Προβολή και μετατροπή MOL2 (Δωρεάν)
Λειτουργεί απευθείας σε Chrome, Firefox, Safari και Edge.
Επίσης από την Innerscene: Circadian Lab, ένας δωρεάν υπολογιστής φωτισμού για τη φωτεινότητα χώρου, το μελανοπικό EML και τη θάμβωση.
Περιγράψτε μια ένωση, μια πρωτεΐνη ή έναν κρύσταλλο. Η AI το βρίσκει στο PubChem ή στο Protein Data Bank, ή το κατασκευάζει, και το ανοίγει εδώ.
Δημιουργήστε μοντέλο με AI
Περιγράψτε τι χρειάζεστε, ή προσθέστε μια φωτογραφία, και το AI το κατασκευάζει σε πραγματικό μέγεθος στο πρόγραμμα προβολής. Ζητήστε αλλαγές στη συνομιλία και μετά εξαγάγετέ το. Δωρεάν, με το δικό σας κλειδί Anthropic ή OpenAI.
Άνοιγμα της Γεννήτριας AIΤι είναι ένα αρχείο MOL2;
Ένα αρχείο .mol2 είναι απλό κείμενο σε ενότητες που ξεκινούν με μια ετικέτα @<TRIPOS>. Το @<TRIPOS>MOLECULE ονομάζει το μόριο και δίνει τις μετρήσεις του, το @<TRIPOS>ATOM καταγράφει κάθε άτομο με το όνομα, τις συντεταγμένες, τον τύπο ατόμου SYBYL (όπως C.ar για αρωματικό άνθρακα ή N.am για αμιδικό άζωτο), το κατάλοιπο και το μερικό φορτίο του, και το @<TRIPOS>BOND καταγράφει κάθε δεσμό με τον τύπο του (1, 2, 3, ar, am).
Ένα αρχείο μπορεί να περιέχει πολλά μόρια το ένα μετά το άλλο, και έτσι διανέμονται συχνά βιβλιοθήκες μοριακής πρόσδεσης και σύνολα εικονικής σάρωσης. Τα UCSF Chimera και ChimeraX, Open Babel, AutoDock Tools, DOCK, GOLD και SYBYL το διαβάζουν και το γράφουν.
Για τις μορφές της MDL, δείτε το πρόγραμμα προβολής SDF και MOL· για πρωτεΐνες, το πρόγραμμα προβολής PDB· για όλες τις μοριακές μορφές σε μία σελίδα, το πρόγραμμα προβολής μοριακής δομής.
Ποιοι χρησιμοποιούν αρχεία MOL2;
Υπολογιστικοί χημικοί και ομάδες ανακάλυψης φαρμάκων που προετοιμάζουν προσδέτες και υποδοχείς για μοριακή πρόσδεση, ερευνητές που εργάζονται με βιβλιοθήκες εικονικής σάρωσης, φοιτητές σε μαθήματα μοριακής μοντελοποίησης, και όποιος λαμβάνει ένα αρχείο .mol2 χωρίς να έχει διαθέσιμο το Chimera ή το SYBYL.
Συνηθισμένες χρήσεις
- Ελέγξτε έναν προσδέτη που προετοιμάστηκε για μοριακή πρόσδεση πριν από την εκτέλεση
- Περιηγηθείτε στα μόρια μιας βιβλιοθήκης σάρωσης, ένα επίπεδο ανά μόριο
- Συγκρίνετε θέσεις πρόσδεσης ή διαμορφώσεις αποθηκευμένες μαζί σε ένα αρχείο
- Μοιραστείτε έναν προσδέτη πρόσδεσης με έναν συνάδελφο ως σύνδεσμο που ανοίγει σε οποιοδήποτε πρόγραμμα περιήγησης
- Εξαγάγετε ένα μόριο σε GLB, OBJ ή STL για απόδοση, διαφάνεια παρουσίασης ή τρισδιάστατη εκτύπωση
Δυνατότητες
Ανοίγει αρχεία .mol2
Αρχεία Tripos MOL2 με ένα ή πολλά μόρια.
Ανάγνωση τύπων SYBYL
Στοιχεία από τους τύπους ατόμων SYBYL και τάξεις δεσμών από τους τύπους δεσμών, μαζί με τους αρωματικούς δεσμούς.
Σφαίρες και ράβδοι
Άτομα χρωματισμένα ανά στοιχείο, με τους διπλούς, τριπλούς και αρωματικούς δεσμούς σχεδιασμένους ως παράλληλους κυλίνδρους.
Πλήρωση χώρου
Ένα επίπεδο με κάθε άτομο στην ακτίνα van der Waals του.
Ένα επίπεδο ανά μόριο
Ένα αρχείο με πολλά μόρια ανοίγει με το καθένα στο δικό του επίπεδο, ονομασμένο από το αρχείο.
Εξαγωγή σε GLB, STL ή USDZ
Αποθηκεύστε τη δομή ως GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ή USDZ για απόδοση (render), τρισδιάστατη εκτύπωση ή AR, ή την προβολή ως PNG.
Μέτρηση σε ångström
Κάντε κλικ σε δύο άτομα για να μετρήσετε την απόσταση μεταξύ τους, σε Å.
Προβολή σε VR
Στο πρόγραμμα περιήγησης ενός headset το μόριο στέκεται σε ένα τραπέζι μπροστά σας.
Τίποτα δεν μεταφορτώνεται
Το αρχείο διαβάζεται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησής σας. Χωρίς λογαριασμό, χωρίς μεταφόρτωση, χωρίς αντίγραφο σε διακομιστή.
Κοινή χρήση και ενσωμάτωση
Στείλτε έναν σύνδεσμο που ανοίγει το μόριο σε οποιοδήποτε πρόγραμμα περιήγησης, ή ενσωματώστε το πρόγραμμα προβολής στη δική σας σελίδα με ένα μόνο iframe.
Συμβατότητα και σημειώσεις μορφής
Διαβάζονται οι ενότητες MOLECULE, ATOM και BOND. Το στοιχείο λαμβάνεται από τον τύπο ατόμου SYBYL, και οι τύποι δεσμών γίνονται απλοί, διπλοί, τριπλοί και αρωματικοί δεσμοί· οι αμιδικοί δεσμοί σχεδιάζονται ως απλοί. Ένα αρχείο με πολλά μόρια ανοίγει με ένα επίπεδο ανά μόριο, ονομασμένο από την ενότητα MOLECULE του, για τα πρώτα 200 μόρια· η γραμμή κατάστασης μετρά τα υπόλοιπα.
Τα μόρια ανοίγουν ως σφαίρες και ράβδοι, χρωματισμένα ανά στοιχείο στα χρώματα Jmol, με τους διπλούς και τριπλούς δεσμούς σχεδιασμένους ως παράλληλους κυλίνδρους και ένα επίπεδο Space filling δίπλα τους.
Οι συντεταγμένες διαβάζονται σε ångström (Å) και διατηρούνται σε αυτή την κλίμακα, οπότε το εργαλείο μέτρησης δίνει αποστάσεις σε Å. Οι δεσμοί λαμβάνονται από το αρχείο όπου τους καταγράφει, και για τα υπόλοιπα άτομα υπολογίζονται από τις ομοιοπολικές ακτίνες. Πολύ μεγάλες δομές, όπως ένα ολόκληρο καψίδιο ιού με εκατομμύρια άτομα, ανοίγουν με το cartoon και με τα άτομά τους σχεδιασμένα ως σημεία, ώστε το πρόγραμμα περιήγησης να ανταποκρίνεται.
Ενσωμάτωση στον ιστότοπό σας
Προσθέστε το εργαλείο στον ιστότοπό σας με μία γραμμή HTML. Επιλέξτε Ενσωμάτωση στη γραμμή εργαλείων για να δημιουργήσετε τον κώδικα ή χρησιμοποιήστε το παρακάτω παράδειγμα με τη διεύθυνση του αρχείου σας.
Τα αρχεία σας παραμένουν στον υπολογιστή σας
Τα αρχεία σας επεξεργάζονται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησης. Η επιλογή Κοινή χρήση μεταφορτώνει το αρχείο για τη δημιουργία συνδέσμου. Τα κοινόχρηστα αρχεία διατηρούνται για 90 ημέρες και έπειτα διαγράφονται.
Συχνές ερωτήσεις
▶Ανοίγει ένα αρχείο MOL2 με πολλά μόρια;
Ναι. Κάθε μόριο είναι ένα δικό του επίπεδο, ονομασμένο από την ενότητα MOLECULE του, ώστε να μπορείτε να δείξετε ένα, μερικά ή όλα.
▶Χρησιμοποιούνται οι τύποι ατόμων και οι τύποι δεσμών SYBYL;
Ναι. Το στοιχείο κάθε ατόμου λαμβάνεται από τον τύπο SYBYL του (C.3, C.ar, N.pl3 κ.λπ.), και οι τύποι δεσμών 1, 2, 3 και ar σχεδιάζονται ως απλοί, διπλοί, τριπλοί και αρωματικοί δεσμοί.
▶Εμφανίζονται τα μερικά φορτία;
Όχι. Τα άτομα χρωματίζονται ανά στοιχείο· η στήλη του φορτίου παραλείπεται κατά την ανάγνωση.
▶Πόσα μόρια μιας βιβλιοθήκης σχεδιάζονται;
Τα πρώτα 200 μόρια ενός αρχείου, το καθένα στο δικό του επίπεδο. Η γραμμή κατάστασης λέει πόσα περιέχει το αρχείο, ώστε να ξέρετε πότε να χωρίσετε μια μεγάλη βιβλιοθήκη σε μικρότερα αρχεία.
▶Χρειάζομαι Chimera, SYBYL ή Open Babel;
Όχι. Το αρχείο διαβάζεται και σχεδιάζεται στο πρόγραμμα περιήγησης, σε οποιονδήποτε υπολογιστή, tablet ή τηλέφωνο.
▶Μπορώ να εκτυπώσω το μόριο σε τρισδιάστατο εκτυπωτή;
Ναι. Εξαγάγετε σε STL ή 3MF και ανοίξτε το αρχείο στο πρόγραμμα τεμαχισμού (slicer). Οι λεπτές κορδέλες cartoon και οι ράβδοι είναι εύθραυστες σε μικρά μεγέθη, οπότε για ανθεκτική εκτύπωση ενεργοποιήστε το Space filling (ή σφαίρες και ράβδους για ένα μικρό μόριο) πριν από την εξαγωγή, και μεγεθύνετε το μοντέλο στο slicer: ένα ångström στο αρχείο είναι μία μονάδα στην εξαγωγή.
▶Είναι πραγματικά δωρεάν αυτό το πρόγραμμα προβολής MOL2;
Ναι, εντελώς δωρεάν. Χωρίς εγγραφή, χωρίς υδατογραφήματα και χωρίς όριο μεγέθους στο πρόγραμμα προβολής (η προαιρετική κοινή χρήση μέσω συνδέσμου δέχεται μεταφορτώσεις έως 100 MB). Δημιουργήθηκε από την Innerscene ως εργαλείο για αρχιτέκτονες, μηχανικούς και σχεδιαστές.
▶Μεταφορτώνονται τα αρχεία μου σε διακομιστή;
Όχι. Η ανάγνωση, η σχεδίαση και η μετατροπή γίνονται εξ ολοκλήρου στο πρόγραμμα περιήγησης: από προεπιλογή τίποτα δεν μεταφορτώνεται, δεν αποθηκεύεται και δεν μεταδίδεται. Το κουμπί Κοινή χρήση είναι η μόνη λειτουργία που μεταφορτώνει αρχείο, και μόνο όταν το πατήσετε ρητά.
▶Μπορώ να το μετατρέψω σε άλλη μορφή;
Ναι. Πατήστε Εξαγωγή στη γραμμή εργαλείων για να αποθηκεύσετε τη δομή ως GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ή USDZ, ή την προβολή ως εικόνα PNG. Η εξαγωγή περιλαμβάνει τα επίπεδα που έχετε ενεργοποιήσει, οπότε ενεργοποιήστε πρώτα το Space filling ή το Polymer atoms αν τα θέλετε στο αρχείο. Δεν υπάρχει εγγραφή σε PDB ή SDF: οι εξαγωγές είναι τρισδιάστατα μοντέλα της εικόνας που βλέπετε.
▶Μπορώ να ενσωματώσω αυτό το πρόγραμμα προβολής στον ιστότοπό μου;
Ναι. Πατήστε Ενσωμάτωση στη γραμμή εργαλείων για να δημιουργήσετε ένα απόσπασμα <iframe> μίας γραμμής που μπορείτε να επικολλήσετε σε οποιαδήποτε σελίδα HTML. Μπορείτε να επιλέξετε αν η ενσωμάτωση θα εμφανίζει τη γραμμή εργαλείων του προγράμματος προβολής.
Σχετικά εργαλεία και οδηγοί
Πρόγραμμα προβολής μορίων
Όλες οι μοριακές μορφές σε ένα πρόγραμμα προβολής
Πρόγραμμα προβολής SDF και MOL
Ανοίξτε MDL molfiles και αρχεία SD
Πρόγραμμα προβολής PDB
Ανοίξτε υποδοχείς και αποτελέσματα μοριακής πρόσδεσης ως PDB ή PDBQT
Πρόγραμμα προβολής CIF
Ανοίξτε PDBx/mmCIF και κρυσταλλογραφικά CIF
STL σε VR
Δείτε ένα εξαγόμενο μοντέλο σε headset εικονικής πραγματικότητας