Visa och konvertera MOL2 (Gratis)
Fungerar direkt i Chrome, Firefox, Safari och Edge.
Också från Innerscene: Circadian Lab, en kostnadsfri ljusberäkning för belysningsstyrka, melanopisk EML och bländning i rum.
Beskriv en förening, ett protein eller en kristall. AI:n hittar den i PubChem eller Protein Data Bank, eller bygger den, och öppnar den här.
Skapa en modell med AI
Beskriv vad du behöver, eller lägg till ett foto, så bygger AI:n det i verklig storlek i visaren. Be om ändringar i chatten och exportera sedan. Gratis, med din egen nyckel från Anthropic eller OpenAI.
Öppna AI-generatornVad är en MOL2-fil?
En .mol2-fil är ren text i avsnitt som börjar med en @<TRIPOS>-tagg. @<TRIPOS>MOLECULE namnger molekylen och anger dess antal, @<TRIPOS>ATOM listar varje atom med namn, koordinater, SYBYL-atomtyp (till exempel C.ar för ett aromatiskt kol eller N.am för ett amidkväve), rest och partiell laddning, och @<TRIPOS>BOND listar varje bindning med dess typ (1, 2, 3, ar, am).
En fil kan innehålla många molekyler efter varandra, vilket är hur dockningsbibliotek och uppsättningar för virtuell screening ofta levereras. UCSF Chimera och ChimeraX, Open Babel, AutoDock Tools, DOCK, GOLD och SYBYL läser och skriver alla formatet.
För MDL-formaten, se SDF- och MOL-visaren; för proteiner, PDB-visaren; för alla molekylformat på en sida, molekylvisaren.
Vem använder MOL2-filer?
Beräkningskemister och läkemedelsforskningsteam som förbereder ligander och receptorer för dockning, forskare som arbetar med bibliotek för virtuell screening, studenter i kurser om molekylär modellering, och alla som får en .mol2-fil utan att ha Chimera eller SYBYL till hands.
Vanliga användningsområden
- Kontrollera en ligand som förberetts för dockning före en körning
- Gå igenom molekylerna i ett screeningbibliotek, ett lager per molekyl
- Jämföra dockade poser eller konformerer som sparats tillsammans i en fil
- Dela en dockningsligand med en kollega som en länk som öppnas i vilken webbläsare som helst
- Exportera en molekyl som GLB, OBJ eller STL för en rendering, en presentationsbild eller en 3D-utskrift
Funktioner
Öppnar .mol2-filer
Tripos MOL2-filer med en eller många molekyler.
SYBYL-typer läses
Grundämnen från SYBYL-atomtyperna och bindningsordningar från bindningstyperna, aromatiska bindningar inräknade.
Kula-pinne-modell
Atomer färgade efter grundämne, med dubbel-, trippel- och aromatiska bindningar ritade som parallella cylindrar.
Kalottmodell
Ett lager med varje atom i sin van der Waals-radie.
Ett lager per molekyl
En fil med många molekyler öppnas med var och en på ett eget lager, namngivet från filen.
Export till GLB, STL eller USDZ
Spara strukturen som GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX eller USDZ för en rendering, en 3D-utskrift eller AR, eller vyn som PNG.
Mät i ångström
Klicka på två atomer för att mäta avståndet mellan dem, i Å.
Visa i VR
I webbläsaren på ett headset står molekylen på ett bord framför dig.
Ingenting laddas upp
Filen läses helt i din webbläsare. Inget konto, ingen uppladdning, ingen kopia på en server.
Dela och bädda in
Skicka en länk som öppnar molekylen i vilken webbläsare som helst, eller lägg in visaren på din egen sida med en enda iframe.
Kompatibilitet och formatinformation
Avsnitten MOLECULE, ATOM och BOND läses. Grundämnet hämtas från SYBYL-atomtypen, och bindningstyperna blir enkel-, dubbel-, trippel- och aromatiska bindningar; amidbindningar ritas som enkelbindningar. En fil med många molekyler öppnas med ett lager per molekyl, namngivet från dess MOLECULE-avsnitt, för de första 200 molekylerna; statusraden räknar resten.
Molekyler öppnas som kula-pinne-modell, färgade efter grundämne i Jmol-färgerna, med dubbel- och trippelbindningar ritade som parallella cylindrar och ett lager Space filling (kalottmodell) bredvid.
Koordinaterna läses i ångström (Å) och behålls i den skalan, så mätverktyget visar avstånd i Å. Bindningar hämtas från filen där den listar dem och beräknas från kovalenta radier för resten. Mycket stora strukturer, till exempel en hel viruskapsid med miljontals atomer, öppnas med sin cartoon och med atomerna ritade som punkter så att webbläsaren hänger med.
Bädda in på din webbplats
Lägg till visaren på din webbplats med en rad HTML. Klicka på Bädda in i verktygsfältet för att skapa koden, eller använd exemplet nedan med filens URL.
Dina filer stannar på din dator
Filerna bearbetas helt i webbläsaren. Knappen Dela laddar upp filen för att skapa en länk. Delade filer sparas i 90 dagar och tas sedan bort.
Vanliga frågor
▶Öppnas en MOL2-fil med många molekyler?
Ja. Varje molekyl är ett eget lager, namngivet från sitt MOLECULE-avsnitt, så du kan visa en, flera eller alla.
▶Används SYBYL-atomtyper och bindningstyper?
Ja. Grundämnet för varje atom hämtas från dess SYBYL-typ (C.3, C.ar, N.pl3 och så vidare), och bindningstyperna 1, 2, 3 och ar ritas som enkel-, dubbel-, trippel- och aromatiska bindningar.
▶Visas partiella laddningar?
Nej. Atomerna färgas efter grundämne; laddningskolumnen hoppas över.
▶Hur många molekyler i ett bibliotek ritas?
De första 200 molekylerna i en fil, var och en på sitt eget lager. Statusraden anger hur många filen innehåller, så att du vet när du ska dela upp ett stort bibliotek i mindre filer.
▶Behöver jag Chimera, SYBYL eller Open Babel?
Nej. Filen läses och ritas i din webbläsare, på vilken dator, surfplatta eller telefon som helst.
▶Kan jag 3D-skriva ut molekylen?
Ja. Exportera STL eller 3MF och öppna filen i din slicer. Tunna cartoon-band och pinnar är ömtåliga i små storlekar, så för en stadig utskrift slår du på Space filling (eller kula-pinne-modell för en liten molekyl) före exporten och skalar upp modellen i slicern: en ångström i filen är en enhet i exporten.
▶Är den här MOL2-visaren verkligen gratis?
Ja, helt gratis. Ingen registrering, inga vattenstämplar och ingen storleksgräns i visaren (den valfria funktionen för att dela en länk tar emot uppladdningar på upp till 100 MB). Byggd av Innerscene som ett verktyg för arkitekter, ingenjörer och designer.
▶Laddas mina filer upp till en server?
Nej. Läsning, ritning och konvertering sker i din webbläsare: som standard laddas ingenting upp, lagras eller överförs. Knappen Dela är det enda som laddar upp en fil, och bara när du uttryckligen klickar på den.
▶Kan jag konvertera till ett annat format?
Ja. Klicka på Exportera i verktygsfältet för att spara strukturen som GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX eller USDZ, eller vyn som en PNG-bild. Exporten innehåller de lager du har slagit på, så slå på Space filling eller Polymer atoms först om du vill ha dem i filen. Det finns ingen export till PDB eller SDF: exporterna är 3D-modeller av bilden du ser.
▶Kan jag bädda in den här visaren på min egen webbplats?
Ja. Klicka på Bädda in i verktygsfältet för att skapa ett <iframe>-kodavsnitt på en rad som du kan klistra in på vilken HTML-sida som helst. Du kan välja om inbäddningen ska visa visarens verktygsfält.