Προβολή και μετατροπή GRO (Δωρεάν)
Λειτουργεί απευθείας σε Chrome, Firefox, Safari και Edge.
Επίσης από την Innerscene: Circadian Lab, ένας δωρεάν υπολογιστής φωτισμού για τη φωτεινότητα χώρου, το μελανοπικό EML και τη θάμβωση.
Περιγράψτε μια ένωση, μια πρωτεΐνη ή έναν κρύσταλλο. Η AI το βρίσκει στο PubChem ή στο Protein Data Bank, ή το κατασκευάζει, και το ανοίγει εδώ.
Δημιουργήστε μοντέλο με AI
Περιγράψτε τι χρειάζεστε, ή προσθέστε μια φωτογραφία, και το AI το κατασκευάζει σε πραγματικό μέγεθος στο πρόγραμμα προβολής. Ζητήστε αλλαγές στη συνομιλία και μετά εξαγάγετέ το. Δωρεάν, με το δικό σας κλειδί Anthropic ή OpenAI.
Άνοιγμα της Γεννήτριας AIΤι είναι ένα αρχείο GRO;
Ένα αρχείο .gro είναι απλό κείμενο. Η πρώτη γραμμή είναι ένας τίτλος, η δεύτερη ο αριθμός των ατόμων, και κάθε γραμμή ατόμου δίνει τον αριθμό και το όνομα του καταλοίπου, το όνομα και τον αριθμό του ατόμου και τη θέση x, y και z σε νανόμετρα, προαιρετικά ακολουθούμενη από ταχύτητες. Η τελευταία γραμμή είναι το κουτί: τρία μήκη για ορθογώνιο κουτί, εννέα αριθμοί για τρικλινές.
Το GROMACS γράφει αρχεία .gro όταν δημιουργεί ένα σύστημα (gmx pdb2gmx, gmx solvate, gmx genion) και στο τέλος μιας εκτέλεσης (confout.gro), και το gmx trjconv γράφει καρέ μιας τροχιάς (trajectory) ως .gro. Ένα σύστημα είναι συνήθως μια πρωτεΐνη ή μια μεμβράνη περιτριγυρισμένη από χιλιάδες μόρια νερού και ιόντα.
Για τη μορφή της Protein Data Bank, δείτε το πρόγραμμα προβολής PDB· για όλες τις μοριακές μορφές σε μία σελίδα, το πρόγραμμα προβολής μοριακής δομής.
Ποιοι χρησιμοποιούν αρχεία GRO;
Ερευνητές και φοιτητές που εκτελούν μοριακή δυναμική με το GROMACS, βιοφυσικοί που προσομοιώνουν πρωτεΐνες και μεμβράνες, διδάσκοντες μαθημάτων υπολογιστικής χημείας, και όποιος θέλει μια γρήγορη ματιά σε ένα σύστημα από φορητό υπολογιστή, tablet ή τηλέφωνο μακριά από τη συστοιχία υπολογιστών (cluster).
Συνηθισμένες χρήσεις
- Ελέγξτε ένα επιδιαλυτωμένο σύστημα με ιόντα πριν ξεκινήσετε μια εκτέλεση
- Δείτε το τελευταίο καρέ μιας προσομοίωσης χωρίς να το αντιγράψετε σε σταθμό εργασίας με VMD
- Δείτε το κουτί προσομοίωσης γύρω από μια πρωτεΐνη ή μια μεμβράνη
- Μοιραστείτε ένα στιγμιότυπο με τον επιβλέποντα ή έναν συνάδελφο ως σύνδεσμο που ανοίγει σε οποιοδήποτε πρόγραμμα περιήγησης
- Εξαγάγετε ένα καρέ σε GLB ή OBJ για εικόνα δημοσίευσης, απόδοση ή διαφάνεια παρουσίασης
Δυνατότητες
Ανοίγει αρχεία .gro
Δομές και στιγμιότυπα GROMACS, μετατρεπόμενα από νανόμετρα σε ångström.
Το κουτί προσομοίωσης
Ένα ορθογώνιο κουτί σχεδιασμένο ως το επίπεδο Unit cell.
Cartoon κάθε αλυσίδας
Έλικες και κλώνοι ως κορδέλες από το αρχείο, ή υπολογισμένοι από την αλυσίδα των Cα· μία αλυσίδα χρωματίζεται από μπλε έως κόκκινο, ενώ πολλές αλυσίδες παίρνουν η καθεμία το δικό της χρώμα.
DNA και RNA
Τα νουκλεϊκά οξέα ως σωλήνας κατά μήκος του σκελετού, με τις βάσεις ως ράβδους.
Προσδέτες ως σφαίρες και ράβδοι
Δεσμευμένοι προσδέτες, συμπαράγοντες και ιόντα σχεδιασμένοι ως σφαίρες και ράβδοι, χρωματισμένοι ανά στοιχείο.
Νερό και ιόντα στα δικά τους επίπεδα
Το νερό ξεκινά σε απενεργοποιημένο επίπεδο ώστε να φαίνεται η πρωτεΐνη ή η μεμβράνη.
Εξαγωγή σε GLB, STL ή USDZ
Αποθηκεύστε τη δομή ως GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ή USDZ για απόδοση (render), τρισδιάστατη εκτύπωση ή AR, ή την προβολή ως PNG.
Μέτρηση σε ångström
Κάντε κλικ σε δύο άτομα για να μετρήσετε την απόσταση μεταξύ τους, σε Å.
Προβολή σε VR
Στο πρόγραμμα περιήγησης ενός headset το μόριο στέκεται σε ένα τραπέζι μπροστά σας.
Τίποτα δεν μεταφορτώνεται
Το αρχείο διαβάζεται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησής σας. Χωρίς λογαριασμό, χωρίς μεταφόρτωση, χωρίς αντίγραφο σε διακομιστή.
Κοινή χρήση και ενσωμάτωση
Στείλτε έναν σύνδεσμο που ανοίγει το μόριο σε οποιοδήποτε πρόγραμμα περιήγησης, ή ενσωματώστε το πρόγραμμα προβολής στη δική σας σελίδα με ένα μόνο iframe.
Συμβατότητα και σημειώσεις μορφής
Διαβάζονται οι γραμμές ατόμων και η γραμμή του κουτιού. Οι θέσεις μετατρέπονται από νανόμετρα σε ångström, οπότε η δομή έχει τις ίδιες διαστάσεις με το αρχείο PDB της. Το στοιχείο κάθε ατόμου προκύπτει από το όνομα του ατόμου και του καταλοίπου, και οι δεσμοί από τις ομοιοπολικές ακτίνες (ένα αρχείο .gro δεν καταγράφει δεσμούς). Ένα ορθογώνιο κουτί σχεδιάζεται ως το επίπεδο Unit cell. Οι ταχύτητες παραλείπονται, και σχεδιάζεται μόνο το πρώτο καρέ ενός αρχείου με πολλά καρέ.
Οι πρωτεΐνες ανοίγουν ως αναπαράσταση cartoon: οι έλικες και οι κλώνοι ως κορδέλες, όπως τους δίνουν οι εγγραφές δευτεροταγούς δομής του αρχείου όταν υπάρχουν, ή όπως υπολογίζονται από την αλυσίδα των Cα όταν δεν υπάρχουν, με τους βρόχους ως στρογγυλό σωλήνα. Μια μεμονωμένη αλυσίδα χρωματίζεται κατά μήκος της αλληλουχίας της, από μπλε στην αρχή έως κόκκινο στο τέλος· όταν υπάρχουν πολλές αλυσίδες, η καθεμία παίρνει το δικό της χρώμα. Το DNA και το RNA ανοίγουν ως σωλήνας κατά μήκος του σκελετού (backbone) με τις βάσεις ως ράβδους. Οι προσδέτες (ligands) σχεδιάζονται ως σφαίρες και ράβδοι, χρωματισμένοι ανά στοιχείο (άνθρακας γκρι, οξυγόνο κόκκινο, άζωτο μπλε, θείο κίτρινο, στα χρώματα Jmol).
Κάθε αναπαράσταση είναι ένα επίπεδο που μπορείτε να ενεργοποιήσετε και να απενεργοποιήσετε: Cartoon (κορδέλες), Polymer atoms (άτομα πολυμερούς: κάθε βαρύ άτομο των αλυσίδων ως ράβδοι), Hydrogens (υδρογόνα), Ligands (προσδέτες), Water (νερό), Space filling (πλήρωση χώρου: κάθε άτομο εκτός από το νερό ως σφαίρα με την ακτίνα van der Waals του) και Unit cell (μοναδιαία κυψελίδα) όταν το αρχείο την ορίζει. Τα Cartoon και Ligands είναι ενεργά όταν ανοίγει το αρχείο· τα υπόλοιπα περιμένουν στον πίνακα Layers (επίπεδα).
Οι συντεταγμένες διαβάζονται σε ångström (Å) και διατηρούνται σε αυτή την κλίμακα, οπότε το εργαλείο μέτρησης δίνει αποστάσεις σε Å. Οι δεσμοί λαμβάνονται από το αρχείο όπου τους καταγράφει, και για τα υπόλοιπα άτομα υπολογίζονται από τις ομοιοπολικές ακτίνες. Πολύ μεγάλες δομές, όπως ένα ολόκληρο καψίδιο ιού με εκατομμύρια άτομα, ανοίγουν με το cartoon και με τα άτομά τους σχεδιασμένα ως σημεία, ώστε το πρόγραμμα περιήγησης να ανταποκρίνεται.
Ενσωμάτωση στον ιστότοπό σας
Προσθέστε το εργαλείο στον ιστότοπό σας με μία γραμμή HTML. Επιλέξτε Ενσωμάτωση στη γραμμή εργαλείων για να δημιουργήσετε τον κώδικα ή χρησιμοποιήστε το παρακάτω παράδειγμα με τη διεύθυνση του αρχείου σας.
Τα αρχεία σας παραμένουν στον υπολογιστή σας
Τα αρχεία σας επεξεργάζονται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησης. Η επιλογή Κοινή χρήση μεταφορτώνει το αρχείο για τη δημιουργία συνδέσμου. Τα κοινόχρηστα αρχεία διατηρούνται για 90 ημέρες και έπειτα διαγράφονται.
Συχνές ερωτήσεις
▶Γιατί το σύστημά μου ανοίγει χωρίς το νερό του;
Το επίπεδο Water ξεκινά απενεργοποιημένο ώστε να φαίνεται η πρωτεΐνη ή η μεμβράνη. Ενεργοποιήστε το στον πίνακα Layers για να δείτε τον διαλύτη.
▶Ποιες μονάδες χρησιμοποιούνται;
Το GROMACS αποθηκεύει νανόμετρα· το πρόγραμμα προβολής τα μετατρέπει σε ångström, τη μονάδα των άλλων μοριακών μορφών, και το εργαλείο μέτρησης δίνει Å.
▶Εμφανίζεται το κουτί προσομοίωσης;
Ένα ορθογώνιο κουτί εμφανίζεται, ως το επίπεδο Unit cell που σχεδιάζεται από την τελευταία γραμμή του αρχείου. Ένα τρικλινές κουτί (εννέα αριθμοί) παραλείπεται.
▶Μπορώ να αναπαραγάγω μια τροχιά;
Όχι. Το πρόγραμμα προβολής σχεδιάζει ένα καρέ: το πρώτο του αρχείου. Χρησιμοποιήστε το gmx trjconv -dump για να γράψετε το καρέ που θέλετε ως ξεχωριστό αρχείο .gro.
▶Πώς προκύπτουν οι δεσμοί;
Ένα αρχείο .gro δεν περιέχει δεσμούς, οπότε συνάγονται από την απόσταση μεταξύ των ατόμων και τις ομοιοπολικές ακτίνες τους.
▶Μπορώ να εκτυπώσω το μόριο σε τρισδιάστατο εκτυπωτή;
Ναι. Εξαγάγετε σε STL ή 3MF και ανοίξτε το αρχείο στο πρόγραμμα τεμαχισμού (slicer). Οι λεπτές κορδέλες cartoon και οι ράβδοι είναι εύθραυστες σε μικρά μεγέθη, οπότε για ανθεκτική εκτύπωση ενεργοποιήστε το Space filling (ή σφαίρες και ράβδους για ένα μικρό μόριο) πριν από την εξαγωγή, και μεγεθύνετε το μοντέλο στο slicer: ένα ångström στο αρχείο είναι μία μονάδα στην εξαγωγή.
▶Είναι πραγματικά δωρεάν αυτό το πρόγραμμα προβολής GRO;
Ναι, εντελώς δωρεάν. Χωρίς εγγραφή, χωρίς υδατογραφήματα και χωρίς όριο μεγέθους στο πρόγραμμα προβολής (η προαιρετική κοινή χρήση μέσω συνδέσμου δέχεται μεταφορτώσεις έως 100 MB). Δημιουργήθηκε από την Innerscene ως εργαλείο για αρχιτέκτονες, μηχανικούς και σχεδιαστές.
▶Μεταφορτώνονται τα αρχεία μου σε διακομιστή;
Όχι. Η ανάγνωση, η σχεδίαση και η μετατροπή γίνονται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησης: από προεπιλογή τίποτα δεν μεταφορτώνεται, δεν αποθηκεύεται και δεν μεταδίδεται. Το κουμπί Κοινή χρήση είναι η μόνη λειτουργία που μεταφορτώνει αρχείο, και μόνο όταν το πατήσετε ρητά.
▶Μπορώ να το μετατρέψω σε άλλη μορφή;
Ναι. Πατήστε Εξαγωγή στη γραμμή εργαλείων για να αποθηκεύσετε τη δομή ως GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ή USDZ, ή την προβολή ως εικόνα PNG. Η εξαγωγή περιλαμβάνει τα επίπεδα που έχετε ενεργοποιήσει, οπότε ενεργοποιήστε πρώτα το Space filling ή το Polymer atoms αν τα θέλετε στο αρχείο. Δεν υπάρχει εγγραφή σε PDB ή SDF: οι εξαγωγές είναι τρισδιάστατα μοντέλα της εικόνας που βλέπετε.
▶Μπορώ να ενσωματώσω αυτό το πρόγραμμα προβολής στον ιστότοπό μου;
Ναι. Πατήστε Ενσωμάτωση στη γραμμή εργαλείων για να δημιουργήσετε ένα απόσπασμα <iframe> μίας γραμμής που μπορείτε να επικολλήσετε σε οποιαδήποτε σελίδα HTML. Μπορείτε να επιλέξετε αν η ενσωμάτωση θα εμφανίζει τη γραμμή εργαλείων του προγράμματος προβολής.
Σχετικά εργαλεία και οδηγοί
Πρόγραμμα προβολής μορίων
Όλες οι μοριακές μορφές σε ένα πρόγραμμα προβολής
Πρόγραμμα προβολής PDB
Ανοίξτε δομές της Protein Data Bank
Πρόγραμμα προβολής CIF
Ανοίξτε PDBx/mmCIF και κρυσταλλογραφικά CIF
Πρόγραμμα προβολής SDF και MOL
Ανοίξτε MDL molfiles και αρχεία SD
STL σε VR
Δείτε ένα εξαγόμενο μοντέλο σε headset εικονικής πραγματικότητας