Visualize e converta PDB (Sem Cadastro)

O que é um arquivo PDB?

Um arquivo .pdb é texto puro em colunas fixas. Os registros ATOM e HETATM dão a cada átomo seu nome, elemento, resíduo, cadeia e coordenadas; os registros HELIX e SHEET marcam a estrutura secundária; os registros CONECT listam as ligações de ligantes e resíduos incomuns; CRYST1 informa a célula unitária do cristal; e os blocos MODEL guardam os modelos de um conjunto de RMN. O formato comporta até 99.999 átomos e 62 cadeias, por isso as maiores entradas do Protein Data Bank são publicadas apenas em PDBx/mmCIF.

Três variantes compartilham o layout. .ent é o nome que o arquivo do wwPDB dá aos seus arquivos PDB (pdb1abc.ent). PDBQT, gravado pelo AutoDock Tools, Open Babel e Meeko para o AutoDock e o AutoDock Vina, acrescenta cargas parciais e tipos de átomo do AutoDock para receptores e ligantes de docking. PQR, gravado pelo PDB2PQR para o APBS, coloca a carga e o raio de cada átomo nas colunas que o PDB usa para ocupação e fator de temperatura.

Para moléculas pequenas, veja o visualizador SDF e MOL; para todos os formatos moleculares numa só página, o visualizador de moléculas.

Quem usa arquivos PDB?

Biólogos estruturais e bioquímicos, equipes de descoberta de fármacos que leem resultados de docking, estudantes e professores de biologia e química, bioinformatas, ilustradores científicos e designers que querem uma proteína real para uma renderização, uma animação ou um modelo impresso em 3D.

Casos de uso comuns

• Ver uma proteína do RCSB PDB, PDBe ou PDBj sem instalar PyMOL nem ChimeraX
• Conferir um resultado de docking: o receptor e o ligante acoplado do AutoDock Vina em PDBQT
• Mostrar uma estrutura a uma turma ou a um cliente por um link que abre em qualquer navegador
• Exportar uma proteína como STL ou 3MF para um modelo impresso em 3D
• Levar uma proteína para o Blender, um motor de jogos ou uma cena de realidade aumentada como GLB, FBX ou USDZ

Recursos

Compatibilidade e notas do formato

São lidos os registros ATOM, HETATM, HELIX, SHEET, CONECT e CRYST1. O elemento vem da sua própria coluna, ou do nome do átomo quando essa coluna está em branco (como em muitos arquivos antigos e saídas de docking). Apenas o primeiro modelo de um arquivo com vários modelos e a primeira localização alternativa de cada átomo são desenhados. Arquivos PDBQT e PQR abrem da mesma forma, e as colunas extras são ignoradas.

As proteínas abrem como cartoon (representação em fitas): hélices e folhas beta como fitas, tiradas dos registros de estrutura secundária do arquivo quando ele os tem e calculadas a partir do traço de Cα quando não tem, com as alças como um tubo redondo. Uma única cadeia é colorida ao longo da sequência, do azul no início ao vermelho no fim; quando há várias cadeias, cada uma recebe sua própria cor. DNA e RNA abrem como um tubo ao longo da cadeia principal, com as bases como bastões. Os ligantes são desenhados como bola e bastão, coloridos por elemento (carbono cinza, oxigênio vermelho, nitrogênio azul, enxofre amarelo, nas cores do Jmol).

Cada representação é uma camada que você pode ligar e desligar: Cartoon (fitas), Polymer atoms (átomos do polímero: todos os átomos pesados das cadeias como bastões), Hydrogens (hidrogênios), Ligands (ligantes), Water (água), Space filling (preenchimento espacial: cada átomo, exceto a água, como uma esfera do seu raio de van der Waals) e Unit cell (célula unitária) quando o arquivo a informa. Cartoon e Ligands ficam ligadas quando o arquivo abre; as demais aguardam no painel de camadas (Layers).

As coordenadas são lidas em ångströms (Å) e mantidas nessa escala, então a ferramenta de medição mostra as distâncias em Å. As ligações são tiradas do arquivo quando ele as lista e calculadas a partir dos raios covalentes para o restante. Estruturas muito grandes, como o capsídeo inteiro de um vírus com milhões de átomos, abrem com o cartoon e com os átomos desenhados como pontos para que o navegador acompanhe.

Perguntas frequentes

Ferramentas e guias relacionados