Visa och konvertera CIF (Gratis)
Fungerar direkt i Chrome, Firefox, Safari och Edge.
Också från Innerscene: Circadian Lab, en kostnadsfri ljusberäkning för belysningsstyrka, melanopisk EML och bländning i rum.
Beskriv en förening, ett protein eller en kristall. AI:n hittar den i PubChem eller Protein Data Bank, eller bygger den, och öppnar den här.
Skapa en modell med AI
Beskriv vad du behöver, eller lägg till ett foto, så bygger AI:n det i verklig storlek i visaren. Be om ändringar i chatten och exportera sedan. Gratis, med din egen nyckel från Anthropic eller OpenAI.
Öppna AI-generatornAllt AI-generatorn gör: 3D-modeller, smycken, personer, planritningar, molekyler och laserskärfiler
Vad är en CIF-fil?
En CIF-fil är en lista över namngivna poster och tabeller (loop_-block) i STAR-syntaxen. Två ordlistor använder den. PDBx/mmCIF är Protein Data Banks arkivformat: _atom_site listar varje atom med rest, kedja och kartesiska koordinater, _struct_conf och _struct_sheet_range markerar helixar och β-strängar, och _struct_conn listar länkar mellan rester och ligander. Det har ingen gräns för antalet atomer eller kedjor, så stora komplex som ribosomer publiceras endast i mmCIF.
CIF för små molekyler är det som kristallografer deponerar hos Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC), Crystallography Open Database (COD) och IUCr-tidskrifter. Det anger enhetscellen (_cell_length_a och vinklarna), rymdgruppen och de fraktionella koordinaterna för atomerna i den asymmetriska enheten.
För Protein Data Banks äldre format, se PDB-visaren; för alla molekylformat på en sida, molekylvisaren.
Vem använder CIF-filer?
Kristallografer och strukturbiologer, kemister och materialforskare som läser strukturer från CCDC eller COD, studenter i kemi, mineralogi och biologi, och designer och arkitekter som vill ha geometrin hos en verklig kristall eller ett verkligt protein till en rendering, ett mönster eller en 3D-utskrift.
Vanliga användningsområden
- Öppna en stor post i Protein Data Bank som bara publiceras som PDBx/mmCIF
- Titta på en kristallstruktur från COD eller från en tidskrifts supplementära material med dess enhetscell
- Kontrollera en struktur före ett gruppmöte eller en föreläsning utan att öppna Mercury, PyMOL eller ChimeraX
- Dela en kristall eller ett protein som en länk som öppnas i vilken webbläsare som helst
- Exportera strukturen som STL, 3MF, GLB eller OBJ för en utskrift, en rendering eller en spelmotor
Funktioner
Öppnar .cif-filer
PDBx/mmCIF från Protein Data Bank och CIF för små molekyler från CCDC, COD och vetenskapliga tidskrifter.
Kristaller i sin enhetscell
Fraktionella koordinater omräknade till ångström, med enhetscellen ritad som en låda runt atomerna.
Cartoon av varje kedja
Helixar och β-strängar som band från filen eller beräknade från Cα-spåret; en enskild kedja färgad från blått till rött, flera kedjor var och en i sin egen färg.
DNA och RNA
Nukleinsyror som ett rör längs ryggraden med baserna som pinnar.
Ligander som kula-pinne-modell
Bundna ligander, kofaktorer och joner ritade som kula-pinne-modell, färgade efter grundämne.
Lager att slå på
Polymeratomer, väteatomer, vatten, kalottmodell och enhetscellen, var och en på sitt eget lager.
Export till GLB, STL eller USDZ
Spara strukturen som GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX eller USDZ för en rendering, en 3D-utskrift eller AR, eller vyn som PNG.
Mät i ångström
Klicka på två atomer för att mäta avståndet mellan dem, i Å.
Visa i VR
I webbläsaren på ett headset står molekylen på ett bord framför dig.
Ingenting laddas upp
Filen läses helt i din webbläsare. Inget konto, ingen uppladdning, ingen kopia på en server.
Dela och bädda in
Skicka en länk som öppnar molekylen i vilken webbläsare som helst, eller lägg in visaren på din egen sida med en enda iframe.
Kompatibilitet och formatinformation
Det första datablocket med atomkoordinater läses (ett inledande block med publiceringsuppgifter hoppas över). I mmCIF används _atom_site (första modellen, en alternativ position per rest), _struct_conf, _struct_sheet_range och _struct_conn. I en CIF för små molekyler räknas enhetscellen och de fraktionella koordinaterna om till kartesiska ångström; atomerna som ritas är de som filen listar (den asymmetriska enheten), och enhetscellen ritas som en låda runt dem.
Proteiner öppnas som en cartoon: helixar och β-strängar som band, hämtade från filens poster för sekundärstruktur när den har sådana och annars beräknade från Cα-spåret, med loopar som ett runt rör. En enskild kedja färgas längs sin sekvens, från blått i början till rött i slutet; när det finns flera kedjor får var och en sin egen färg. DNA och RNA öppnas som ett rör längs ryggraden med baserna som pinnar. Ligander ritas som kula-pinne-modell, färgade efter grundämne (kol grått, syre rött, kväve blått, svavel gult, i Jmol-färgerna).
Varje representation är ett lager som du kan slå på och av: Cartoon, Polymer atoms (polymeratomer: varje tung atom i kedjorna som pinnar), Hydrogens (väteatomer), Ligands (ligander), Water (vatten), Space filling (kalottmodell: varje atom utom vatten som en sfär med sin van der Waals-radie) och Unit cell (enhetscell) när filen anger en. Cartoon och Ligands är påslagna när filen öppnas; de övriga väntar i panelen Layers.
En kristall av en liten molekyl öppnas som kula-pinne-modell med lagret Unit cell påslaget; för en makromolekyl är enhetscellen dold från början.
Koordinaterna läses i ångström (Å) och behålls i den skalan, så mätverktyget visar avstånd i Å. Bindningar hämtas från filen där den listar dem och beräknas från kovalenta radier för resten. Mycket stora strukturer, till exempel en hel viruskapsid med miljontals atomer, öppnas med sin cartoon och med atomerna ritade som punkter så att webbläsaren hänger med.
Bädda in på din webbplats
Lägg till visaren på din webbplats med en rad HTML. Klicka på Bädda in i verktygsfältet för att skapa koden, eller använd exemplet nedan med filens URL.
Dina filer stannar på din dator
Filerna bearbetas helt i webbläsaren. Knappen Dela laddar upp filen för att skapa en länk. Delade filer sparas i 90 dagar och tas sedan bort.
Vanliga frågor
▶Öppnas både mmCIF och CIF för små molekyler?
Ja. En PDBx/mmCIF-fil från Protein Data Bank öppnas som en cartoon av sina kedjor med ligander; en kristallografisk CIF från CCDC, COD eller en tidskrift öppnas som kula-pinne-modell inuti sin enhetscell. Visaren skiljer dem åt på innehållet.
▶Genereras kristallpackningen från symmetrin?
Nej. Atomerna som ritas är de som filen listar, vilket för en CIF för små molekyler är den asymmetriska enheten, med enhetscellen ritad runt dem.
▶Min CIF-fil innehåller flera strukturer. Vilken öppnas?
Den första med atomkoordinater; ett block med publiceringsuppgifter överst hoppas över. För att se en annan struktur sparar du dess block som en egen fil.
▶Kan jag öppna de mycket stora strukturerna som saknar PDB-fil?
Ja. Ribosomer, viruskapsider och andra poster som bara publiceras som mmCIF öppnas med sin cartoon; när ett lager har mer än en kvarts miljon atomer ritas atomerna som punkter så att webbläsaren hänger med.
▶Var finns väteatomerna och vattnet?
På egna lager, Hydrogens och Water, som är avslagna från början. Slå på dem i panelen Layers.
▶Kan jag 3D-skriva ut molekylen?
Ja. Exportera STL eller 3MF och öppna filen i din slicer. Tunna cartoon-band och pinnar är ömtåliga i små storlekar, så för en stadig utskrift slår du på Space filling (eller kula-pinne-modell för en liten molekyl) före exporten och skalar upp modellen i slicern: en ångström i filen är en enhet i exporten.
▶Är den här CIF-visaren verkligen gratis?
Ja, helt gratis. Ingen registrering, inga vattenstämplar och ingen storleksgräns i visaren (den valfria funktionen för att dela en länk tar emot uppladdningar på upp till 100 MB). Byggd av Innerscene som ett verktyg för arkitekter, ingenjörer och designer.
▶Laddas mina filer upp till en server?
Nej. Läsning, ritning och konvertering sker i din webbläsare: som standard laddas ingenting upp, lagras eller överförs. Knappen Dela är det enda som laddar upp en fil, och bara när du uttryckligen klickar på den.
▶Kan jag konvertera till ett annat format?
Ja. Klicka på Exportera i verktygsfältet för att spara strukturen som GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX eller USDZ, eller vyn som en PNG-bild. Exporten innehåller de lager du har slagit på, så slå på Space filling eller Polymer atoms först om du vill ha dem i filen. Det finns ingen export till PDB eller SDF: exporterna är 3D-modeller av bilden du ser.
▶Kan jag bädda in den här visaren på min egen webbplats?
Ja. Klicka på Bädda in i verktygsfältet för att skapa ett <iframe>-kodavsnitt på en rad som du kan klistra in på vilken HTML-sida som helst. Du kan välja om inbäddningen ska visa visarens verktygsfält.