Ver y convertir GRO (Sin Registro)
Funciona directamente en Chrome, Firefox, Safari y Edge.
También de Innerscene: Circadian Lab, una calculadora de iluminación gratuita para la iluminancia de una sala, el EML melanópico y el deslumbramiento.
Describe un compuesto, una proteína o un cristal. La IA lo busca en PubChem o en el Protein Data Bank, o lo construye, y lo abre aquí.
Cree un modelo con IA
Describa lo que necesita, o añada una foto, y la IA lo construye a tamaño real en el visor. Pida cambios en el chat y luego expórtelo. Gratis, con su propia clave de Anthropic u OpenAI.
Abrir el Generador con IA¿Qué es un archivo GRO?
Un archivo .gro es texto plano. La primera línea es un título, la segunda el número de átomos, y cada línea de átomo da el número y el nombre del residuo, el nombre y el número del átomo y la posición x, y, z en nanómetros, seguida opcionalmente de las velocidades. La última línea es la caja: tres longitudes para una caja rectangular, nueve números para una triclínica.
GROMACS escribe archivos .gro cuando construye un sistema (gmx pdb2gmx, gmx solvate, gmx genion) y al final de un cálculo (confout.gro), y gmx trjconv escribe fotogramas de una trayectoria como .gro. Un sistema suele ser una proteína o una membrana rodeada de miles de moléculas de agua y de iones.
Para el formato del Protein Data Bank, consulte el visor PDB; para todos los formatos moleculares en una sola página, el visor de moléculas.
¿Quién utiliza archivos GRO?
Investigadores y estudiantes que hacen dinámica molecular con GROMACS, biofísicos que simulan proteínas y membranas, profesores de cursos de química computacional y cualquiera que quiera echar un vistazo rápido a un sistema en un portátil, una tableta o un teléfono, lejos del clúster.
Casos de uso comunes
- Revisar un sistema solvatado e ionizado antes de empezar un cálculo
- Ver el último fotograma de una simulación sin copiarlo a una estación de trabajo con VMD
- Ver la caja de simulación alrededor de una proteína o una membrana
- Compartir una instantánea con un supervisor o un colega mediante un enlace que se abre en cualquier navegador
- Exportar un fotograma como GLB u OBJ para una figura, un render o una diapositiva
Características
Abre archivos .gro
Estructuras e instantáneas de GROMACS, convertidas de nanómetros a ångströms.
La caja de simulación
Una caja rectangular dibujada como la capa Unit cell (celda unidad).
Cartoon de cada cadena
Hélices y hebras como cintas tomadas del archivo, o calculadas a partir de la traza de Cα; una sola cadena coloreada de azul a rojo, varias cadenas cada una con su propio color.
ADN y ARN
Los ácidos nucleicos como un tubo a lo largo del esqueleto, con las bases como varillas.
Ligandos en bolas y varillas
Ligandos unidos, cofactores e iones dibujados como bolas y varillas, coloreados por elemento.
Agua e iones en sus propias capas
El agua empieza en una capa desactivada para que la proteína o la membrana se vea.
Exportar a GLB, STL o USDZ
Guarde la estructura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ para un render, una impresión 3D o realidad aumentada, o la vista como PNG.
Medir en ångströms
Haga clic en dos átomos para medir la distancia entre ellos, en Å.
Ver en realidad virtual
En el navegador de un visor de realidad virtual, la molécula aparece sobre una mesa delante de usted.
No se sube nada
El archivo se lee por completo en su navegador. Sin cuenta, sin subida, sin copia en un servidor.
Compartir e insertar
Envíe un enlace que abre la molécula en cualquier navegador, o inserte el visor en su propia página con un solo iframe.
Compatibilidad y notas del formato
Se leen las líneas de átomos y la línea de la caja. Las posiciones se convierten de nanómetros a ångströms, así que la estructura mide lo mismo que su archivo PDB. El elemento de cada átomo se deduce de los nombres del átomo y del residuo, y los enlaces de los radios covalentes (un archivo .gro no enumera enlaces). Una caja rectangular se dibuja como la capa Unit cell (celda unidad). Las velocidades se pasan por alto, y de un archivo con varios fotogramas solo se dibuja el primero.
Las proteínas se abren como cartoon (representación en cintas): hélices y hebras como cintas, tomadas de los registros de estructura secundaria del archivo cuando los tiene y calculadas a partir de la traza de Cα cuando no los tiene, con los bucles como un tubo redondo. Una sola cadena se colorea a lo largo de su secuencia, de azul al principio a rojo al final; cuando hay varias cadenas, cada una recibe su propio color. El ADN y el ARN se abren como un tubo a lo largo del esqueleto, con las bases como varillas. Los ligandos se dibujan como bolas y varillas, coloreados por elemento (carbono gris, oxígeno rojo, nitrógeno azul, azufre amarillo, en los colores de Jmol).
Cada representación es una capa que se puede activar y desactivar: Cartoon (cintas), Polymer atoms (átomos del polímero: todos los átomos pesados de las cadenas como varillas), Hydrogens (hidrógenos), Ligands (ligandos), Water (agua), Space filling (relleno de espacio: cada átomo, salvo el agua, como una esfera de su radio de van der Waals) y Unit cell (celda unidad) cuando el archivo la indica. Cartoon y Ligands están activadas al abrir el archivo; las demás esperan en el panel de capas (Layers).
Las coordenadas se leen en ångströms (Å) y se mantienen a esa escala, así que la herramienta de medición da las distancias en Å. Los enlaces se toman del archivo cuando este los enumera y se calculan a partir de los radios covalentes para el resto. Las estructuras muy grandes, como la cápside completa de un virus con millones de átomos, se abren con el cartoon y con sus átomos dibujados como puntos para que el navegador siga el ritmo.
Insertar en su sitio web
Añada este visor a su sitio con una sola línea de HTML. Pulse Insertar en la barra de herramientas para generar el código, o use el fragmento siguiente con la URL de su archivo.
Sus archivos permanecen en su ordenador
Sus archivos se procesan completamente en su navegador. El botón Compartir sube el archivo para crear un enlace. Los archivos compartidos se almacenan durante 90 días y luego se eliminan.
Preguntas frecuentes
▶¿Por qué mi sistema se abre sin el agua?
La capa Water empieza desactivada para que la proteína o la membrana se vea. Actívela en el panel de capas para ver el disolvente.
▶¿Qué unidades se usan?
GROMACS guarda nanómetros; el visor los convierte a ångströms, la unidad de los demás formatos moleculares, y la herramienta de medición da las distancias en Å.
▶¿Se muestra la caja de simulación?
Una caja rectangular sí, como la capa Unit cell dibujada a partir de la última línea del archivo. Una caja triclínica (nueve números) se pasa por alto.
▶¿Puedo reproducir una trayectoria?
No. El visor dibuja un fotograma: el primero del archivo. Use gmx trjconv -dump para escribir el fotograma que quiera como un archivo .gro independiente.
▶¿Cómo se calculan los enlaces?
Un archivo .gro no contiene enlaces, así que se deducen de la distancia entre los átomos y de sus radios covalentes.
▶¿Puedo imprimir la molécula en 3D?
Sí. Exporte STL o 3MF y ábralo en su laminador (slicer). Las cintas finas del cartoon y las varillas son frágiles a tamaños pequeños, así que para una impresión resistente active Space filling (o bolas y varillas en una molécula pequeña) antes de exportar, y amplíe el modelo en el laminador: un ångström en el archivo es una unidad en la exportación.
▶¿Este visor GRO es realmente gratuito?
Sí, completamente gratuito. Sin registro, sin marcas de agua y sin límite de tamaño en el visor (la función opcional de compartir enlace admite subidas de hasta 100 MB). Creado por Innerscene como herramienta para arquitectos, ingenieros y diseñadores.
▶¿Se suben mis archivos a un servidor?
No. La lectura, el dibujo y la conversión se hacen en su navegador: por defecto no se sube, guarda ni transmite nada. El botón Compartir es lo único que sube un archivo, y solo cuando usted lo pulsa.
▶¿Puedo convertirlo a otro formato?
Sí. Pulse Exportar en la barra de herramientas para guardar la estructura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ, o la vista como una imagen PNG. La exportación lleva las capas que tenga activadas, así que active antes Space filling o Polymer atoms si los quiere en el archivo. No hay escritor de PDB ni de SDF: las exportaciones son modelos 3D de la imagen que ve.
▶¿Puedo insertar este visor en mi propio sitio web?
Sí. Pulse Insertar en la barra de herramientas para generar un fragmento <iframe> de una sola línea que puede pegar en cualquier página HTML. Puede elegir si la inserción muestra la barra de herramientas del visor.