Ver y convertir MOL2 (Sin Registro)
Funciona directamente en Chrome, Firefox, Safari y Edge.
También de Innerscene: Circadian Lab, una calculadora de iluminación gratuita para la iluminancia de una sala, el EML melanópico y el deslumbramiento.
Describe un compuesto, una proteína o un cristal. La IA lo busca en PubChem o en el Protein Data Bank, o lo construye, y lo abre aquí.
Cree un modelo con IA
Describa lo que necesita, o añada una foto, y la IA lo construye a tamaño real en el visor. Pida cambios en el chat y luego expórtelo. Gratis, con su propia clave de Anthropic u OpenAI.
Abrir el Generador con IA¿Qué es un archivo MOL2?
Un archivo .mol2 es texto plano en secciones que empiezan con una etiqueta @<TRIPOS>. @<TRIPOS>MOLECULE da nombre a la molécula y sus recuentos, @<TRIPOS>ATOM enumera cada átomo con su nombre, coordenadas, tipo de átomo SYBYL (como C.ar para un carbono aromático o N.am para un nitrógeno de amida), residuo y carga parcial, y @<TRIPOS>BOND enumera cada enlace con su tipo (1, 2, 3, ar, am).
Un archivo puede contener muchas moléculas una tras otra, que es como se distribuyen a menudo las bibliotecas de docking y los conjuntos de cribado virtual. UCSF Chimera y ChimeraX, Open Babel, AutoDock Tools, DOCK, GOLD y SYBYL lo leen y lo escriben.
Para los formatos de MDL, consulte el visor SDF y MOL; para proteínas, el visor PDB; para todos los formatos moleculares en una sola página, el visor de moléculas.
¿Quién utiliza archivos MOL2?
Químicos computacionales y equipos de descubrimiento de fármacos que preparan ligandos y receptores para docking, investigadores que trabajan con bibliotecas de cribado virtual, estudiantes de cursos de modelado molecular y cualquiera que recibe un archivo .mol2 sin tener Chimera o SYBYL a mano.
Casos de uso comunes
- Revisar un ligando preparado para docking antes de un cálculo
- Recorrer las moléculas de una biblioteca de cribado, una capa por molécula
- Comparar poses acopladas o confórmeros guardados juntos en un mismo archivo
- Compartir un ligando de docking con un colega mediante un enlace que se abre en cualquier navegador
- Exportar una molécula como GLB, OBJ o STL para un render, una diapositiva o una impresión 3D
Características
Abre archivos .mol2
Archivos MOL2 de Tripos con una o muchas moléculas.
Lee los tipos SYBYL
Elementos a partir de los tipos de átomo SYBYL y órdenes de enlace a partir de los tipos de enlace, incluidos los aromáticos.
Bolas y varillas
Átomos coloreados por elemento, con los enlaces dobles, triples y aromáticos dibujados como cilindros paralelos.
Relleno de espacio
Una capa con cada átomo a su radio de van der Waals.
Una capa por molécula
Un archivo con muchas moléculas se abre con cada una en su propia capa, con el nombre tomado del archivo.
Exportar a GLB, STL o USDZ
Guarde la estructura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ para un render, una impresión 3D o realidad aumentada, o la vista como PNG.
Medir en ångströms
Haga clic en dos átomos para medir la distancia entre ellos, en Å.
Ver en realidad virtual
En el navegador de un visor de realidad virtual, la molécula aparece sobre una mesa delante de usted.
No se sube nada
El archivo se lee por completo en su navegador. Sin cuenta, sin subida, sin copia en un servidor.
Compartir e insertar
Envíe un enlace que abre la molécula en cualquier navegador, o inserte el visor en su propia página con un solo iframe.
Compatibilidad y notas del formato
Se leen las secciones MOLECULE, ATOM y BOND. El elemento se toma del tipo de átomo SYBYL, y los tipos de enlace se convierten en enlaces sencillos, dobles, triples y aromáticos; los enlaces de amida se dibujan como enlaces sencillos. Un archivo con muchas moléculas se abre con una capa por molécula, con el nombre de su sección MOLECULE, para las 200 primeras moléculas; la línea de estado cuenta el resto.
Las moléculas se abren en bolas y varillas, coloreadas por elemento en los colores de Jmol, con los enlaces dobles y triples dibujados como cilindros paralelos y una capa Space filling (relleno de espacio) al lado.
Las coordenadas se leen en ångströms (Å) y se mantienen a esa escala, así que la herramienta de medición da las distancias en Å. Los enlaces se toman del archivo cuando este los enumera y se calculan a partir de los radios covalentes para el resto. Las estructuras muy grandes, como la cápside completa de un virus con millones de átomos, se abren con el cartoon y con sus átomos dibujados como puntos para que el navegador siga el ritmo.
Insertar en su sitio web
Añada este visor a su sitio con una sola línea de HTML. Pulse Insertar en la barra de herramientas para generar el código, o use el fragmento siguiente con la URL de su archivo.
Sus archivos permanecen en su ordenador
Sus archivos se procesan completamente en su navegador. El botón Compartir sube el archivo para crear un enlace. Los archivos compartidos se almacenan durante 90 días y luego se eliminan.
Preguntas frecuentes
▶¿Se abre un archivo MOL2 con muchas moléculas?
Sí. Cada molécula es su propia capa, con el nombre de su sección MOLECULE, así que puede mostrar una, varias o todas.
▶¿Se usan los tipos de átomo y de enlace SYBYL?
Sí. El elemento de cada átomo se toma de su tipo SYBYL (C.3, C.ar, N.pl3, etc.), y los tipos de enlace 1, 2, 3 y ar se dibujan como enlaces sencillos, dobles, triples y aromáticos.
▶¿Se muestran las cargas parciales?
No. Los átomos se colorean por elemento; la columna de cargas se pasa por alto al leer el archivo.
▶¿Cuántas moléculas de una biblioteca se dibujan?
Las 200 primeras moléculas de un archivo, cada una en su propia capa. La línea de estado indica cuántas contiene el archivo, así que sabe cuándo dividir una biblioteca grande en archivos más pequeños.
▶¿Necesito Chimera, SYBYL u Open Babel?
No. El archivo se lee y se dibuja en su navegador, en cualquier ordenador, tableta o teléfono.
▶¿Puedo imprimir la molécula en 3D?
Sí. Exporte STL o 3MF y ábralo en su laminador (slicer). Las cintas finas del cartoon y las varillas son frágiles a tamaños pequeños, así que para una impresión resistente active Space filling (o bolas y varillas en una molécula pequeña) antes de exportar, y amplíe el modelo en el laminador: un ångström en el archivo es una unidad en la exportación.
▶¿Este visor MOL2 es realmente gratuito?
Sí, completamente gratuito. Sin registro, sin marcas de agua y sin límite de tamaño en el visor (la función opcional de compartir enlace admite subidas de hasta 100 MB). Creado por Innerscene como herramienta para arquitectos, ingenieros y diseñadores.
▶¿Se suben mis archivos a un servidor?
No. La lectura, el dibujo y la conversión se hacen en su navegador: por defecto no se sube, guarda ni transmite nada. El botón Compartir es lo único que sube un archivo, y solo cuando usted lo pulsa.
▶¿Puedo convertirlo a otro formato?
Sí. Pulse Exportar en la barra de herramientas para guardar la estructura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ, o la vista como una imagen PNG. La exportación lleva las capas que tenga activadas, así que active antes Space filling o Polymer atoms si los quiere en el archivo. No hay escritor de PDB ni de SDF: las exportaciones son modelos 3D de la imagen que ve.
▶¿Puedo insertar este visor en mi propio sitio web?
Sí. Pulse Insertar en la barra de herramientas para generar un fragmento <iframe> de una sola línea que puede pegar en cualquier página HTML. Puede elegir si la inserción muestra la barra de herramientas del visor.