Visa och konvertera GRO (Gratis)
Fungerar direkt i Chrome, Firefox, Safari och Edge.
Också från Innerscene: Circadian Lab, en kostnadsfri ljusberäkning för belysningsstyrka, melanopisk EML och bländning i rum.
Beskriv en förening, ett protein eller en kristall. AI:n hittar den i PubChem eller Protein Data Bank, eller bygger den, och öppnar den här.
Skapa en modell med AI
Beskriv vad du behöver, eller lägg till ett foto, så bygger AI:n det i verklig storlek i visaren. Be om ändringar i chatten och exportera sedan. Gratis, med din egen nyckel från Anthropic eller OpenAI.
Öppna AI-generatornVad är en GRO-fil?
En .gro-fil är ren text. Första raden är en titel, andra raden antalet atomer, och varje atomrad anger restens nummer och namn, atomens namn och nummer och x-, y- och z-positionen i nanometer, eventuellt följt av hastigheter. Sista raden är lådan: tre längder för en rätvinklig låda, nio tal för en triklin.
GROMACS skriver .gro-filer när det bygger ett system (gmx pdb2gmx, gmx solvate, gmx genion) och i slutet av en körning (confout.gro), och gmx trjconv skriver bildrutor från en trajektoria som .gro. Ett system är oftast ett protein eller ett membran omgivet av tusentals vattenmolekyler och joner.
För Protein Data Banks format, se PDB-visaren; för alla molekylformat på en sida, molekylvisaren.
Vem använder GRO-filer?
Forskare och studenter som kör molekyldynamik med GROMACS, biofysiker som simulerar proteiner och membran, lärare i kurser i beräkningskemi, och alla som snabbt vill titta på ett system på en bärbar dator, surfplatta eller telefon på avstånd från klustret.
Vanliga användningsområden
- Kontrollera ett solvatiserat, joniserat system innan en körning startas
- Titta på den sista bildrutan i en simulering utan att kopiera den till en arbetsstation med VMD
- Se simuleringslådan runt ett protein eller ett membran
- Dela en ögonblicksbild med en handledare eller en kollega som en länk som öppnas i vilken webbläsare som helst
- Exportera en bildruta som GLB eller OBJ för en figur, en rendering eller en presentationsbild
Funktioner
Öppnar .gro-filer
GROMACS-strukturer och ögonblicksbilder, omräknade från nanometer till ångström.
Simuleringslådan
En rätvinklig låda ritad som lagret Unit cell.
Cartoon av varje kedja
Helixar och β-strängar som band från filen eller beräknade från Cα-spåret; en enskild kedja färgad från blått till rött, flera kedjor var och en i sin egen färg.
DNA och RNA
Nukleinsyror som ett rör längs ryggraden med baserna som pinnar.
Ligander som kula-pinne-modell
Bundna ligander, kofaktorer och joner ritade som kula-pinne-modell, färgade efter grundämne.
Vatten och joner på egna lager
Vattnet ligger från början på ett avslaget lager så att proteinet eller membranet syns.
Export till GLB, STL eller USDZ
Spara strukturen som GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX eller USDZ för en rendering, en 3D-utskrift eller AR, eller vyn som PNG.
Mät i ångström
Klicka på två atomer för att mäta avståndet mellan dem, i Å.
Visa i VR
I webbläsaren på ett headset står molekylen på ett bord framför dig.
Ingenting laddas upp
Filen läses helt i din webbläsare. Inget konto, ingen uppladdning, ingen kopia på en server.
Dela och bädda in
Skicka en länk som öppnar molekylen i vilken webbläsare som helst, eller lägg in visaren på din egen sida med en enda iframe.
Kompatibilitet och formatinformation
Atomraderna och lådraden läses. Positionerna räknas om från nanometer till ångström, så strukturen får samma mått som sin PDB-fil. Grundämnet för varje atom bestäms från atom- och restnamnen, och bindningarna från kovalenta radier (en .gro-fil listar inga bindningar). En rätvinklig låda ritas som lagret Unit cell. Hastigheter hoppas över, och endast den första bildrutan i en fil med flera ritas.
Proteiner öppnas som en cartoon: helixar och β-strängar som band, hämtade från filens poster för sekundärstruktur när den har sådana och annars beräknade från Cα-spåret, med loopar som ett runt rör. En enskild kedja färgas längs sin sekvens, från blått i början till rött i slutet; när det finns flera kedjor får var och en sin egen färg. DNA och RNA öppnas som ett rör längs ryggraden med baserna som pinnar. Ligander ritas som kula-pinne-modell, färgade efter grundämne (kol grått, syre rött, kväve blått, svavel gult, i Jmol-färgerna).
Varje representation är ett lager som du kan slå på och av: Cartoon, Polymer atoms (polymeratomer: varje tung atom i kedjorna som pinnar), Hydrogens (väteatomer), Ligands (ligander), Water (vatten), Space filling (kalottmodell: varje atom utom vatten som en sfär med sin van der Waals-radie) och Unit cell (enhetscell) när filen anger en. Cartoon och Ligands är påslagna när filen öppnas; de övriga väntar i panelen Layers.
Koordinaterna läses i ångström (Å) och behålls i den skalan, så mätverktyget visar avstånd i Å. Bindningar hämtas från filen där den listar dem och beräknas från kovalenta radier för resten. Mycket stora strukturer, till exempel en hel viruskapsid med miljontals atomer, öppnas med sin cartoon och med atomerna ritade som punkter så att webbläsaren hänger med.
Bädda in på din webbplats
Lägg till visaren på din webbplats med en rad HTML. Klicka på Bädda in i verktygsfältet för att skapa koden, eller använd exemplet nedan med filens URL.
Dina filer stannar på din dator
Filerna bearbetas helt i webbläsaren. Knappen Dela laddar upp filen för att skapa en länk. Delade filer sparas i 90 dagar och tas sedan bort.
Vanliga frågor
▶Varför öppnas mitt system utan sitt vatten?
Lagret Water är avslaget från början så att proteinet eller membranet syns. Slå på det i panelen Layers för att se lösningsmedlet.
▶Vilka enheter används?
GROMACS lagrar nanometer; visaren räknar om dem till ångström, enheten i de andra molekylformaten, och mätverktyget visar Å.
▶Visas simuleringslådan?
En rätvinklig låda visas, som lagret Unit cell ritat från filens sista rad. En triklin låda (nio tal) hoppas över.
▶Kan jag spela upp en trajektoria?
Nej. Visaren ritar en bildruta: den första i filen. Använd gmx trjconv -dump för att skriva den bildruta du vill ha som en egen .gro-fil.
▶Hur bestäms bindningarna?
En .gro-fil innehåller inga bindningar, så de härleds från avståndet mellan atomerna och deras kovalenta radier.
▶Kan jag 3D-skriva ut molekylen?
Ja. Exportera STL eller 3MF och öppna filen i din slicer. Tunna cartoon-band och pinnar är ömtåliga i små storlekar, så för en stadig utskrift slår du på Space filling (eller kula-pinne-modell för en liten molekyl) före exporten och skalar upp modellen i slicern: en ångström i filen är en enhet i exporten.
▶Är den här GRO-visaren verkligen gratis?
Ja, helt gratis. Ingen registrering, inga vattenstämplar och ingen storleksgräns i visaren (den valfria funktionen för att dela en länk tar emot uppladdningar på upp till 100 MB). Byggd av Innerscene som ett verktyg för arkitekter, ingenjörer och designer.
▶Laddas mina filer upp till en server?
Nej. Läsning, ritning och konvertering sker i din webbläsare: som standard laddas ingenting upp, lagras eller överförs. Knappen Dela är det enda som laddar upp en fil, och bara när du uttryckligen klickar på den.
▶Kan jag konvertera till ett annat format?
Ja. Klicka på Exportera i verktygsfältet för att spara strukturen som GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX eller USDZ, eller vyn som en PNG-bild. Exporten innehåller de lager du har slagit på, så slå på Space filling eller Polymer atoms först om du vill ha dem i filen. Det finns ingen export till PDB eller SDF: exporterna är 3D-modeller av bilden du ser.
▶Kan jag bädda in den här visaren på min egen webbplats?
Ja. Klicka på Bädda in i verktygsfältet för att skapa ett <iframe>-kodavsnitt på en rad som du kan klistra in på vilken HTML-sida som helst. Du kan välja om inbäddningen ska visa visarens verktygsfält.