Visa och konvertera SDF / MOL (Gratis)
Fungerar direkt i Chrome, Firefox, Safari och Edge.
Också från Innerscene: Circadian Lab, en kostnadsfri ljusberäkning för belysningsstyrka, melanopisk EML och bländning i rum.
Beskriv en förening, ett protein eller en kristall. AI:n hittar den i PubChem eller Protein Data Bank, eller bygger den, och öppnar den här.
Skapa en modell med AI
Beskriv vad du behöver, eller lägg till ett foto, så bygger AI:n det i verklig storlek i visaren. Be om ändringar i chatten och exportera sedan. Gratis, med din egen nyckel från Anthropic eller OpenAI.
Öppna AI-generatornAllt AI-generatorn gör: 3D-modeller, smycken, personer, planritningar, molekyler och laserskärfiler
Vad är en SDF / MOL-fil?
En .mol-fil (MDL-molfil) börjar med ett huvud på tre rader och en räknerad, följt av ett atomblock (koordinater och grundämne för varje atom) och ett bindningsblock (de två atomerna i varje bindning och dess ordning: enkel, dubbel, trippel eller aromatisk). Den klassiska V2000-layouten använder fasta kolumner; V3000-layouten skriver samma data på M V30-rader och har ingen gräns på 999 atomer.
En .sdf- eller .sd-fil (structure-data file) är en serie molfiler, var och en följd av namngivna datafält (en identifierare, ett namn, ett mätvärde) och avslutad med en $$$$-rad. PubChem, ChEMBL, ZINC och de flesta leverantörer av föreningar levererar sina bibliotek som SD-filer.
För proteiner, se PDB-visaren; för Tripos-formatet som dockningsprogram använder, MOL2-visaren; för alla molekylformat på en sida, molekylvisaren.
Vem använder SDF / MOL-filer?
Läkemedelskemister och organiska kemister, keminformatiker som arbetar med föreningsbibliotek, elever, studenter och lärare i kemi, forskare som laddar ned föreningar från PubChem eller ChEMBL, och designer som vill ha en verklig molekyl (koffein, ett doftämne, ett pigment) till en rendering, en logotypstudie eller en 3D-utskrift.
Vanliga användningsområden
- Titta på en förening som laddats ned från PubChem som en 3D-konformer
- Bläddra igenom molekylerna i en SD-fil, ett lager per molekyl
- Kontrollera bindningar och ringar i en struktur ritad i ChemDraw eller ett annat ritprogram för strukturer
- Dela en molekyl som en länk som öppnas i vilken webbläsare som helst
- Exportera en molekyl som STL eller 3MF för en 3D-utskriven modell, eller som GLB eller USDZ för AR
Funktioner
Öppnar .sdf- och .mol-filer
MDL-molfiler och SD-filer i V2000 och V3000.
Kula-pinne-modell
Atomer färgade efter grundämne, med dubbel-, trippel- och aromatiska bindningar ritade som parallella cylindrar.
Kalottmodell
Ett lager med varje atom i sin van der Waals-radie.
Ett lager per molekyl
En fil med många molekyler öppnas med var och en på ett eget lager, namngivet från filen.
Föreningar från PubChem
En 3D-konformer från PubChem öppnas med föreningen namngiven från sin post.
Export till GLB, STL eller USDZ
Spara strukturen som GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX eller USDZ för en rendering, en 3D-utskrift eller AR, eller vyn som PNG.
Mät i ångström
Klicka på två atomer för att mäta avståndet mellan dem, i Å.
Visa i VR
I webbläsaren på ett headset står molekylen på ett bord framför dig.
Ingenting laddas upp
Filen läses helt i din webbläsare. Inget konto, ingen uppladdning, ingen kopia på en server.
Dela och bädda in
Skicka en länk som öppnar molekylen i vilken webbläsare som helst, eller lägg in visaren på din egen sida med en enda iframe.
Kompatibilitet och formatinformation
Molfiler i V2000 och V3000 öppnas, ensamma eller som poster i en SD-fil. Atomer, bindningar och bindningsordningar hämtas från filen. En fil med bara 2D-koordinater (en platt ritning från ett ritprogram) öppnas platt, som den ritning den är; ladda ned 3D-konformern från PubChem för en tredimensionell molekyl.
Molekylen öppnas som kula-pinne-modell, med varje atom färgad efter grundämne i Jmol-färgerna, dubbel- och trippelbindningar ritade som två eller tre parallella cylindrar och aromatiska bindningar som ett par. Ett lager Space filling (kalottmodell) visar varje atom med sin van der Waals-radie. En SD-fil med många molekyler öppnas med ett lager per molekyl (de första 200; statusraden räknar resten), så att du kan visa dem en i taget eller alla tillsammans.
Koordinaterna läses i ångström (Å) och behålls i den skalan, så mätverktyget visar avstånd i Å. Bindningar hämtas från filen där den listar dem och beräknas från kovalenta radier för resten. Mycket stora strukturer, till exempel en hel viruskapsid med miljontals atomer, öppnas med sin cartoon och med atomerna ritade som punkter så att webbläsaren hänger med.
Bädda in på din webbplats
Lägg till visaren på din webbplats med en rad HTML. Klicka på Bädda in i verktygsfältet för att skapa koden, eller använd exemplet nedan med filens URL.
Dina filer stannar på din dator
Filerna bearbetas helt i webbläsaren. Knappen Dela laddar upp filen för att skapa en länk. Delade filer sparas i 90 dagar och tas sedan bort.
Vanliga frågor
▶Vilka molfilversioner öppnas?
V2000 och V3000, som enskilda .mol-filer eller som poster i en .sdf- eller .sd-fil.
▶Hur visas molekylerna i en SD-fil?
Varje molekyl är ett eget lager, så panelen Layers listar dem efter namn. Slå på och av lager för att titta på en molekyl eller jämföra flera.
▶Varför är min molekyl platt?
Filen har 2D-koordinater: den är en ritning från ett ritprogram där varje z-värde är noll. Visaren ritar atomerna där filen placerar dem. PubChem erbjuder en 3D-konformer för de flesta föreningar under Download, 3D Conformer, SDF.
▶Visas dubbel- och aromatiska bindningar?
Ja. Dubbelbindningar ritas som två parallella cylindrar, trippelbindningar som tre och aromatiska bindningar som ett par, i planet för de angränsande atomerna.
▶Visas datafälten i en SD-fil?
Molekylens namn blir etikett på dess lager. De övriga datafälten hoppas över.
▶Kan jag 3D-skriva ut molekylen?
Ja. Exportera STL eller 3MF och öppna filen i din slicer. Tunna cartoon-band och pinnar är ömtåliga i små storlekar, så för en stadig utskrift slår du på Space filling (eller kula-pinne-modell för en liten molekyl) före exporten och skalar upp modellen i slicern: en ångström i filen är en enhet i exporten.
▶Är den här SDF / MOL-visaren verkligen gratis?
Ja, helt gratis. Ingen registrering, inga vattenstämplar och ingen storleksgräns i visaren (den valfria funktionen för att dela en länk tar emot uppladdningar på upp till 100 MB). Byggd av Innerscene som ett verktyg för arkitekter, ingenjörer och designer.
▶Laddas mina filer upp till en server?
Nej. Läsning, ritning och konvertering sker i din webbläsare: som standard laddas ingenting upp, lagras eller överförs. Knappen Dela är det enda som laddar upp en fil, och bara när du uttryckligen klickar på den.
▶Kan jag konvertera till ett annat format?
Ja. Klicka på Exportera i verktygsfältet för att spara strukturen som GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX eller USDZ, eller vyn som en PNG-bild. Exporten innehåller de lager du har slagit på, så slå på Space filling eller Polymer atoms först om du vill ha dem i filen. Det finns ingen export till PDB eller SDF: exporterna är 3D-modeller av bilden du ser.
▶Kan jag bädda in den här visaren på min egen webbplats?
Ja. Klicka på Bädda in i verktygsfältet för att skapa ett <iframe>-kodavsnitt på en rad som du kan klistra in på vilken HTML-sida som helst. Du kan välja om inbäddningen ska visa visarens verktygsfält.