Visualize e converta SDF / MOL (Sem Cadastro)
Funciona diretamente no Chrome, Firefox, Safari e Edge.
Também da Innerscene: Circadian Lab, uma calculadora de iluminação gratuita para iluminância de ambientes, EML melanópica e ofuscamento.
Descreva um composto, uma proteína ou um cristal. A IA o encontra no PubChem ou no Protein Data Bank, ou o constrói, e o abre aqui.
Crie um modelo com IA
Descreva o que você precisa, ou adicione uma foto, e a IA o constrói em tamanho real no visualizador. Peça alterações no chat e depois exporte. Grátis, com sua própria chave da Anthropic ou da OpenAI.
Abrir o Gerador com IAO que é um arquivo SDF / MOL?
Um arquivo .mol (molfile da MDL) começa com um cabeçalho de três linhas e uma linha de contagens, seguidas de um bloco de átomos (coordenadas e elemento de cada átomo) e um bloco de ligações (os dois átomos de cada ligação e sua ordem: simples, dupla, tripla ou aromática). O layout clássico V2000 usa colunas fixas; o layout V3000 grava os mesmos dados em linhas M V30 e não tem o limite de 999 átomos.
Um arquivo .sdf ou .sd (structure-data file) é uma série de molfiles, cada um seguido de campos de dados nomeados (um identificador, um nome, um valor medido) e terminado por uma linha $$$$. PubChem, ChEMBL, ZINC e a maioria dos fornecedores de compostos distribuem suas bibliotecas como arquivos SD.
Para proteínas, veja o visualizador PDB; para o formato da Tripos usado pelos programas de docking, o visualizador MOL2; para todos os formatos moleculares numa só página, o visualizador de moléculas.
Quem usa arquivos SDF / MOL?
Químicos medicinais e orgânicos, quimioinformatas que trabalham com bibliotecas de compostos, estudantes e professores de química, pesquisadores que baixam compostos do PubChem ou do ChEMBL, e designers que querem uma molécula real (a cafeína, uma fragrância, um pigmento) para uma renderização, um estudo de logotipo ou uma impressão 3D.
Casos de uso comuns
- Ver um composto baixado do PubChem como confôrmero 3D
- Percorrer as moléculas de um arquivo SD, uma camada por molécula
- Conferir as ligações e os anéis de uma estrutura desenhada no ChemDraw ou em outro editor de estruturas
- Compartilhar uma molécula por um link que abre em qualquer navegador
- Exportar uma molécula como STL ou 3MF para um modelo impresso em 3D, ou como GLB ou USDZ para realidade aumentada
Recursos
Abre arquivos .sdf e .mol
Molfiles e arquivos SD da MDL em V2000 e V3000.
Bola e bastão
Átomos coloridos por elemento, com ligações duplas, triplas e aromáticas desenhadas como cilindros paralelos.
Preenchimento espacial
Uma camada com cada átomo no seu raio de van der Waals.
Uma camada por molécula
Um arquivo com muitas moléculas abre com cada uma na sua própria camada, com o nome tirado do arquivo.
Compostos do PubChem
Um confôrmero 3D do PubChem abre com o composto nomeado a partir do seu registro.
Exportar para GLB, STL ou USDZ
Salve a estrutura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ou USDZ para uma renderização, uma impressão 3D ou realidade aumentada, ou a vista como PNG.
Medir em ångströms
Clique em dois átomos para medir a distância entre eles, em Å.
Ver em realidade virtual
No navegador de um headset, a molécula aparece sobre uma mesa à sua frente.
Nada é enviado
O arquivo é lido inteiramente no seu navegador. Sem conta, sem envio, sem cópia em servidor.
Compartilhar e incorporar
Envie um link que abre a molécula em qualquer navegador, ou incorpore o visualizador na sua página com um único iframe.
Compatibilidade e notas do formato
Molfiles V2000 e V3000 abrem, sozinhos ou como registros de um arquivo SD. Átomos, ligações e ordens de ligação vêm do arquivo. Um arquivo só com coordenadas 2D (um desenho plano de um editor de estruturas) abre plano, como o desenho que ele é; baixe o confôrmero 3D do PubChem para ter uma molécula tridimensional.
A molécula abre em bola e bastão, com cada átomo colorido por elemento nas cores do Jmol, ligações duplas e triplas desenhadas como dois ou três cilindros paralelos e ligações aromáticas como um par. Uma camada Space filling (preenchimento espacial) mostra cada átomo no seu raio de van der Waals. Um arquivo SD com muitas moléculas abre com uma camada por molécula (as 200 primeiras; a linha de status conta o restante), então você pode mostrá-las uma de cada vez ou todas juntas.
As coordenadas são lidas em ångströms (Å) e mantidas nessa escala, então a ferramenta de medição mostra as distâncias em Å. As ligações são tiradas do arquivo quando ele as lista e calculadas a partir dos raios covalentes para o restante. Estruturas muito grandes, como o capsídeo inteiro de um vírus com milhões de átomos, abrem com o cartoon e com os átomos desenhados como pontos para que o navegador acompanhe.
Incorporar no seu site
Adicione este visualizador ao seu site com uma única linha de HTML. Clique em Incorporar na barra de ferramentas para gerar o código, ou use o trecho abaixo com a URL do seu arquivo.
Seus arquivos ficam no seu computador
Seus arquivos são processados inteiramente no seu navegador. O botão Compartilhar envia o arquivo para criar um link. Os arquivos compartilhados são armazenados por 90 dias e depois excluídos.
Perguntas frequentes
▶Quais versões de molfile abrem?
V2000 e V3000, como arquivos .mol individuais ou como registros de um arquivo .sdf ou .sd.
▶Como as moléculas de um arquivo SD são mostradas?
Cada molécula é sua própria camada, então o painel de camadas as lista pelo nome. Ligue e desligue camadas para ver uma molécula ou comparar várias.
▶Por que minha molécula está plana?
O arquivo tem coordenadas 2D: é um desenho de um editor de estruturas com todos os valores z iguais a zero. O visualizador desenha os átomos onde o arquivo os coloca. O PubChem oferece um confôrmero 3D da maioria dos compostos em Download, 3D Conformer, SDF.
▶Ligações duplas e aromáticas são mostradas?
Sim. Ligações duplas são desenhadas como dois cilindros paralelos, triplas como três e aromáticas como um par, no plano dos átomos vizinhos.
▶Os campos de dados de um arquivo SD são mostrados?
O nome da molécula dá nome à sua camada. Os outros campos de dados são ignorados na leitura do arquivo.
▶Posso imprimir a molécula em 3D?
Sim. Exporte STL ou 3MF e abra no seu fatiador (slicer). Fitas finas do cartoon e bastões são frágeis em tamanhos pequenos, então, para uma impressão resistente, ligue Space filling (ou bola e bastão numa molécula pequena) antes de exportar e aumente a escala do modelo no fatiador: um ångström no arquivo é uma unidade na exportação.
▶Este visualizador SDF / MOL é mesmo gratuito?
Sim, totalmente gratuito. Sem cadastro, sem marcas d’água e sem limite de tamanho no visualizador (o recurso opcional de compartilhar link aceita envios de até 100 MB). Criado pela Innerscene como ferramenta para arquitetos, engenheiros e designers.
▶Meus arquivos são enviados para um servidor?
Não. A leitura, a exibição e a conversão acontecem no seu navegador: por padrão, nada é enviado, armazenado ou transmitido. O botão Compartilhar é o único que envia um arquivo, e só quando você clica nele.
▶Posso convertê-lo para outro formato?
Sim. Clique em Exportar na barra de ferramentas para salvar a estrutura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ou USDZ, ou a vista como uma imagem PNG. A exportação leva as camadas que você ligou, então ligue antes Space filling ou Polymer atoms se quiser que estejam no arquivo. Não há gravador de PDB nem de SDF: as exportações são modelos 3D da imagem que você vê.
▶Posso incorporar este visualizador no meu site?
Sim. Clique em Incorporar na barra de ferramentas para gerar um trecho <iframe> de uma linha que você pode colar em qualquer página HTML. Você pode escolher se a incorporação mostra a barra de ferramentas do visualizador.