Visa och konvertera molekyler (Gratis)

Vad är en Molekyl-fil?

Varje molekylfil lagrar samma kärna: en lista över atomer, var och en med sitt grundämne och sin position i ångström (en tiomiljarddels meter). Formaten skiljer sig i vad de lägger till. Strukturer av proteiner och nukleinsyror (PDB och mmCIF) grupperar atomer i rester och kedjor och registrerar helixar och β-strängar; format för små molekyler (SDF och MOL, MOL2) listar varje bindning med dess bindningsordning; en kristallografisk CIF anger enhetscellen; en GROMACS .gro-fil är en ögonblicksbild av en simuleringslåda; och en kemisk .xyz-fil innehåller bara grundämne och koordinater för varje atom.

Den här visaren läser alla och väljer den ritning som passar molekylen. Proteiner och nukleinsyror öppnas som en cartoon av sina kedjor med ligander som kula-pinne-modell; små molekyler öppnas som kula-pinne-modell, med dubbel-, trippel- och aromatiska bindningar ritade som parallella cylindrar. Atomerna färgas efter grundämne i de välkända Jmol-färgerna, och ett lager Space filling (kalottmodell) visar varje atom med sin van der Waals-radie.

Varje format har en egen sida med detaljerna: PDB-visare, CIF-visare, SDF- och MOL-visare, MOL2-visare och GRO-visare.

Vem använder Molekyl-filer?

Strukturbiologer, biokemister och läkemedelskemister som kontrollerar en struktur utan att öppna PyMOL, ChimeraX eller Avogadro; elever, studenter och lärare i biologi och kemi; vetenskapsjournalister och illustratörer; och designer, arkitekter och utställningsskapare som vill ha ett verkligt protein eller en verklig kristall till en rendering, en 3D-utskrift, en skulptur eller en del av en byggnad.

Vanliga användnings­områden

• Öppna ett protein som laddats ned från RCSB Protein Data Bank och vrid det i 3D
• Titta på en förening från PubChem eller ChEMBL som kula-pinne-modell
• Kontrollera en kristallstruktur från Crystallography Open Database med dess enhetscell
• Dela en struktur med en klass, en kollega eller en kund som en länk som öppnas i vilken webbläsare som helst
• Exportera en molekyl som STL eller 3MF för en 3D-utskrift, eller som GLB, FBX eller USDZ för Blender, en spelmotor eller AR

Funktioner

Kompatibilitet och format­information

Filer som öppnas: PDB (.pdb, .ent) med varianterna AutoDock PDBQT (.pdbqt) och APBS PQR (.pqr); PDBx/mmCIF och CIF för små molekyler (.cif, .mmcif, .mcif); MDL-molfiler och SD-filer i V2000 och V3000 (.mol, .sdf, .sd); Tripos MOL2 (.mol2, .ml2); GROMACS-strukturer (.gro); och kemisk XYZ (.xyz). En .xyz-fil som är en molekyl skiljs från ett .xyz-punktmoln genom sitt innehåll.

Proteiner öppnas som en cartoon: helixar och β-strängar som band, hämtade från filens poster för sekundärstruktur när den har sådana och annars beräknade från Cα-spåret, med loopar som ett runt rör. En enskild kedja färgas längs sin sekvens, från blått i början till rött i slutet; när det finns flera kedjor får var och en sin egen färg. DNA och RNA öppnas som ett rör längs ryggraden med baserna som pinnar. Ligander ritas som kula-pinne-modell, färgade efter grundämne (kol grått, syre rött, kväve blått, svavel gult, i Jmol-färgerna).

Små molekyler öppnas som kula-pinne-modell, med ett lager Space filling bredvid. En SD- eller MOL2-fil med många molekyler öppnas med ett lager per molekyl. Endast den första modellen i en NMR-ensemble och den första bildrutan i en XYZ-fil med flera bildrutor ritas.

Koordinaterna läses i ångström (Å) och behålls i den skalan, så mätverktyget visar avstånd i Å. Bindningar hämtas från filen där den listar dem och beräknas från kovalenta radier för resten. Mycket stora strukturer, till exempel en hel viruskapsid med miljontals atomer, öppnas med sin cartoon och med atomerna ritade som punkter så att webbläsaren hänger med.

Vanliga frågor

Relaterade verktyg och guider