Ver y convertir moléculas (Sin Registro)
Funciona directamente en Chrome, Firefox, Safari y Edge.
También de Innerscene: Circadian Lab, una calculadora de iluminación gratuita para la iluminancia de una sala, el EML melanópico y el deslumbramiento.
Describe un compuesto, una proteína o un cristal. La IA lo busca en PubChem o en el Protein Data Bank, o lo construye, y lo abre aquí.
Cree un modelo con IA
Describa lo que necesita, o añada una foto, y la IA lo construye a tamaño real en el visor. Pida cambios en el chat y luego expórtelo. Gratis, con su propia clave de Anthropic u OpenAI.
Abrir el Generador con IA¿Qué es un archivo Molécula?
Todo archivo molecular guarda el mismo núcleo: una lista de átomos, cada uno con su elemento y su posición en ångströms (una diezmilmillonésima de metro). Los formatos se diferencian en lo que añaden. Las estructuras de proteínas y ácidos nucleicos (PDB y mmCIF) agrupan los átomos en residuos y cadenas y registran hélices y hebras; los formatos de moléculas pequeñas (SDF y MOL, MOL2) enumeran cada enlace con su orden; un CIF de cristalografía da la celda unidad; un archivo GROMACS .gro es una instantánea de una caja de simulación; y un archivo .xyz de química contiene solo el elemento y las coordenadas de cada átomo.
Este visor los lee todos y elige la representación adecuada para cada molécula. Las proteínas y los ácidos nucleicos se abren como un cartoon de sus cadenas, con los ligandos en bolas y varillas; las moléculas pequeñas se abren en bolas y varillas, con los enlaces dobles, triples y aromáticos dibujados como cilindros paralelos. Los átomos se colorean por elemento con los conocidos colores de Jmol, y una capa Space filling (relleno de espacio) muestra cada átomo a su radio de van der Waals.
Cada formato tiene su propia página con los detalles: visor PDB, visor CIF, visor SDF y MOL, visor MOL2 y visor GRO.
¿Quién utiliza archivos Molécula?
Biólogos estructurales, bioquímicos y químicos médicos que revisan una estructura sin abrir PyMOL, ChimeraX o Avogadro; estudiantes y profesores de biología y química; divulgadores e ilustradores científicos; y diseñadores, arquitectos y creadores de exposiciones que quieren una proteína o un cristal real para un render, una impresión 3D, una escultura o un elemento de un edificio.
Casos de uso comunes
- Abrir una proteína descargada del RCSB Protein Data Bank y girarla en 3D
- Ver un compuesto de PubChem o ChEMBL en bolas y varillas
- Revisar una estructura cristalina de la Crystallography Open Database con su celda unidad
- Compartir una estructura con una clase, un colega o un cliente mediante un enlace que se abre en cualquier navegador
- Exportar una molécula como STL o 3MF para una impresión 3D, o como GLB, FBX o USDZ para Blender, un motor de juegos o realidad aumentada
Características
Abre todos los formatos comunes
PDB, PDBQT, PQR, mmCIF, CIF, SDF, MOL, MOL2, GRO y XYZ de química.
Cartoon de cada cadena
Hélices y hebras como cintas tomadas del archivo, o calculadas a partir de la traza de Cα; una sola cadena coloreada de azul a rojo, varias cadenas cada una con su propio color.
ADN y ARN
Los ácidos nucleicos como un tubo a lo largo del esqueleto, con las bases como varillas.
Ligandos en bolas y varillas
Ligandos unidos, cofactores e iones dibujados como bolas y varillas, coloreados por elemento.
Bolas y varillas
Átomos coloreados por elemento, con los enlaces dobles, triples y aromáticos dibujados como cilindros paralelos.
Relleno de espacio
Una capa con cada átomo a su radio de van der Waals.
Exportar a GLB, STL o USDZ
Guarde la estructura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ para un render, una impresión 3D o realidad aumentada, o la vista como PNG.
Medir en ångströms
Haga clic en dos átomos para medir la distancia entre ellos, en Å.
Ver en realidad virtual
En el navegador de un visor de realidad virtual, la molécula aparece sobre una mesa delante de usted.
No se sube nada
El archivo se lee por completo en su navegador. Sin cuenta, sin subida, sin copia en un servidor.
Compartir e insertar
Envíe un enlace que abre la molécula en cualquier navegador, o inserte el visor en su propia página con un solo iframe.
Compatibilidad y notas del formato
Archivos que se abren: PDB (.pdb, .ent) con sus variantes PDBQT de AutoDock (.pdbqt) y PQR de APBS (.pqr); PDBx/mmCIF y CIF de moléculas pequeñas (.cif, .mmcif, .mcif); molfiles y archivos SD de MDL en V2000 y V3000 (.mol, .sdf, .sd); MOL2 de Tripos (.mol2, .ml2); estructuras de GROMACS (.gro); y XYZ de química (.xyz). Un archivo .xyz que es una molécula se distingue de una nube de puntos .xyz por su contenido.
Las proteínas se abren como cartoon (representación en cintas): hélices y hebras como cintas, tomadas de los registros de estructura secundaria del archivo cuando los tiene y calculadas a partir de la traza de Cα cuando no los tiene, con los bucles como un tubo redondo. Una sola cadena se colorea a lo largo de su secuencia, de azul al principio a rojo al final; cuando hay varias cadenas, cada una recibe su propio color. El ADN y el ARN se abren como un tubo a lo largo del esqueleto, con las bases como varillas. Los ligandos se dibujan como bolas y varillas, coloreados por elemento (carbono gris, oxígeno rojo, nitrógeno azul, azufre amarillo, en los colores de Jmol).
Las moléculas pequeñas se abren en bolas y varillas, con una capa Space filling al lado. Un archivo SD o MOL2 que contiene muchas moléculas se abre con una capa por molécula. Solo se dibujan el primer modelo de un conjunto de RMN y el primer fotograma de un archivo XYZ de varios fotogramas.
Las coordenadas se leen en ångströms (Å) y se mantienen a esa escala, así que la herramienta de medición da las distancias en Å. Los enlaces se toman del archivo cuando este los enumera y se calculan a partir de los radios covalentes para el resto. Las estructuras muy grandes, como la cápside completa de un virus con millones de átomos, se abren con el cartoon y con sus átomos dibujados como puntos para que el navegador siga el ritmo.
Insertar en su sitio web
Añada este visor a su sitio con una sola línea de HTML. Pulse Insertar en la barra de herramientas para generar el código, o use el fragmento siguiente con la URL de su archivo.
Sus archivos permanecen en su ordenador
Sus archivos se procesan completamente en su navegador. El botón Compartir sube el archivo para crear un enlace. Los archivos compartidos se almacenan durante 90 días y luego se eliminan.
Preguntas frecuentes
▶¿Qué formatos de archivo molecular se abren?
PDB, PDBQT y PQR; PDBx/mmCIF y CIF de cristalografía; MOL y SDF de MDL (V2000 y V3000); MOL2 de Tripos; GRO de GROMACS; y XYZ de química. El formato se reconoce por el contenido del archivo, además de por su extensión.
▶¿Cómo se dibuja la molécula?
Las proteínas y los ácidos nucleicos como un cartoon de sus cadenas, con los ligandos en bolas y varillas. Las moléculas pequeñas en bolas y varillas, con los enlaces dobles, triples y aromáticos como cilindros paralelos. Cada átomo se colorea por elemento, y el panel de capas activa varillas para todos los átomos, hidrógenos, agua, relleno de espacio y la celda unidad.
▶¿Necesito PyMOL, ChimeraX u otro software de química?
No. El archivo se lee y se dibuja en su navegador, en cualquier ordenador, tableta o teléfono. No se instala nada y no se sube nada.
▶¿En qué unidades están las coordenadas?
En ångströms, como las guardan los archivos (un archivo de GROMACS en nanómetros se convierte a ångströms). La herramienta de medición da las distancias en Å, así que un enlace sencillo carbono-carbono mide unos 1,5.
▶¿Puedo imprimir la molécula en 3D?
Sí. Exporte STL o 3MF y ábralo en su laminador (slicer). Las cintas finas del cartoon y las varillas son frágiles a tamaños pequeños, así que para una impresión resistente active Space filling (o bolas y varillas en una molécula pequeña) antes de exportar, y amplíe el modelo en el laminador: un ångström en el archivo es una unidad en la exportación.
▶¿Puedo verla en realidad virtual?
Sí. En el navegador de un visor de realidad virtual (Meta Quest, Apple Vision Pro, Pico) pulse VR en la barra de herramientas y la molécula aparece sobre una mesa delante de usted, a un tamaño que le permite rodearla y acercarse a ella.
▶¿Este visor de moléculas es realmente gratuito?
Sí, completamente gratuito. Sin registro, sin marcas de agua y sin límite de tamaño en el visor (la función opcional de compartir enlace admite subidas de hasta 100 MB). Creado por Innerscene como herramienta para arquitectos, ingenieros y diseñadores.
▶¿Se suben mis archivos a un servidor?
No. La lectura, el dibujo y la conversión se hacen en su navegador: por defecto no se sube, guarda ni transmite nada. El botón Compartir es lo único que sube un archivo, y solo cuando usted lo pulsa.
▶¿Puedo convertirlo a otro formato?
Sí. Pulse Exportar en la barra de herramientas para guardar la estructura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ, o la vista como una imagen PNG. La exportación lleva las capas que tenga activadas, así que active antes Space filling o Polymer atoms si los quiere en el archivo. No hay escritor de PDB ni de SDF: las exportaciones son modelos 3D de la imagen que ve.
▶¿Puedo insertar este visor en mi propio sitio web?
Sí. Pulse Insertar en la barra de herramientas para generar un fragmento <iframe> de una sola línea que puede pegar en cualquier página HTML. Puede elegir si la inserción muestra la barra de herramientas del visor.
Herramientas y guías relacionadas
Visor PDB
Abra estructuras del Protein Data Bank, PDBQT y PQR
Visor CIF
Abra PDBx/mmCIF y CIF de cristalografía
Visor SDF y MOL
Abra molfiles y archivos SD de MDL
Visor MOL2
Abra archivos MOL2 de Tripos
Visor GRO
Abra archivos de estructura de GROMACS
PDB a STL
Convierta una proteína en una malla imprimible en 3D