Προβολή και μετατροπή CIF (Δωρεάν)
Λειτουργεί απευθείας σε Chrome, Firefox, Safari και Edge.
Επίσης από την Innerscene: Circadian Lab, ένας δωρεάν υπολογιστής φωτισμού για τη φωτεινότητα χώρου, το μελανοπικό EML και τη θάμβωση.
Περιγράψτε μια ένωση, μια πρωτεΐνη ή έναν κρύσταλλο. Η AI το βρίσκει στο PubChem ή στο Protein Data Bank, ή το κατασκευάζει, και το ανοίγει εδώ.
Δημιουργήστε μοντέλο με AI
Περιγράψτε τι χρειάζεστε, ή προσθέστε μια φωτογραφία, και το AI το κατασκευάζει σε πραγματικό μέγεθος στο πρόγραμμα προβολής. Ζητήστε αλλαγές στη συνομιλία και μετά εξαγάγετέ το. Δωρεάν, με το δικό σας κλειδί Anthropic ή OpenAI.
Άνοιγμα της Γεννήτριας AIΤι είναι ένα αρχείο CIF;
Ένα αρχείο CIF είναι μια λίστα από επώνυμα στοιχεία και πίνακες (μπλοκ loop_) στη σύνταξη STAR. Δύο λεξικά το χρησιμοποιούν. Το PDBx/mmCIF είναι η μορφή αρχειοθέτησης της Protein Data Bank: το _atom_site καταγράφει κάθε άτομο με το κατάλοιπο, την αλυσίδα και τις καρτεσιανές συντεταγμένες του, τα _struct_conf και _struct_sheet_range σημειώνουν έλικες και κλώνους, και το _struct_conn καταγράφει τις συνδέσεις μεταξύ καταλοίπων και προσδετών. Δεν έχει όριο ατόμων ή αλυσίδων, γι’ αυτό μεγάλα σύμπλοκα όπως τα ριβοσώματα δημοσιεύονται μόνο σε mmCIF.
Το CIF μικρών μορίων είναι αυτό που καταθέτουν οι κρυσταλλογράφοι στο Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC), στην Crystallography Open Database (COD) και στα περιοδικά της IUCr. Δίνει τη μοναδιαία κυψελίδα (_cell_length_a και τις γωνίες), την ομάδα χώρου και τις κλασματικές συντεταγμένες των ατόμων της ασύμμετρης μονάδας.
Για την παλαιότερη μορφή της Protein Data Bank, δείτε το πρόγραμμα προβολής PDB· για όλες τις μοριακές μορφές σε μία σελίδα, το πρόγραμμα προβολής μοριακής δομής.
Ποιοι χρησιμοποιούν αρχεία CIF;
Κρυσταλλογράφοι και δομικοί βιολόγοι, χημικοί και επιστήμονες υλικών που διαβάζουν δομές από το CCDC ή τη COD, φοιτητές χημείας, ορυκτολογίας και βιολογίας, και σχεδιαστές και αρχιτέκτονες που θέλουν τη γεωμετρία ενός πραγματικού κρυστάλλου ή μιας πρωτεΐνης για απόδοση, μοτίβο ή τρισδιάστατη εκτύπωση.
Συνηθισμένες χρήσεις
- Ανοίξτε μια μεγάλη καταχώριση της Protein Data Bank που δημοσιεύεται μόνο σε PDBx/mmCIF
- Δείτε μια κρυσταλλική δομή από τη COD ή από το συμπληρωματικό υλικό ενός άρθρου με τη μοναδιαία κυψελίδα της
- Ελέγξτε μια δομή πριν από μια συνάντηση ομάδας ή μια διάλεξη χωρίς να ανοίξετε Mercury, PyMOL ή ChimeraX
- Μοιραστείτε έναν κρύσταλλο ή μια πρωτεΐνη ως σύνδεσμο που ανοίγει σε οποιοδήποτε πρόγραμμα περιήγησης
- Εξαγάγετε τη δομή σε STL, 3MF, GLB ή OBJ για εκτύπωση, απόδοση ή μηχανή παιχνιδιών
Δυνατότητες
Ανοίγει αρχεία .cif
PDBx/mmCIF από την Protein Data Bank και CIF μικρών μορίων από το CCDC, τη COD και τα περιοδικά.
Κρύσταλλοι μέσα στη μοναδιαία κυψελίδα
Κλασματικές συντεταγμένες μετατρεπόμενες σε ångström, με τη μοναδιαία κυψελίδα σχεδιασμένη ως κουτί γύρω από τα άτομα.
Cartoon κάθε αλυσίδας
Έλικες και κλώνοι ως κορδέλες από το αρχείο, ή υπολογισμένοι από την αλυσίδα των Cα· μία αλυσίδα χρωματίζεται από μπλε έως κόκκινο, ενώ πολλές αλυσίδες παίρνουν η καθεμία το δικό της χρώμα.
DNA και RNA
Τα νουκλεϊκά οξέα ως σωλήνας κατά μήκος του σκελετού, με τις βάσεις ως ράβδους.
Προσδέτες ως σφαίρες και ράβδοι
Δεσμευμένοι προσδέτες, συμπαράγοντες και ιόντα σχεδιασμένοι ως σφαίρες και ράβδοι, χρωματισμένοι ανά στοιχείο.
Επίπεδα για ενεργοποίηση
Άτομα πολυμερούς, υδρογόνα, νερό, πλήρωση χώρου και η μοναδιαία κυψελίδα, το καθένα στο δικό του επίπεδο.
Εξαγωγή σε GLB, STL ή USDZ
Αποθηκεύστε τη δομή ως GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ή USDZ για απόδοση (render), τρισδιάστατη εκτύπωση ή AR, ή την προβολή ως PNG.
Μέτρηση σε ångström
Κάντε κλικ σε δύο άτομα για να μετρήσετε την απόσταση μεταξύ τους, σε Å.
Προβολή σε VR
Στο πρόγραμμα περιήγησης ενός headset το μόριο στέκεται σε ένα τραπέζι μπροστά σας.
Τίποτα δεν μεταφορτώνεται
Το αρχείο διαβάζεται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησής σας. Χωρίς λογαριασμό, χωρίς μεταφόρτωση, χωρίς αντίγραφο σε διακομιστή.
Κοινή χρήση και ενσωμάτωση
Στείλτε έναν σύνδεσμο που ανοίγει το μόριο σε οποιοδήποτε πρόγραμμα περιήγησης, ή ενσωματώστε το πρόγραμμα προβολής στη δική σας σελίδα με ένα μόνο iframe.
Συμβατότητα και σημειώσεις μορφής
Διαβάζεται το πρώτο μπλοκ δεδομένων με συντεταγμένες ατόμων (ένα αρχικό μπλοκ με στοιχεία δημοσίευσης παραλείπεται). Στο mmCIF χρησιμοποιούνται τα _atom_site (πρώτο μοντέλο, μία εναλλακτική θέση ανά κατάλοιπο), _struct_conf, _struct_sheet_range και _struct_conn. Σε ένα CIF μικρών μορίων, η μοναδιαία κυψελίδα και οι κλασματικές συντεταγμένες μετατρέπονται σε καρτεσιανά ångström· σχεδιάζονται τα άτομα που καταγράφει το αρχείο (η ασύμμετρη μονάδα), και η μοναδιαία κυψελίδα σχεδιάζεται ως κουτί γύρω τους.
Οι πρωτεΐνες ανοίγουν ως αναπαράσταση cartoon: οι έλικες και οι κλώνοι ως κορδέλες, όπως τους δίνουν οι εγγραφές δευτεροταγούς δομής του αρχείου όταν υπάρχουν, ή όπως υπολογίζονται από την αλυσίδα των Cα όταν δεν υπάρχουν, με τους βρόχους ως στρογγυλό σωλήνα. Μια μεμονωμένη αλυσίδα χρωματίζεται κατά μήκος της αλληλουχίας της, από μπλε στην αρχή έως κόκκινο στο τέλος· όταν υπάρχουν πολλές αλυσίδες, η καθεμία παίρνει το δικό της χρώμα. Το DNA και το RNA ανοίγουν ως σωλήνας κατά μήκος του σκελετού (backbone) με τις βάσεις ως ράβδους. Οι προσδέτες (ligands) σχεδιάζονται ως σφαίρες και ράβδοι, χρωματισμένοι ανά στοιχείο (άνθρακας γκρι, οξυγόνο κόκκινο, άζωτο μπλε, θείο κίτρινο, στα χρώματα Jmol).
Κάθε αναπαράσταση είναι ένα επίπεδο που μπορείτε να ενεργοποιήσετε και να απενεργοποιήσετε: Cartoon (κορδέλες), Polymer atoms (άτομα πολυμερούς: κάθε βαρύ άτομο των αλυσίδων ως ράβδοι), Hydrogens (υδρογόνα), Ligands (προσδέτες), Water (νερό), Space filling (πλήρωση χώρου: κάθε άτομο εκτός από το νερό ως σφαίρα με την ακτίνα van der Waals του) και Unit cell (μοναδιαία κυψελίδα) όταν το αρχείο την ορίζει. Τα Cartoon και Ligands είναι ενεργά όταν ανοίγει το αρχείο· τα υπόλοιπα περιμένουν στον πίνακα Layers (επίπεδα).
Ένας κρύσταλλος μικρού μορίου ανοίγει ως σφαίρες και ράβδοι με το επίπεδο Unit cell ενεργό· σε ένα μακρομόριο η μοναδιαία κυψελίδα ξεκινά κρυμμένη.
Οι συντεταγμένες διαβάζονται σε ångström (Å) και διατηρούνται σε αυτή την κλίμακα, οπότε το εργαλείο μέτρησης δίνει αποστάσεις σε Å. Οι δεσμοί λαμβάνονται από το αρχείο όπου τους καταγράφει, και για τα υπόλοιπα άτομα υπολογίζονται από τις ομοιοπολικές ακτίνες. Πολύ μεγάλες δομές, όπως ένα ολόκληρο καψίδιο ιού με εκατομμύρια άτομα, ανοίγουν με το cartoon και με τα άτομά τους σχεδιασμένα ως σημεία, ώστε το πρόγραμμα περιήγησης να ανταποκρίνεται.
Ενσωμάτωση στον ιστότοπό σας
Προσθέστε το εργαλείο στον ιστότοπό σας με μία γραμμή HTML. Επιλέξτε Ενσωμάτωση στη γραμμή εργαλείων για να δημιουργήσετε τον κώδικα ή χρησιμοποιήστε το παρακάτω παράδειγμα με τη διεύθυνση του αρχείου σας.
Τα αρχεία σας παραμένουν στον υπολογιστή σας
Τα αρχεία σας επεξεργάζονται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησης. Η επιλογή Κοινή χρήση μεταφορτώνει το αρχείο για τη δημιουργία συνδέσμου. Τα κοινόχρηστα αρχεία διατηρούνται για 90 ημέρες και έπειτα διαγράφονται.
Συχνές ερωτήσεις
▶Ανοίγει και mmCIF και CIF μικρών μορίων;
Ναι. Ένα αρχείο PDBx/mmCIF από την Protein Data Bank ανοίγει ως cartoon των αλυσίδων του με τους προσδέτες· ένα κρυσταλλογραφικό CIF από το CCDC, τη COD ή ένα περιοδικό ανοίγει ως σφαίρες και ράβδοι μέσα στη μοναδιαία κυψελίδα του. Το πρόγραμμα προβολής τα ξεχωρίζει από το περιεχόμενο.
▶Δημιουργείται η κρυσταλλική διάταξη από τη συμμετρία;
Όχι. Σχεδιάζονται τα άτομα που καταγράφει το αρχείο, που για ένα CIF μικρών μορίων είναι η ασύμμετρη μονάδα, με τη μοναδιαία κυψελίδα σχεδιασμένη γύρω τους.
▶Το αρχείο CIF μου περιέχει πολλές δομές. Ποια ανοίγει;
Η πρώτη που έχει συντεταγμένες ατόμων· ένα μπλοκ με στοιχεία δημοσίευσης στην αρχή παραλείπεται. Για να δείτε κάποια άλλη δομή, αποθηκεύστε το μπλοκ της ως ξεχωριστό αρχείο.
▶Μπορώ να ανοίξω τις πολύ μεγάλες δομές που δεν έχουν αρχείο PDB;
Ναι. Ριβοσώματα, ιικά καψίδια και άλλες καταχωρίσεις που δημοσιεύονται μόνο σε mmCIF ανοίγουν με το cartoon τους· πάνω από ένα τέταρτο του εκατομμυρίου άτομα σε ένα επίπεδο, τα άτομα σχεδιάζονται ως σημεία ώστε το πρόγραμμα περιήγησης να ανταποκρίνεται.
▶Πού είναι τα υδρογόνα και το νερό;
Στα δικά τους επίπεδα, Hydrogens και Water, που ξεκινούν απενεργοποιημένα. Ενεργοποιήστε τα στον πίνακα Layers.
▶Μπορώ να εκτυπώσω το μόριο σε τρισδιάστατο εκτυπωτή;
Ναι. Εξαγάγετε σε STL ή 3MF και ανοίξτε το αρχείο στο πρόγραμμα τεμαχισμού (slicer). Οι λεπτές κορδέλες cartoon και οι ράβδοι είναι εύθραυστες σε μικρά μεγέθη, οπότε για ανθεκτική εκτύπωση ενεργοποιήστε το Space filling (ή σφαίρες και ράβδους για ένα μικρό μόριο) πριν από την εξαγωγή, και μεγεθύνετε το μοντέλο στο slicer: ένα ångström στο αρχείο είναι μία μονάδα στην εξαγωγή.
▶Είναι πραγματικά δωρεάν αυτό το πρόγραμμα προβολής CIF;
Ναι, εντελώς δωρεάν. Χωρίς εγγραφή, χωρίς υδατογραφήματα και χωρίς όριο μεγέθους στο πρόγραμμα προβολής (η προαιρετική κοινή χρήση μέσω συνδέσμου δέχεται μεταφορτώσεις έως 100 MB). Δημιουργήθηκε από την Innerscene ως εργαλείο για αρχιτέκτονες, μηχανικούς και σχεδιαστές.
▶Μεταφορτώνονται τα αρχεία μου σε διακομιστή;
Όχι. Η ανάγνωση, η σχεδίαση και η μετατροπή γίνονται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησης: από προεπιλογή τίποτα δεν μεταφορτώνεται, δεν αποθηκεύεται και δεν μεταδίδεται. Το κουμπί Κοινή χρήση είναι η μόνη λειτουργία που μεταφορτώνει αρχείο, και μόνο όταν το πατήσετε ρητά.
▶Μπορώ να το μετατρέψω σε άλλη μορφή;
Ναι. Πατήστε Εξαγωγή στη γραμμή εργαλείων για να αποθηκεύσετε τη δομή ως GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ή USDZ, ή την προβολή ως εικόνα PNG. Η εξαγωγή περιλαμβάνει τα επίπεδα που έχετε ενεργοποιήσει, οπότε ενεργοποιήστε πρώτα το Space filling ή το Polymer atoms αν τα θέλετε στο αρχείο. Δεν υπάρχει εγγραφή σε PDB ή SDF: οι εξαγωγές είναι τρισδιάστατα μοντέλα της εικόνας που βλέπετε.
▶Μπορώ να ενσωματώσω αυτό το πρόγραμμα προβολής στον ιστότοπό μου;
Ναι. Πατήστε Ενσωμάτωση στη γραμμή εργαλείων για να δημιουργήσετε ένα απόσπασμα <iframe> μίας γραμμής που μπορείτε να επικολλήσετε σε οποιαδήποτε σελίδα HTML. Μπορείτε να επιλέξετε αν η ενσωμάτωση θα εμφανίζει τη γραμμή εργαλείων του προγράμματος προβολής.
Σχετικά εργαλεία και οδηγοί
Πρόγραμμα προβολής μορίων
Όλες οι μοριακές μορφές σε ένα πρόγραμμα προβολής
Πρόγραμμα προβολής PDB
Ανοίξτε δομές της Protein Data Bank σε μορφή PDB
Πρόγραμμα προβολής SDF και MOL
Ανοίξτε MDL molfiles και αρχεία SD
Πρόγραμμα προβολής MOL2
Ανοίξτε αρχεία Tripos MOL2
STL σε VR
Δείτε ένα εξαγόμενο μοντέλο σε headset εικονικής πραγματικότητας