Ver y convertir CIF (Sin Registro)
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También de Innerscene: Circadian Lab, una calculadora de iluminación gratuita para la iluminancia de una sala, el EML melanópico y el deslumbramiento.
Describe un compuesto, una proteína o un cristal. La IA lo busca en PubChem o en el Protein Data Bank, o lo construye, y lo abre aquí.
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Abrir el Generador con IA¿Qué es un archivo CIF?
Un archivo CIF es una lista de elementos con nombre y de tablas (bloques loop_) en la sintaxis STAR. Dos diccionarios lo usan. PDBx/mmCIF es el formato de archivo del Protein Data Bank: _atom_site enumera cada átomo con su residuo, cadena y coordenadas cartesianas, _struct_conf y _struct_sheet_range marcan hélices y hebras, y _struct_conn enumera los enlaces entre residuos y ligandos. No tiene límite de átomos ni de cadenas, por eso los complejos grandes, como los ribosomas, se publican solo en mmCIF.
El CIF de moléculas pequeñas es lo que los cristalógrafos depositan en el Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC), la Crystallography Open Database (COD) y las revistas de la IUCr. Da la celda unidad (_cell_length_a y los ángulos), el grupo espacial y las coordenadas fraccionarias de los átomos de la unidad asimétrica.
Para el formato más antiguo del Protein Data Bank, consulte el visor PDB; para todos los formatos moleculares en una sola página, el visor de moléculas.
¿Quién utiliza archivos CIF?
Cristalógrafos y biólogos estructurales, químicos y científicos de materiales que leen estructuras del CCDC o de la COD, estudiantes de química, mineralogía y biología, y diseñadores y arquitectos que quieren la geometría de un cristal o de una proteína real para un render, un patrón o una impresión 3D.
Casos de uso comunes
- Abrir una entrada grande del Protein Data Bank que solo se publica en PDBx/mmCIF
- Ver una estructura cristalina de la COD o de la información suplementaria de una revista con su celda unidad
- Revisar una estructura antes de una reunión de grupo o una clase sin abrir Mercury, PyMOL ni ChimeraX
- Compartir un cristal o una proteína mediante un enlace que se abre en cualquier navegador
- Exportar la estructura como STL, 3MF, GLB u OBJ para una impresión, un render o un motor de juegos
Características
Abre archivos .cif
PDBx/mmCIF del Protein Data Bank y CIF de moléculas pequeñas del CCDC, la COD y las revistas.
Cristales en su celda unidad
Coordenadas fraccionarias convertidas a ångströms, con la celda unidad dibujada como una caja alrededor de los átomos.
Cartoon de cada cadena
Hélices y hebras como cintas tomadas del archivo, o calculadas a partir de la traza de Cα; una sola cadena coloreada de azul a rojo, varias cadenas cada una con su propio color.
ADN y ARN
Los ácidos nucleicos como un tubo a lo largo del esqueleto, con las bases como varillas.
Ligandos en bolas y varillas
Ligandos unidos, cofactores e iones dibujados como bolas y varillas, coloreados por elemento.
Capas para activar
Átomos del polímero, hidrógenos, agua, relleno de espacio y la celda unidad, cada uno en su propia capa.
Exportar a GLB, STL o USDZ
Guarde la estructura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ para un render, una impresión 3D o realidad aumentada, o la vista como PNG.
Medir en ångströms
Haga clic en dos átomos para medir la distancia entre ellos, en Å.
Ver en realidad virtual
En el navegador de un visor de realidad virtual, la molécula aparece sobre una mesa delante de usted.
No se sube nada
El archivo se lee por completo en su navegador. Sin cuenta, sin subida, sin copia en un servidor.
Compartir e insertar
Envíe un enlace que abre la molécula en cualquier navegador, o inserte el visor en su propia página con un solo iframe.
Compatibilidad y notas del formato
Se lee el primer bloque de datos con coordenadas atómicas (se omite un bloque inicial de datos de publicación). En mmCIF se usan _atom_site (primer modelo, una ubicación alternativa por residuo), _struct_conf, _struct_sheet_range y _struct_conn. En un CIF de moléculas pequeñas, la celda unidad y las coordenadas fraccionarias se convierten en ångströms cartesianos; los átomos dibujados son los que enumera el archivo (la unidad asimétrica), y la celda unidad se dibuja como una caja a su alrededor.
Las proteínas se abren como cartoon (representación en cintas): hélices y hebras como cintas, tomadas de los registros de estructura secundaria del archivo cuando los tiene y calculadas a partir de la traza de Cα cuando no los tiene, con los bucles como un tubo redondo. Una sola cadena se colorea a lo largo de su secuencia, de azul al principio a rojo al final; cuando hay varias cadenas, cada una recibe su propio color. El ADN y el ARN se abren como un tubo a lo largo del esqueleto, con las bases como varillas. Los ligandos se dibujan como bolas y varillas, coloreados por elemento (carbono gris, oxígeno rojo, nitrógeno azul, azufre amarillo, en los colores de Jmol).
Cada representación es una capa que se puede activar y desactivar: Cartoon (cintas), Polymer atoms (átomos del polímero: todos los átomos pesados de las cadenas como varillas), Hydrogens (hidrógenos), Ligands (ligandos), Water (agua), Space filling (relleno de espacio: cada átomo, salvo el agua, como una esfera de su radio de van der Waals) y Unit cell (celda unidad) cuando el archivo la indica. Cartoon y Ligands están activadas al abrir el archivo; las demás esperan en el panel de capas (Layers).
Un cristal de moléculas pequeñas se abre en bolas y varillas con su capa Unit cell activada; en una macromolécula, la celda unidad empieza oculta.
Las coordenadas se leen en ångströms (Å) y se mantienen a esa escala, así que la herramienta de medición da las distancias en Å. Los enlaces se toman del archivo cuando este los enumera y se calculan a partir de los radios covalentes para el resto. Las estructuras muy grandes, como la cápside completa de un virus con millones de átomos, se abren con el cartoon y con sus átomos dibujados como puntos para que el navegador siga el ritmo.
Insertar en su sitio web
Añada este visor a su sitio con una sola línea de HTML. Pulse Insertar en la barra de herramientas para generar el código, o use el fragmento siguiente con la URL de su archivo.
Sus archivos permanecen en su ordenador
Sus archivos se procesan completamente en su navegador. El botón Compartir sube el archivo para crear un enlace. Los archivos compartidos se almacenan durante 90 días y luego se eliminan.
Preguntas frecuentes
▶¿Abre tanto mmCIF como CIF de moléculas pequeñas?
Sí. Un archivo PDBx/mmCIF del Protein Data Bank se abre como un cartoon de sus cadenas con los ligandos; un CIF de cristalografía del CCDC, la COD o una revista se abre en bolas y varillas dentro de su celda unidad. El visor los distingue por el contenido.
▶¿Se genera el empaquetamiento cristalino a partir de la simetría?
No. Los átomos dibujados son los que enumera el archivo, que en un CIF de moléculas pequeñas son los de la unidad asimétrica, con la celda unidad dibujada a su alrededor.
▶Mi archivo CIF contiene varias estructuras. ¿Cuál se abre?
La primera con coordenadas atómicas; se omite un bloque de datos de publicación al principio. Para ver otra estructura, guarde su bloque como un archivo independiente y ábralo.
▶¿Puedo abrir las estructuras muy grandes que no tienen archivo PDB?
Sí. Ribosomas, cápsides virales y otras entradas publicadas solo en mmCIF se abren con su cartoon; a partir de un cuarto de millón de átomos en una capa, los átomos se dibujan como puntos para que el navegador siga el ritmo.
▶¿Dónde están los hidrógenos y el agua?
En sus propias capas, Hydrogens y Water, que empiezan desactivadas. Actívelas en el panel de capas cuando las necesite.
▶¿Puedo imprimir la molécula en 3D?
Sí. Exporte STL o 3MF y ábralo en su laminador (slicer). Las cintas finas del cartoon y las varillas son frágiles a tamaños pequeños, así que para una impresión resistente active Space filling (o bolas y varillas en una molécula pequeña) antes de exportar, y amplíe el modelo en el laminador: un ångström en el archivo es una unidad en la exportación.
▶¿Este visor CIF es realmente gratuito?
Sí, completamente gratuito. Sin registro, sin marcas de agua y sin límite de tamaño en el visor (la función opcional de compartir enlace admite subidas de hasta 100 MB). Creado por Innerscene como herramienta para arquitectos, ingenieros y diseñadores.
▶¿Se suben mis archivos a un servidor?
No. La lectura, el dibujo y la conversión se hacen en su navegador: por defecto no se sube, guarda ni transmite nada. El botón Compartir es lo único que sube un archivo, y solo cuando usted lo pulsa.
▶¿Puedo convertirlo a otro formato?
Sí. Pulse Exportar en la barra de herramientas para guardar la estructura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ, o la vista como una imagen PNG. La exportación lleva las capas que tenga activadas, así que active antes Space filling o Polymer atoms si los quiere en el archivo. No hay escritor de PDB ni de SDF: las exportaciones son modelos 3D de la imagen que ve.
▶¿Puedo insertar este visor en mi propio sitio web?
Sí. Pulse Insertar en la barra de herramientas para generar un fragmento <iframe> de una sola línea que puede pegar en cualquier página HTML. Puede elegir si la inserción muestra la barra de herramientas del visor.
Herramientas y guías relacionadas
Visor de moléculas
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Convierta un cristal o una proteína en una malla imprimible en 3D
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CIF a OBJ
Guarde una estructura como OBJ de Wavefront