Visualize e converta CIF (Sem Cadastro)
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Também da Innerscene: Circadian Lab, uma calculadora de iluminação gratuita para iluminância de ambientes, EML melanópica e ofuscamento.
Descreva um composto, uma proteína ou um cristal. A IA o encontra no PubChem ou no Protein Data Bank, ou o constrói, e o abre aqui.
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Abrir o Gerador com IAO que é um arquivo CIF?
Um arquivo CIF é uma lista de itens nomeados e de tabelas (blocos loop_) na sintaxe STAR. Dois dicionários o utilizam. O PDBx/mmCIF é o formato de arquivo do Protein Data Bank: _atom_site lista cada átomo com resíduo, cadeia e coordenadas cartesianas, _struct_conf e _struct_sheet_range marcam hélices e folhas beta, e _struct_conn lista as ligações entre resíduos e ligantes. Ele não tem limite de átomos ou cadeias, por isso grandes complexos como os ribossomos são publicados apenas em mmCIF.
O CIF de moléculas pequenas é o que os cristalógrafos depositam no Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC), na Crystallography Open Database (COD) e nos periódicos da IUCr. Ele informa a célula unitária (_cell_length_a e os ângulos), o grupo espacial e as coordenadas fracionárias dos átomos da unidade assimétrica.
Para o formato mais antigo do Protein Data Bank, veja o visualizador PDB; para todos os formatos moleculares numa só página, o visualizador de moléculas.
Quem usa arquivos CIF?
Cristalógrafos e biólogos estruturais, químicos e cientistas de materiais que leem estruturas do CCDC ou do COD, estudantes de química, mineralogia e biologia, e designers e arquitetos que querem a geometria de um cristal ou de uma proteína real para uma renderização, uma estampa ou uma impressão 3D.
Casos de uso comuns
- Abrir uma entrada grande do Protein Data Bank publicada apenas em PDBx/mmCIF
- Ver uma estrutura cristalina do COD ou do material suplementar de um periódico com sua célula unitária
- Conferir uma estrutura antes de uma reunião de grupo ou de uma aula sem abrir Mercury, PyMOL ou ChimeraX
- Compartilhar um cristal ou uma proteína por um link que abre em qualquer navegador
- Exportar a estrutura como STL, 3MF, GLB ou OBJ para uma impressão, uma renderização ou um motor de jogos
Recursos
Abre arquivos .cif
PDBx/mmCIF do Protein Data Bank e CIF de moléculas pequenas do CCDC, do COD e de periódicos.
Cristais na sua célula unitária
Coordenadas fracionárias convertidas em ångströms, com a célula unitária desenhada como uma caixa ao redor dos átomos.
Cartoon de cada cadeia
Hélices e folhas beta como fitas tiradas do arquivo, ou calculadas a partir do traço de Cα; uma cadeia colorida do azul ao vermelho, várias cadeias cada uma com sua cor.
DNA e RNA
Ácidos nucleicos como um tubo ao longo da cadeia principal, com as bases como bastões.
Ligantes em bola e bastão
Ligantes, cofatores e íons ligados desenhados como bola e bastão, coloridos por elemento.
Camadas para ligar
Átomos do polímero, hidrogênios, água, preenchimento espacial e a célula unitária, cada um na sua própria camada.
Exportar para GLB, STL ou USDZ
Salve a estrutura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ou USDZ para uma renderização, uma impressão 3D ou realidade aumentada, ou a vista como PNG.
Medir em ångströms
Clique em dois átomos para medir a distância entre eles, em Å.
Ver em realidade virtual
No navegador de um headset, a molécula aparece sobre uma mesa à sua frente.
Nada é enviado
O arquivo é lido inteiramente no seu navegador. Sem conta, sem envio, sem cópia em servidor.
Compartilhar e incorporar
Envie um link que abre a molécula em qualquer navegador, ou incorpore o visualizador na sua página com um único iframe.
Compatibilidade e notas do formato
O primeiro bloco de dados com coordenadas atômicas é lido (um bloco inicial de dados de publicação é ignorado). No mmCIF, são usados _atom_site (primeiro modelo, uma localização alternativa por resíduo), _struct_conf, _struct_sheet_range e _struct_conn. Num CIF de moléculas pequenas, a célula unitária e as coordenadas fracionárias são convertidas em ångströms cartesianos; os átomos desenhados são os que o arquivo lista (a unidade assimétrica), e a célula unitária é desenhada como uma caixa ao redor deles.
As proteínas abrem como cartoon (representação em fitas): hélices e folhas beta como fitas, tiradas dos registros de estrutura secundária do arquivo quando ele os tem e calculadas a partir do traço de Cα quando não tem, com as alças como um tubo redondo. Uma única cadeia é colorida ao longo da sequência, do azul no início ao vermelho no fim; quando há várias cadeias, cada uma recebe sua própria cor. DNA e RNA abrem como um tubo ao longo da cadeia principal, com as bases como bastões. Os ligantes são desenhados como bola e bastão, coloridos por elemento (carbono cinza, oxigênio vermelho, nitrogênio azul, enxofre amarelo, nas cores do Jmol).
Cada representação é uma camada que você pode ligar e desligar: Cartoon (fitas), Polymer atoms (átomos do polímero: todos os átomos pesados das cadeias como bastões), Hydrogens (hidrogênios), Ligands (ligantes), Water (água), Space filling (preenchimento espacial: cada átomo, exceto a água, como uma esfera do seu raio de van der Waals) e Unit cell (célula unitária) quando o arquivo a informa. Cartoon e Ligands ficam ligadas quando o arquivo abre; as demais aguardam no painel de camadas (Layers).
Um cristal de moléculas pequenas abre em bola e bastão com a camada Unit cell ligada; numa macromolécula, a célula unitária começa oculta.
As coordenadas são lidas em ångströms (Å) e mantidas nessa escala, então a ferramenta de medição mostra as distâncias em Å. As ligações são tiradas do arquivo quando ele as lista e calculadas a partir dos raios covalentes para o restante. Estruturas muito grandes, como o capsídeo inteiro de um vírus com milhões de átomos, abrem com o cartoon e com os átomos desenhados como pontos para que o navegador acompanhe.
Incorporar no seu site
Adicione este visualizador ao seu site com uma única linha de HTML. Clique em Incorporar na barra de ferramentas para gerar o código, ou use o trecho abaixo com a URL do seu arquivo.
Seus arquivos ficam no seu computador
Seus arquivos são processados inteiramente no seu navegador. O botão Compartilhar envia o arquivo para criar um link. Os arquivos compartilhados são armazenados por 90 dias e depois excluídos.
Perguntas frequentes
▶Abre tanto mmCIF quanto CIF de moléculas pequenas?
Sim. Um arquivo PDBx/mmCIF do Protein Data Bank abre como um cartoon das suas cadeias com os ligantes; um CIF de cristalografia do CCDC, do COD ou de um periódico abre em bola e bastão dentro da sua célula unitária. O visualizador diferencia os dois pelo conteúdo.
▶O empacotamento cristalino é gerado a partir da simetria?
Não. Os átomos desenhados são os que o arquivo lista, que num CIF de moléculas pequenas são os da unidade assimétrica, com a célula unitária desenhada ao redor deles.
▶Meu arquivo CIF contém várias estruturas. Qual abre?
A primeira com coordenadas atômicas; um bloco de dados de publicação no início é ignorado. Para ver outra estrutura, salve o bloco dela como um arquivo separado e abra esse arquivo.
▶Posso abrir as estruturas muito grandes que não têm arquivo PDB?
Sim. Ribossomos, capsídeos virais e outras entradas publicadas apenas em mmCIF abrem com o cartoon; acima de um quarto de milhão de átomos numa camada, os átomos são desenhados como pontos para que o navegador acompanhe.
▶Onde estão os hidrogênios e a água?
Nas suas próprias camadas, Hydrogens e Water, que começam desligadas. Ligue-as no painel de camadas quando precisar.
▶Posso imprimir a molécula em 3D?
Sim. Exporte STL ou 3MF e abra no seu fatiador (slicer). Fitas finas do cartoon e bastões são frágeis em tamanhos pequenos, então, para uma impressão resistente, ligue Space filling (ou bola e bastão numa molécula pequena) antes de exportar e aumente a escala do modelo no fatiador: um ångström no arquivo é uma unidade na exportação.
▶Este visualizador CIF é mesmo gratuito?
Sim, totalmente gratuito. Sem cadastro, sem marcas d’água e sem limite de tamanho no visualizador (o recurso opcional de compartilhar link aceita envios de até 100 MB). Criado pela Innerscene como ferramenta para arquitetos, engenheiros e designers.
▶Meus arquivos são enviados para um servidor?
Não. A leitura, a exibição e a conversão acontecem no seu navegador: por padrão, nada é enviado, armazenado ou transmitido. O botão Compartilhar é o único que envia um arquivo, e só quando você clica nele.
▶Posso convertê-lo para outro formato?
Sim. Clique em Exportar na barra de ferramentas para salvar a estrutura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ou USDZ, ou a vista como uma imagem PNG. A exportação leva as camadas que você ligou, então ligue antes Space filling ou Polymer atoms se quiser que estejam no arquivo. Não há gravador de PDB nem de SDF: as exportações são modelos 3D da imagem que você vê.
▶Posso incorporar este visualizador no meu site?
Sim. Clique em Incorporar na barra de ferramentas para gerar um trecho <iframe> de uma linha que você pode colar em qualquer página HTML. Você pode escolher se a incorporação mostra a barra de ferramentas do visualizador.
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