Ver y convertir SDF / MOL (Sin Registro)
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También de Innerscene: Circadian Lab, una calculadora de iluminación gratuita para la iluminancia de una sala, el EML melanópico y el deslumbramiento.
Describe un compuesto, una proteína o un cristal. La IA lo busca en PubChem o en el Protein Data Bank, o lo construye, y lo abre aquí.
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Describa lo que necesita, o añada una foto, y la IA lo construye a tamaño real en el visor. Pida cambios en el chat y luego expórtelo. Gratis, con su propia clave de Anthropic u OpenAI.
Abrir el Generador con IA¿Qué es un archivo SDF / MOL?
Un archivo .mol (molfile de MDL) empieza con una cabecera de tres líneas y una línea de recuentos, seguidas de un bloque de átomos (coordenadas y elemento de cada átomo) y un bloque de enlaces (los dos átomos de cada enlace y su orden: sencillo, doble, triple o aromático). El formato clásico V2000 usa columnas fijas; el formato V3000 escribe los mismos datos en líneas M V30 y no tiene el límite de 999 átomos.
Un archivo .sdf o .sd (structure-data file) es una serie de molfiles, cada uno seguido de campos de datos con nombre (un identificador, un nombre, un valor medido) y terminado por una línea $$$$. PubChem, ChEMBL, ZINC y la mayoría de los proveedores de compuestos distribuyen sus bibliotecas como archivos SD.
Para proteínas, consulte el visor PDB; para el formato de Tripos que usan los programas de docking, el visor MOL2; para todos los formatos moleculares en una sola página, el visor de moléculas.
¿Quién utiliza archivos SDF / MOL?
Químicos médicos y orgánicos, quimioinformáticos que trabajan con bibliotecas de compuestos, estudiantes y profesores de química, investigadores que descargan compuestos de PubChem o ChEMBL, y diseñadores que quieren una molécula real (la cafeína, una fragancia, un pigmento) para un render, un estudio de logotipo o una impresión 3D.
Casos de uso comunes
- Ver un compuesto descargado de PubChem como confórmero 3D
- Recorrer las moléculas de un archivo SD, una capa por molécula
- Revisar los enlaces y anillos de una estructura dibujada en ChemDraw u otro editor de estructuras
- Compartir una molécula mediante un enlace que se abre en cualquier navegador
- Exportar una molécula como STL o 3MF para un modelo impreso en 3D, o como GLB o USDZ para realidad aumentada
Características
Abre archivos .sdf y .mol
Molfiles y archivos SD de MDL en V2000 y V3000.
Bolas y varillas
Átomos coloreados por elemento, con los enlaces dobles, triples y aromáticos dibujados como cilindros paralelos.
Relleno de espacio
Una capa con cada átomo a su radio de van der Waals.
Una capa por molécula
Un archivo con muchas moléculas se abre con cada una en su propia capa, con el nombre tomado del archivo.
Compuestos de PubChem
Un confórmero 3D de PubChem se abre con el compuesto nombrado según su registro.
Exportar a GLB, STL o USDZ
Guarde la estructura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ para un render, una impresión 3D o realidad aumentada, o la vista como PNG.
Medir en ångströms
Haga clic en dos átomos para medir la distancia entre ellos, en Å.
Ver en realidad virtual
En el navegador de un visor de realidad virtual, la molécula aparece sobre una mesa delante de usted.
No se sube nada
El archivo se lee por completo en su navegador. Sin cuenta, sin subida, sin copia en un servidor.
Compartir e insertar
Envíe un enlace que abre la molécula en cualquier navegador, o inserte el visor en su propia página con un solo iframe.
Compatibilidad y notas del formato
Se abren molfiles V2000 y V3000, solos o como registros de un archivo SD. Los átomos, los enlaces y los órdenes de enlace se toman del archivo. Un archivo con solo coordenadas 2D (un dibujo plano de un editor de estructuras) se abre plano, tal como es el dibujo; descargue el confórmero 3D de PubChem para obtener una molécula tridimensional.
La molécula se abre en bolas y varillas, con cada átomo coloreado por elemento en los colores de Jmol, los enlaces dobles y triples dibujados como dos o tres cilindros paralelos y los aromáticos como una pareja. Una capa Space filling (relleno de espacio) muestra cada átomo a su radio de van der Waals. Un archivo SD con muchas moléculas se abre con una capa por molécula (las 200 primeras; la línea de estado cuenta el resto), así que puede mostrarlas de una en una o todas juntas.
Las coordenadas se leen en ångströms (Å) y se mantienen a esa escala, así que la herramienta de medición da las distancias en Å. Los enlaces se toman del archivo cuando este los enumera y se calculan a partir de los radios covalentes para el resto. Las estructuras muy grandes, como la cápside completa de un virus con millones de átomos, se abren con el cartoon y con sus átomos dibujados como puntos para que el navegador siga el ritmo.
Insertar en su sitio web
Añada este visor a su sitio con una sola línea de HTML. Pulse Insertar en la barra de herramientas para generar el código, o use el fragmento siguiente con la URL de su archivo.
Sus archivos permanecen en su ordenador
Sus archivos se procesan completamente en su navegador. El botón Compartir sube el archivo para crear un enlace. Los archivos compartidos se almacenan durante 90 días y luego se eliminan.
Preguntas frecuentes
▶¿Qué versiones de molfile se abren?
V2000 y V3000, como archivos .mol individuales o como registros de un archivo .sdf o .sd.
▶¿Cómo se muestran las moléculas de un archivo SD?
Cada molécula es su propia capa, así que el panel de capas las enumera por nombre. Active y desactive capas para ver una molécula o comparar varias.
▶¿Por qué mi molécula es plana?
El archivo tiene coordenadas 2D: es un dibujo de un editor de estructuras con todos los valores z a cero. El visor dibuja los átomos donde los pone el archivo. PubChem ofrece un confórmero 3D de la mayoría de los compuestos en Download, 3D Conformer, SDF.
▶¿Se muestran los enlaces dobles y aromáticos?
Sí. Los enlaces dobles se dibujan como dos cilindros paralelos, los triples como tres y los aromáticos como una pareja, en el plano de los átomos vecinos.
▶¿Se muestran los campos de datos de un archivo SD?
El nombre de la molécula da nombre a su capa. Los demás campos de datos se pasan por alto al leer el archivo.
▶¿Puedo imprimir la molécula en 3D?
Sí. Exporte STL o 3MF y ábralo en su laminador (slicer). Las cintas finas del cartoon y las varillas son frágiles a tamaños pequeños, así que para una impresión resistente active Space filling (o bolas y varillas en una molécula pequeña) antes de exportar, y amplíe el modelo en el laminador: un ångström en el archivo es una unidad en la exportación.
▶¿Este visor SDF / MOL es realmente gratuito?
Sí, completamente gratuito. Sin registro, sin marcas de agua y sin límite de tamaño en el visor (la función opcional de compartir enlace admite subidas de hasta 100 MB). Creado por Innerscene como herramienta para arquitectos, ingenieros y diseñadores.
▶¿Se suben mis archivos a un servidor?
No. La lectura, el dibujo y la conversión se hacen en su navegador: por defecto no se sube, guarda ni transmite nada. El botón Compartir es lo único que sube un archivo, y solo cuando usted lo pulsa.
▶¿Puedo convertirlo a otro formato?
Sí. Pulse Exportar en la barra de herramientas para guardar la estructura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ, o la vista como una imagen PNG. La exportación lleva las capas que tenga activadas, así que active antes Space filling o Polymer atoms si los quiere en el archivo. No hay escritor de PDB ni de SDF: las exportaciones son modelos 3D de la imagen que ve.
▶¿Puedo insertar este visor en mi propio sitio web?
Sí. Pulse Insertar en la barra de herramientas para generar un fragmento <iframe> de una sola línea que puede pegar en cualquier página HTML. Puede elegir si la inserción muestra la barra de herramientas del visor.