Ver y convertir PDB (Sin Registro)
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También de Innerscene: Circadian Lab, una calculadora de iluminación gratuita para la iluminancia de una sala, el EML melanópico y el deslumbramiento.
Describe un compuesto, una proteína o un cristal. La IA lo busca en PubChem o en el Protein Data Bank, o lo construye, y lo abre aquí.
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Abrir el Generador con IA¿Qué es un archivo PDB?
Un archivo .pdb es texto plano en columnas fijas. Los registros ATOM y HETATM dan a cada átomo su nombre, elemento, residuo, cadena y coordenadas; los registros HELIX y SHEET marcan la estructura secundaria; los registros CONECT enumeran los enlaces de ligandos y residuos poco comunes; CRYST1 da la celda unidad del cristal; y los bloques MODEL contienen los modelos de un conjunto de RMN. El formato admite hasta 99.999 átomos y 62 cadenas, por eso las entradas más grandes del Protein Data Bank se publican solo en PDBx/mmCIF.
Tres variantes comparten la estructura. .ent es el nombre que el archivo del wwPDB da a sus archivos PDB (pdb1abc.ent). PDBQT, escrito por AutoDock Tools, Open Babel y Meeko para AutoDock y AutoDock Vina, añade cargas parciales y tipos de átomo de AutoDock para los receptores y ligandos de docking. PQR, escrito por PDB2PQR para APBS, pone la carga y el radio de cada átomo en las columnas que PDB usa para la ocupación y el factor de temperatura.
Para moléculas pequeñas, consulte el visor SDF y MOL; para todos los formatos moleculares en una sola página, el visor de moléculas.
¿Quién utiliza archivos PDB?
Biólogos estructurales y bioquímicos, equipos de descubrimiento de fármacos que leen resultados de docking, estudiantes y profesores de biología y química, bioinformáticos, ilustradores científicos y diseñadores que quieren una proteína real para un render, una animación o un modelo impreso en 3D.
Casos de uso comunes
- Ver una proteína del RCSB PDB, PDBe o PDBj sin instalar PyMOL ni ChimeraX
- Revisar un resultado de docking: el receptor y el ligando acoplado de AutoDock Vina en PDBQT
- Mostrar una estructura a una clase o a un cliente mediante un enlace que se abre en cualquier navegador
- Exportar una proteína como STL o 3MF para un modelo impreso en 3D
- Llevar una proteína a Blender, a un motor de juegos o a una escena de realidad aumentada como GLB, FBX o USDZ
Características
Abre archivos .pdb
Estructuras del Protein Data Bank, archivos .ent del wwPDB, PDBQT de AutoDock y PQR de APBS.
Cartoon de cada cadena
Hélices y hebras como cintas tomadas del archivo, o calculadas a partir de la traza de Cα; una sola cadena coloreada de azul a rojo, varias cadenas cada una con su propio color.
ADN y ARN
Los ácidos nucleicos como un tubo a lo largo del esqueleto, con las bases como varillas.
Ligandos en bolas y varillas
Ligandos unidos, cofactores e iones dibujados como bolas y varillas, coloreados por elemento.
Capas para activar
Átomos del polímero como varillas, hidrógenos, agua, relleno de espacio y la celda unidad, cada uno en su propia capa.
Exportar a GLB, STL o USDZ
Guarde la estructura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ para un render, una impresión 3D o realidad aumentada, o la vista como PNG.
Medir en ångströms
Haga clic en dos átomos para medir la distancia entre ellos, en Å.
Ver en realidad virtual
En el navegador de un visor de realidad virtual, la molécula aparece sobre una mesa delante de usted.
No se sube nada
El archivo se lee por completo en su navegador. Sin cuenta, sin subida, sin copia en un servidor.
Compartir e insertar
Envíe un enlace que abre la molécula en cualquier navegador, o inserte el visor en su propia página con un solo iframe.
Compatibilidad y notas del formato
Se leen los registros ATOM, HETATM, HELIX, SHEET, CONECT y CRYST1. El elemento se toma de su propia columna, o del nombre del átomo cuando esa columna está vacía (como en muchos archivos antiguos y resultados de docking). Solo se dibujan el primer modelo de un archivo de varios modelos y la primera ubicación alternativa de cada átomo. Los archivos PDBQT y PQR se abren igual, y sus columnas adicionales se pasan por alto.
Las proteínas se abren como cartoon (representación en cintas): hélices y hebras como cintas, tomadas de los registros de estructura secundaria del archivo cuando los tiene y calculadas a partir de la traza de Cα cuando no los tiene, con los bucles como un tubo redondo. Una sola cadena se colorea a lo largo de su secuencia, de azul al principio a rojo al final; cuando hay varias cadenas, cada una recibe su propio color. El ADN y el ARN se abren como un tubo a lo largo del esqueleto, con las bases como varillas. Los ligandos se dibujan como bolas y varillas, coloreados por elemento (carbono gris, oxígeno rojo, nitrógeno azul, azufre amarillo, en los colores de Jmol).
Cada representación es una capa que se puede activar y desactivar: Cartoon (cintas), Polymer atoms (átomos del polímero: todos los átomos pesados de las cadenas como varillas), Hydrogens (hidrógenos), Ligands (ligandos), Water (agua), Space filling (relleno de espacio: cada átomo, salvo el agua, como una esfera de su radio de van der Waals) y Unit cell (celda unidad) cuando el archivo la indica. Cartoon y Ligands están activadas al abrir el archivo; las demás esperan en el panel de capas (Layers).
Las coordenadas se leen en ångströms (Å) y se mantienen a esa escala, así que la herramienta de medición da las distancias en Å. Los enlaces se toman del archivo cuando este los enumera y se calculan a partir de los radios covalentes para el resto. Las estructuras muy grandes, como la cápside completa de un virus con millones de átomos, se abren con el cartoon y con sus átomos dibujados como puntos para que el navegador siga el ritmo.
Insertar en su sitio web
Añada este visor a su sitio con una sola línea de HTML. Pulse Insertar en la barra de herramientas para generar el código, o use el fragmento siguiente con la URL de su archivo.
Sus archivos permanecen en su ordenador
Sus archivos se procesan completamente en su navegador. El botón Compartir sube el archivo para crear un enlace. Los archivos compartidos se almacenan durante 90 días y luego se eliminan.
Preguntas frecuentes
▶¿Cómo abro una estructura del Protein Data Bank?
En la página de la entrada en rcsb.org, PDBe o PDBj, elija Download Files y luego PDB Format (o PDBx/mmCIF para entradas grandes), y suelte el archivo sobre el visor. Los dos formatos se abren.
▶¿Por qué mi proteína se muestra como cintas?
El cartoon muestra de un vistazo el plegamiento de cada cadena. Para ver todos los átomos, active Polymer atoms (varillas) o Space filling (esferas) en el panel de capas, y desactive Cartoon si lo prefiere.
▶¿Se abren los archivos PDBQT y PQR?
Sí. Los archivos PDBQT de AutoDock y AutoDock Vina (receptores, ligandos y poses acopladas) y los archivos PQR de APBS se abren como archivos PDB. Un archivo PDBQT con varias poses acopladas muestra la primera.
▶¿Qué modelo de una estructura de RMN se muestra?
El primer modelo del conjunto. Los demás modelos se pasan por alto al leer el archivo.
▶¿Dónde están los hidrógenos y el agua?
Están en sus propias capas, Hydrogens y Water, que empiezan desactivadas para que la estructura se lea con claridad. Actívelas en el panel de capas.
▶¿Puedo imprimir la molécula en 3D?
Sí. Exporte STL o 3MF y ábralo en su laminador (slicer). Las cintas finas del cartoon y las varillas son frágiles a tamaños pequeños, así que para una impresión resistente active Space filling (o bolas y varillas en una molécula pequeña) antes de exportar, y amplíe el modelo en el laminador: un ångström en el archivo es una unidad en la exportación.
▶¿Este visor PDB es realmente gratuito?
Sí, completamente gratuito. Sin registro, sin marcas de agua y sin límite de tamaño en el visor (la función opcional de compartir enlace admite subidas de hasta 100 MB). Creado por Innerscene como herramienta para arquitectos, ingenieros y diseñadores.
▶¿Se suben mis archivos a un servidor?
No. La lectura, el dibujo y la conversión se hacen en su navegador: por defecto no se sube, guarda ni transmite nada. El botón Compartir es lo único que sube un archivo, y solo cuando usted lo pulsa.
▶¿Puedo convertirlo a otro formato?
Sí. Pulse Exportar en la barra de herramientas para guardar la estructura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ, o la vista como una imagen PNG. La exportación lleva las capas que tenga activadas, así que active antes Space filling o Polymer atoms si los quiere en el archivo. No hay escritor de PDB ni de SDF: las exportaciones son modelos 3D de la imagen que ve.
▶¿Puedo insertar este visor en mi propio sitio web?
Sí. Pulse Insertar en la barra de herramientas para generar un fragmento <iframe> de una sola línea que puede pegar en cualquier página HTML. Puede elegir si la inserción muestra la barra de herramientas del visor.
Herramientas y guías relacionadas
Visor de moléculas
Todos los formatos moleculares en un solo visor
Visor CIF
Abra PDBx/mmCIF, el formato de archivo de las entradas grandes
PDB a STL
Convierta una proteína en una malla imprimible en 3D
PDB a GLB
Guarde una proteína como glTF binario para Blender o la web
PDB a OBJ
Guarde una proteína como OBJ de Wavefront
PDB a USDZ
Coloque una proteína sobre la mesa en realidad aumentada en un iPhone o iPad