τάξη του· ένα κρυσταλλογραφικό CIF δίνει τη μοναδιαία κυψελίδα· ένα αρχείο GROMACS .gro είναι στιγμιότυπο ενός κουτιού προσομοίωσης· και ένα χημικό αρχείο .xyz περιέχει μόνο το στοιχείο και τις συντεταγμένες κάθε ατόμου.
Αυτό το πρόγραμμα προβολής διαβάζει όλες αυτές τις μορφές και επιλέγει τη σχεδίαση που ταιριάζει στο μόριο. Οι πρωτεΐνες και τα νουκλεϊκά οξέα ανοίγουν ως cartoon των αλυσίδων τους με τους προσδέτες ως σφαίρες και ράβδους· τα μικρά μόρια ανοίγουν ως σφαίρες και ράβδοι, με τους διπλούς, τριπλούς και αρωματικούς δεσμούς σχεδιασμένους ως παράλληλους κυλίνδρους. Τα άτομα χρωματίζονται ανά στοιχείο στα γνωστά χρώματα Jmol, και ένα επίπεδο Space filling (πλήρωση χώρου) δείχνει κάθε άτομο στην ακτίνα van der Waals του.
Κάθε μορφή έχει τη δική της σελίδα με τις λεπτομέρειες: πρόγραμμα προβολής PDB, πρόγραμμα προβολής CIF, πρόγραμμα προβολής SDF και MOL, πρόγραμμα προβολής MOL2 και πρόγραμμα προβολής GRO.
Ποιοι χρησιμοποιούν αρχεία μοριακής δομής;
Δομικοί βιολόγοι, βιοχημικοί και φαρμακευτικοί χημικοί που ελέγχουν μια δομή χωρίς να ανοίξουν το PyMOL, το ChimeraX ή το Avogadro· μαθητές, φοιτητές και εκπαιδευτικοί σε μαθήματα βιολογίας και χημείας· επιστημονικοί συντάκτες και εικονογράφοι· και σχεδιαστές, αρχιτέκτονες και δημιουργοί εκθέσεων που θέλουν μια πραγματική πρωτεΐνη ή έναν κρύσταλλο για μια απόδοση, μια τρισδιάστατη εκτύπωση, ένα γλυπτό ή ένα κομμάτι κτιρίου.
Συνηθισμένες χρήσεις
- Ανοίξτε μια πρωτεΐνη που κατεβάσατε από την RCSB Protein Data Bank και περιστρέψτε την σε 3D
- Δείτε μια ένωση από το PubChem ή το ChEMBL ως σφαίρες και ράβδους
- Ελέγξτε μια κρυσταλλική δομή από την Crystallography Open Database με τη μοναδιαία κυψελίδα της
- Μοιραστείτε μια δομή με μια τάξη, έναν συνάδελφο ή έναν πελάτη ως σύνδεσμο που ανοίγει σε οποιοδήποτε πρόγραμμα περιήγησης
- Εξαγάγετε ένα μόριο σε STL ή 3MF για τρισδιάστατη εκτύπωση, ή σε GLB, FBX ή USDZ για το Blender, μια μηχανή παιχνιδιών ή AR
Δυνατότητες
Ανοίγει όλες τις συνήθεις μορφές
PDB, PDBQT, PQR, mmCIF, CIF, SDF, MOL, MOL2, GRO και χημικό XYZ.
Cartoon κάθε αλυσίδας
Έλικες και κλώνοι ως κορδέλες από το αρχείο, ή υπολογισμένοι από την αλυσίδα των Cα· μία αλυσίδα χρωματίζεται από μπλε έως κόκκινο, ενώ πολλές αλυσίδες παίρνουν η καθεμία το δικό της χρώμα.
DNA και RNA
Τα νουκλεϊκά οξέα ως σωλήνας κατά μήκος του σκελετού, με τις βάσεις ως ράβδους.
Προσδέτες ως σφαίρες και ράβδοι
Δεσμευμένοι προσδέτες, συμπαράγοντες και ιόντα σχεδιασμένοι ως σφαίρες και ράβδοι, χρωματισμένοι ανά στοιχείο.
Σφαίρες και ράβδοι
Άτομα χρωματισμένα ανά στοιχείο, με τους διπλούς, τριπλούς και αρωματικούς δεσμούς σχεδιασμένους ως παράλληλους κυλίνδρους.
Πλήρωση χώρου
Ένα επίπεδο με κάθε άτομο στην ακτίνα van der Waals του.
Εξαγωγή σε GLB, STL ή USDZ
Αποθηκεύστε τη δομή ως GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ή USDZ για απόδοση (render), τρισδιάστατη εκτύπωση ή AR, ή την προβολή ως PNG.
Μέτρηση σε ångström
Κάντε κλικ σε δύο άτομα για να μετρήσετε την απόσταση μεταξύ τους, σε Å.
Προβολή σε VR
Στο πρόγραμμα περιήγησης ενός headset το μόριο στέκεται σε ένα τραπέζι μπροστά σας.
Τίποτα δεν μεταφορτώνεται
Το αρχείο διαβάζεται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησής σας. Χωρίς λογαριασμό, χωρίς μεταφόρτωση, χωρίς αντίγραφο σε διακομιστή.
Κοινή χρήση και ενσωμάτωση
Στείλτε έναν σύνδεσμο που ανοίγει το μόριο σε οποιοδήποτε πρόγραμμα περιήγησης, ή ενσωματώστε το πρόγραμμα προβολής στη δική σας σελίδα με ένα μόνο iframe.
Συμβατότητα και σημειώσεις μορφής
Αρχεία που ανοίγουν: PDB (.pdb, .ent) με τις παραλλαγές του PDBQT του AutoDock (.pdbqt) και PQR του APBS (.pqr)· PDBx/mmCIF και CIF μικρών μορίων (.cif, .mmcif, .mcif)· MDL molfiles και αρχεία SD σε V2000 και V3000 (.mol, .sdf, .sd)· Tripos MOL2 (.mol2, .ml2)· δομές GROMACS (.gro)· και χημικό XYZ (.xyz). Ένα αρχείο .xyz που είναι μόριο ξεχωρίζει από ένα αρχείο .xyz νέφους σημείων με βάση το περιεχόμενό του.
Οι πρωτεΐνες ανοίγουν ως αναπαράσταση cartoon: οι έλικες και οι κλώνοι ως κορδέλες, όπως τους δίνουν οι εγγραφές δευτεροταγούς δομής του αρχείου όταν υπάρχουν, ή όπως υπολογίζονται από την αλυσίδα των Cα όταν δεν υπάρχουν, με τους βρόχους ως στρογγυλό σωλήνα. Μια μεμονωμένη αλυσίδα χρωματίζεται κατά μήκος της αλληλουχίας της, από μπλε στην αρχή έως κόκκινο στο τέλος· όταν υπάρχουν πολλές αλυσίδες, η καθεμία παίρνει το δικό της χρώμα. Το DNA και το RNA ανοίγουν ως σωλήνας κατά μήκος του σκελετού (backbone) με τις βάσεις ως ράβδους. Οι προσδέτες (ligands) σχεδιάζονται ως σφαίρες και ράβδοι, χρωματισμένοι ανά στοιχείο (άνθρακας γκρι, οξυγόνο κόκκινο, άζωτο μπλε, θείο κίτρινο, στα χρώματα Jmol).
Τα μικρά μόρια ανοίγουν ως σφαίρες και ράβδοι, με ένα επίπεδο Space filling δίπλα. Ένα αρχείο SD ή MOL2 με πολλά μόρια ανοίγει με ένα επίπεδο ανά μόριο. Σχεδιάζεται μόνο το πρώτο μοντέλο ενός συνόλου NMR και μόνο το πρώτο καρέ ενός αρχείου XYZ με πολλά καρέ.
Οι συντεταγμένες διαβάζονται σε ångström (Å) και διατηρούνται σε αυτή την κλίμακα, οπότε το εργαλείο μέτρησης δίνει αποστάσεις σε Å. Οι δεσμοί λαμβάνονται από το αρχείο όπου τους καταγράφει, και για τα υπόλοιπα άτομα υπολογίζονται από τις ομοιοπολικές ακτίνες. Πολύ μεγάλες δομές, όπως ένα ολόκληρο καψίδιο ιού με εκατομμύρια άτομα, ανοίγουν με το cartoon και με τα άτομά τους σχεδιασμένα ως σημεία, ώστε το πρόγραμμα περιήγησης να ανταποκρίνεται.
Ενσωμάτωση στον ιστότοπό σας
Προσθέστε το εργαλείο στον ιστότοπό σας με μία γραμμή HTML. Επιλέξτε Ενσωμάτωση στη γραμμή εργαλείων για να δημιουργήσετε τον κώδικα ή χρησιμοποιήστε το παρακάτω παράδειγμα με τη διεύθυνση του αρχείου σας.
Τα αρχεία σας παραμένουν στον υπολογιστή σας
Τα αρχεία σας επεξεργάζονται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησης. Η επιλογή Κοινή χρήση μεταφορτώνει το αρχείο για τη δημιουργία συνδέσμου. Τα κοινόχρηστα αρχεία διατηρούνται για 90 ημέρες και έπειτα διαγράφονται.
Συχνές ερωτήσεις
▶Ποιες μορφές μοριακών αρχείων ανοίγουν;
PDB, PDBQT και PQR· PDBx/mmCIF και κρυσταλλογραφικό CIF· MDL MOL και SDF (V2000 και V3000)· Tripos MOL2· GROMACS GRO· και χημικό XYZ. Η μορφή αναγνωρίζεται από το περιεχόμενο του αρχείου καθώς και από την επέκτασή του.
▶Πώς σχεδιάζεται το μόριο;
Οι πρωτεΐνες και τα νουκλεϊκά οξέα ως cartoon των αλυσίδων τους, με τους προσδέτες ως σφαίρες και ράβδους. Τα μικρά μόρια ως σφαίρες και ράβδοι, με τους διπλούς, τριπλούς και αρωματικούς δεσμούς ως παράλληλους κυλίνδρους. Κάθε άτομο χρωματίζεται ανά στοιχείο, και ο πίνακας Layers ενεργοποιεί ράβδους για κάθε άτομο, υδρογόνα, νερό, πλήρωση χώρου και τη μοναδιαία κυψελίδα.
▶Χρειάζομαι PyMOL, ChimeraX ή άλλο λογισμικό χημείας;
Όχι. Το αρχείο διαβάζεται και σχεδιάζεται στο πρόγραμμα περιήγησης σε οποιονδήποτε υπολογιστή, tablet ή τηλέφωνο. Τίποτα δεν εγκαθίσταται και τίποτα δεν μεταφορτώνεται.
▶Σε ποιες μονάδες είναι οι συντεταγμένες;
Σε ångström, όπως τις αποθηκεύουν τα αρχεία (ένα αρχείο GROMACS σε νανόμετρα μετατρέπεται σε ångström). Το εργαλείο μέτρησης δίνει αποστάσεις σε Å, οπότε ένας απλός δεσμός άνθρακα-άνθρακα μετρά περίπου 1,5.
▶Μπορώ να εκτυπώσω το μόριο σε τρισδιάστατο εκτυπωτή;
Ναι. Εξαγάγετε σε STL ή 3MF και ανοίξτε το αρχείο στο πρόγραμμα τεμαχισμού (slicer). Οι λεπτές κορδέλες cartoon και οι ράβδοι είναι εύθραυστες σε μικρά μεγέθη, οπότε για ανθεκτική εκτύπωση ενεργοποιήστε το Space filling (ή σφαίρες και ράβδους για ένα μικρό μόριο) πριν από την εξαγωγή, και μεγεθύνετε το μοντέλο στο slicer: ένα ångström στο αρχείο είναι μία μονάδα στην εξαγωγή.
▶Μπορώ να το δω σε εικονική πραγματικότητα (VR);
Ναι. Στο πρόγραμμα περιήγησης ενός headset (Meta Quest, Apple Vision Pro, Pico) πατήστε VR στη γραμμή εργαλείων και το μόριο στέκεται σε ένα τραπέζι μπροστά σας, σε μέγεθος που σας επιτρέπει να περπατήσετε γύρω του και να σκύψετε μέσα του.
▶Είναι πραγματικά δωρεάν αυτό το πρόγραμμα προβολής μοριακής δομής;
Ναι, εντελώς δωρεάν. Χωρίς εγγραφή, χωρίς υδατογραφήματα και χωρίς όριο μεγέθους στο πρόγραμμα προβολής (η προαιρετική κοινή χρήση μέσω συνδέσμου δέχεται μεταφορτώσεις έως 100 MB). Δημιουργήθηκε από την Innerscene ως εργαλείο για αρχιτέκτονες, μηχανικούς και σχεδιαστές.
▶Μεταφορτώνονται τα αρχεία μου σε διακομιστή;
Όχι. Η ανάγνωση, η σχεδίαση και η μετατροπή γίνονται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησης: από προεπιλογή τίποτα δεν μεταφορτώνεται, δεν αποθηκεύεται και δεν μεταδίδεται. Το κουμπί Κοινή χρήση είναι η μόνη λειτουργία που μεταφορτώνει αρχείο, και μόνο όταν το πατήσετε ρητά.
▶Μπορώ να το μετατρέψω σε άλλη μορφή;
Ναι. Πατήστε Εξαγωγή στη γραμμή εργαλείων για να αποθηκεύσετε τη δομή ως GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ή USDZ, ή την προβολή ως εικόνα PNG. Η εξαγωγή περιλαμβάνει τα επίπεδα που έχετε ενεργοποιήσει, οπότε ενεργοποιήστε πρώτα το Space filling ή το Polymer atoms αν τα θέλετε στο αρχείο. Δεν υπάρχει εγγραφή σε PDB ή SDF: οι εξαγωγές είναι τρισδιάστατα μοντέλα της εικόνας που βλέπετε.
▶Μπορώ να ενσωματώσω αυτό το πρόγραμμα προβολής στον ιστότοπό μου;
Ναι. Πατήστε Ενσωμάτωση στη γραμμή εργαλείων για να δημιουργήσετε ένα απόσπασμα <iframe> μίας γραμμής που μπορείτε να επικολλήσετε σε οποιαδήποτε σελίδα HTML. Μπορείτε να επιλέξετε αν η ενσωμάτωση θα εμφανίζει τη γραμμή εργαλείων του προγράμματος προβολής.
Σχετικά εργαλεία και οδηγοί
Πρόγραμμα προβολής PDB
Ανοίξτε δομές της Protein Data Bank, PDBQT και PQR
Πρόγραμμα προβολής CIF
Ανοίξτε PDBx/mmCIF και κρυσταλλογραφικά CIF
Πρόγραμμα προβολής SDF και MOL
Ανοίξτε MDL molfiles και αρχεία SD
Πρόγραμμα προβολής MOL2
Ανοίξτε αρχεία Tripos MOL2
Πρόγραμμα προβολής GRO
Ανοίξτε αρχεία δομής GROMACS
STL σε VR
Δείτε ένα εξαγόμενο μοντέλο σε headset εικονικής πραγματικότητας