Visualize e converta moléculas (Sem Cadastro)
Funciona diretamente no Chrome, Firefox, Safari e Edge.
Também da Innerscene: Circadian Lab, uma calculadora de iluminação gratuita para iluminância de ambientes, EML melanópica e ofuscamento.
Descreva um composto, uma proteína ou um cristal. A IA o encontra no PubChem ou no Protein Data Bank, ou o constrói, e o abre aqui.
Crie um modelo com IA
Descreva o que você precisa, ou adicione uma foto, e a IA o constrói em tamanho real no visualizador. Peça alterações no chat e depois exporte. Grátis, com sua própria chave da Anthropic ou da OpenAI.
Abrir o Gerador com IAO que é um arquivo Molécula?
Todo arquivo molecular guarda o mesmo núcleo: uma lista de átomos, cada um com seu elemento e sua posição em ångströms (um décimo de bilionésimo de metro). Os formatos diferem no que acrescentam. Estruturas de proteínas e ácidos nucleicos (PDB e mmCIF) agrupam os átomos em resíduos e cadeias e registram hélices e folhas beta; formatos de moléculas pequenas (SDF e MOL, MOL2) listam cada ligação com sua ordem; um CIF de cristalografia informa a célula unitária; um arquivo GROMACS .gro é um instantâneo de uma caixa de simulação; e um arquivo .xyz de química traz apenas o elemento e as coordenadas de cada átomo.
Este visualizador lê todos eles e escolhe a representação adequada a cada molécula. Proteínas e ácidos nucleicos abrem como um cartoon das suas cadeias, com os ligantes em bola e bastão; moléculas pequenas abrem em bola e bastão, com ligações duplas, triplas e aromáticas desenhadas como cilindros paralelos. Os átomos são coloridos por elemento nas conhecidas cores do Jmol, e uma camada Space filling (preenchimento espacial) mostra cada átomo no seu raio de van der Waals.
Cada formato tem sua própria página com os detalhes: visualizador PDB, visualizador CIF, visualizador SDF e MOL, visualizador MOL2 e visualizador GRO.
Quem usa arquivos Molécula?
Biólogos estruturais, bioquímicos e químicos medicinais que conferem uma estrutura sem abrir PyMOL, ChimeraX ou Avogadro; estudantes e professores de biologia e química; divulgadores e ilustradores científicos; e designers, arquitetos e criadores de exposições que querem uma proteína ou um cristal real para uma renderização, uma impressão 3D, uma escultura ou um elemento de um edifício.
Casos de uso comuns
- Abrir uma proteína baixada do RCSB Protein Data Bank e girá-la em 3D
- Ver um composto do PubChem ou do ChEMBL em bola e bastão
- Conferir uma estrutura cristalina da Crystallography Open Database com sua célula unitária
- Compartilhar uma estrutura com uma turma, um colega ou um cliente por um link que abre em qualquer navegador
- Exportar uma molécula como STL ou 3MF para uma impressão 3D, ou como GLB, FBX ou USDZ para o Blender, um motor de jogos ou realidade aumentada
Recursos
Abre todos os formatos comuns
PDB, PDBQT, PQR, mmCIF, CIF, SDF, MOL, MOL2, GRO e XYZ de química.
Cartoon de cada cadeia
Hélices e folhas beta como fitas tiradas do arquivo, ou calculadas a partir do traço de Cα; uma cadeia colorida do azul ao vermelho, várias cadeias cada uma com sua cor.
DNA e RNA
Ácidos nucleicos como um tubo ao longo da cadeia principal, com as bases como bastões.
Ligantes em bola e bastão
Ligantes, cofatores e íons ligados desenhados como bola e bastão, coloridos por elemento.
Bola e bastão
Átomos coloridos por elemento, com ligações duplas, triplas e aromáticas desenhadas como cilindros paralelos.
Preenchimento espacial
Uma camada com cada átomo no seu raio de van der Waals.
Exportar para GLB, STL ou USDZ
Salve a estrutura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ou USDZ para uma renderização, uma impressão 3D ou realidade aumentada, ou a vista como PNG.
Medir em ångströms
Clique em dois átomos para medir a distância entre eles, em Å.
Ver em realidade virtual
No navegador de um headset, a molécula aparece sobre uma mesa à sua frente.
Nada é enviado
O arquivo é lido inteiramente no seu navegador. Sem conta, sem envio, sem cópia em servidor.
Compartilhar e incorporar
Envie um link que abre a molécula em qualquer navegador, ou incorpore o visualizador na sua página com um único iframe.
Compatibilidade e notas do formato
Arquivos que abrem: PDB (.pdb, .ent) com suas variantes PDBQT do AutoDock (.pdbqt) e PQR do APBS (.pqr); PDBx/mmCIF e CIF de moléculas pequenas (.cif, .mmcif, .mcif); molfiles e arquivos SD da MDL em V2000 e V3000 (.mol, .sdf, .sd); MOL2 da Tripos (.mol2, .ml2); estruturas do GROMACS (.gro); e XYZ de química (.xyz). Um arquivo .xyz que é uma molécula é diferenciado de uma nuvem de pontos .xyz pelo conteúdo.
As proteínas abrem como cartoon (representação em fitas): hélices e folhas beta como fitas, tiradas dos registros de estrutura secundária do arquivo quando ele os tem e calculadas a partir do traço de Cα quando não tem, com as alças como um tubo redondo. Uma única cadeia é colorida ao longo da sequência, do azul no início ao vermelho no fim; quando há várias cadeias, cada uma recebe sua própria cor. DNA e RNA abrem como um tubo ao longo da cadeia principal, com as bases como bastões. Os ligantes são desenhados como bola e bastão, coloridos por elemento (carbono cinza, oxigênio vermelho, nitrogênio azul, enxofre amarelo, nas cores do Jmol).
Moléculas pequenas abrem em bola e bastão, com uma camada Space filling ao lado. Um arquivo SD ou MOL2 que contém muitas moléculas abre com uma camada por molécula. Apenas o primeiro modelo de um conjunto de RMN e o primeiro quadro de um arquivo XYZ com vários quadros são desenhados.
As coordenadas são lidas em ångströms (Å) e mantidas nessa escala, então a ferramenta de medição mostra as distâncias em Å. As ligações são tiradas do arquivo quando ele as lista e calculadas a partir dos raios covalentes para o restante. Estruturas muito grandes, como o capsídeo inteiro de um vírus com milhões de átomos, abrem com o cartoon e com os átomos desenhados como pontos para que o navegador acompanhe.
Incorporar no seu site
Adicione este visualizador ao seu site com uma única linha de HTML. Clique em Incorporar na barra de ferramentas para gerar o código, ou use o trecho abaixo com a URL do seu arquivo.
Seus arquivos ficam no seu computador
Seus arquivos são processados inteiramente no seu navegador. O botão Compartilhar envia o arquivo para criar um link. Os arquivos compartilhados são armazenados por 90 dias e depois excluídos.
Perguntas frequentes
▶Quais formatos de arquivo molecular abrem?
PDB, PDBQT e PQR; PDBx/mmCIF e CIF de cristalografia; MOL e SDF da MDL (V2000 e V3000); MOL2 da Tripos; GRO do GROMACS; e XYZ de química. O formato é reconhecido pelo conteúdo do arquivo e também pela extensão.
▶Como a molécula é desenhada?
Proteínas e ácidos nucleicos como um cartoon das suas cadeias, com os ligantes em bola e bastão. Moléculas pequenas em bola e bastão, com ligações duplas, triplas e aromáticas como cilindros paralelos. Cada átomo é colorido por elemento, e o painel de camadas liga bastões para todos os átomos, hidrogênios, água, preenchimento espacial e a célula unitária.
▶Preciso do PyMOL, do ChimeraX ou de outro software de química?
Não. O arquivo é lido e desenhado no seu navegador, em qualquer computador, tablet ou celular. Nada é instalado e nada é enviado.
▶Em que unidades estão as coordenadas?
Em ångströms, como os arquivos as guardam (um arquivo do GROMACS em nanômetros é convertido para ångströms). A ferramenta de medição mostra as distâncias em Å, então uma ligação simples carbono-carbono mede cerca de 1,5.
▶Posso imprimir a molécula em 3D?
Sim. Exporte STL ou 3MF e abra no seu fatiador (slicer). Fitas finas do cartoon e bastões são frágeis em tamanhos pequenos, então, para uma impressão resistente, ligue Space filling (ou bola e bastão numa molécula pequena) antes de exportar e aumente a escala do modelo no fatiador: um ångström no arquivo é uma unidade na exportação.
▶Posso ver em realidade virtual?
Sim. No navegador de um headset (Meta Quest, Apple Vision Pro, Pico), clique em VR na barra de ferramentas e a molécula aparece sobre uma mesa à sua frente, num tamanho que permite andar ao redor dela e se aproximar.
▶Este visualizador de moléculas é mesmo gratuito?
Sim, totalmente gratuito. Sem cadastro, sem marcas d’água e sem limite de tamanho no visualizador (o recurso opcional de compartilhar link aceita envios de até 100 MB). Criado pela Innerscene como ferramenta para arquitetos, engenheiros e designers.
▶Meus arquivos são enviados para um servidor?
Não. A leitura, a exibição e a conversão acontecem no seu navegador: por padrão, nada é enviado, armazenado ou transmitido. O botão Compartilhar é o único que envia um arquivo, e só quando você clica nele.
▶Posso convertê-lo para outro formato?
Sim. Clique em Exportar na barra de ferramentas para salvar a estrutura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ou USDZ, ou a vista como uma imagem PNG. A exportação leva as camadas que você ligou, então ligue antes Space filling ou Polymer atoms se quiser que estejam no arquivo. Não há gravador de PDB nem de SDF: as exportações são modelos 3D da imagem que você vê.
▶Posso incorporar este visualizador no meu site?
Sim. Clique em Incorporar na barra de ferramentas para gerar um trecho <iframe> de uma linha que você pode colar em qualquer página HTML. Você pode escolher se a incorporação mostra a barra de ferramentas do visualizador.
Ferramentas e guias relacionados
Visualizador PDB
Abra estruturas do Protein Data Bank, PDBQT e PQR
Visualizador CIF
Abra PDBx/mmCIF e CIF de cristalografia
Visualizador SDF e MOL
Abra molfiles e arquivos SD da MDL
Visualizador MOL2
Abra arquivos MOL2 da Tripos
Visualizador GRO
Abra arquivos de estrutura do GROMACS
PDB para STL
Transforme uma proteína numa malha imprimível em 3D