Visualize e converta MOL2 (Sem Cadastro)
Funciona diretamente no Chrome, Firefox, Safari e Edge.
Também da Innerscene: Circadian Lab, uma calculadora de iluminação gratuita para iluminância de ambientes, EML melanópica e ofuscamento.
Descreva um composto, uma proteína ou um cristal. A IA o encontra no PubChem ou no Protein Data Bank, ou o constrói, e o abre aqui.
Crie um modelo com IA
Descreva o que você precisa, ou adicione uma foto, e a IA o constrói em tamanho real no visualizador. Peça alterações no chat e depois exporte. Grátis, com sua própria chave da Anthropic ou da OpenAI.
Abrir o Gerador com IAO que é um arquivo MOL2?
Um arquivo .mol2 é texto puro em seções que começam com uma etiqueta @<TRIPOS>. @<TRIPOS>MOLECULE dá nome à molécula e informa suas contagens, @<TRIPOS>ATOM lista cada átomo com nome, coordenadas, tipo de átomo SYBYL (como C.ar para um carbono aromático ou N.am para um nitrogênio de amida), resíduo e carga parcial, e @<TRIPOS>BOND lista cada ligação com seu tipo (1, 2, 3, ar, am).
Um arquivo pode conter muitas moléculas uma após a outra, que é como bibliotecas de docking e conjuntos de triagem virtual costumam ser distribuídos. UCSF Chimera e ChimeraX, Open Babel, AutoDock Tools, DOCK, GOLD e SYBYL leem e gravam esse formato.
Para os formatos da MDL, veja o visualizador SDF e MOL; para proteínas, o visualizador PDB; para todos os formatos moleculares numa só página, o visualizador de moléculas.
Quem usa arquivos MOL2?
Químicos computacionais e equipes de descoberta de fármacos que preparam ligantes e receptores para docking, pesquisadores que trabalham com bibliotecas de triagem virtual, estudantes de cursos de modelagem molecular e qualquer pessoa que recebe um arquivo .mol2 sem ter o Chimera ou o SYBYL à mão.
Casos de uso comuns
- Conferir um ligante preparado para docking antes de uma execução
- Percorrer as moléculas de uma biblioteca de triagem, uma camada por molécula
- Comparar poses acopladas ou confôrmeros salvos juntos num mesmo arquivo
- Compartilhar um ligante de docking com um colega por um link que abre em qualquer navegador
- Exportar uma molécula como GLB, OBJ ou STL para uma renderização, um slide ou uma impressão 3D
Recursos
Abre arquivos .mol2
Arquivos MOL2 da Tripos com uma ou muitas moléculas.
Lê os tipos SYBYL
Elementos a partir dos tipos de átomo SYBYL e ordens de ligação a partir dos tipos de ligação, incluindo as aromáticas.
Bola e bastão
Átomos coloridos por elemento, com ligações duplas, triplas e aromáticas desenhadas como cilindros paralelos.
Preenchimento espacial
Uma camada com cada átomo no seu raio de van der Waals.
Uma camada por molécula
Um arquivo com muitas moléculas abre com cada uma na sua própria camada, com o nome tirado do arquivo.
Exportar para GLB, STL ou USDZ
Salve a estrutura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ou USDZ para uma renderização, uma impressão 3D ou realidade aumentada, ou a vista como PNG.
Medir em ångströms
Clique em dois átomos para medir a distância entre eles, em Å.
Ver em realidade virtual
No navegador de um headset, a molécula aparece sobre uma mesa à sua frente.
Nada é enviado
O arquivo é lido inteiramente no seu navegador. Sem conta, sem envio, sem cópia em servidor.
Compartilhar e incorporar
Envie um link que abre a molécula em qualquer navegador, ou incorpore o visualizador na sua página com um único iframe.
Compatibilidade e notas do formato
As seções MOLECULE, ATOM e BOND são lidas. O elemento vem do tipo de átomo SYBYL, e os tipos de ligação viram ligações simples, duplas, triplas e aromáticas; ligações de amida são desenhadas como ligações simples. Um arquivo com muitas moléculas abre com uma camada por molécula, nomeada pela sua seção MOLECULE, para as 200 primeiras moléculas; a linha de status conta o restante.
As moléculas abrem em bola e bastão, coloridas por elemento nas cores do Jmol, com ligações duplas e triplas desenhadas como cilindros paralelos e uma camada Space filling (preenchimento espacial) ao lado.
As coordenadas são lidas em ångströms (Å) e mantidas nessa escala, então a ferramenta de medição mostra as distâncias em Å. As ligações são tiradas do arquivo quando ele as lista e calculadas a partir dos raios covalentes para o restante. Estruturas muito grandes, como o capsídeo inteiro de um vírus com milhões de átomos, abrem com o cartoon e com os átomos desenhados como pontos para que o navegador acompanhe.
Incorporar no seu site
Adicione este visualizador ao seu site com uma única linha de HTML. Clique em Incorporar na barra de ferramentas para gerar o código, ou use o trecho abaixo com a URL do seu arquivo.
Seus arquivos ficam no seu computador
Seus arquivos são processados inteiramente no seu navegador. O botão Compartilhar envia o arquivo para criar um link. Os arquivos compartilhados são armazenados por 90 dias e depois excluídos.
Perguntas frequentes
▶Um arquivo MOL2 com muitas moléculas abre?
Sim. Cada molécula é sua própria camada, nomeada pela sua seção MOLECULE, então você pode mostrar uma, várias ou todas.
▶Os tipos de átomo e de ligação SYBYL são usados?
Sim. O elemento de cada átomo vem do seu tipo SYBYL (C.3, C.ar, N.pl3 e assim por diante), e os tipos de ligação 1, 2, 3 e ar são desenhados como ligações simples, duplas, triplas e aromáticas.
▶As cargas parciais são mostradas?
Não. Os átomos são coloridos por elemento; a coluna de cargas é ignorada na leitura do arquivo.
▶Quantas moléculas de uma biblioteca são desenhadas?
As 200 primeiras moléculas de um arquivo, cada uma na sua própria camada. A linha de status informa quantas o arquivo contém, então você sabe quando dividir uma biblioteca grande em arquivos menores.
▶Preciso do Chimera, do SYBYL ou do Open Babel?
Não. O arquivo é lido e desenhado no seu navegador, em qualquer computador, tablet ou celular.
▶Posso imprimir a molécula em 3D?
Sim. Exporte STL ou 3MF e abra no seu fatiador (slicer). Fitas finas do cartoon e bastões são frágeis em tamanhos pequenos, então, para uma impressão resistente, ligue Space filling (ou bola e bastão numa molécula pequena) antes de exportar e aumente a escala do modelo no fatiador: um ångström no arquivo é uma unidade na exportação.
▶Este visualizador MOL2 é mesmo gratuito?
Sim, totalmente gratuito. Sem cadastro, sem marcas d’água e sem limite de tamanho no visualizador (o recurso opcional de compartilhar link aceita envios de até 100 MB). Criado pela Innerscene como ferramenta para arquitetos, engenheiros e designers.
▶Meus arquivos são enviados para um servidor?
Não. A leitura, a exibição e a conversão acontecem no seu navegador: por padrão, nada é enviado, armazenado ou transmitido. O botão Compartilhar é o único que envia um arquivo, e só quando você clica nele.
▶Posso convertê-lo para outro formato?
Sim. Clique em Exportar na barra de ferramentas para salvar a estrutura como GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX ou USDZ, ou a vista como uma imagem PNG. A exportação leva as camadas que você ligou, então ligue antes Space filling ou Polymer atoms se quiser que estejam no arquivo. Não há gravador de PDB nem de SDF: as exportações são modelos 3D da imagem que você vê.
▶Posso incorporar este visualizador no meu site?
Sim. Clique em Incorporar na barra de ferramentas para gerar um trecho <iframe> de uma linha que você pode colar em qualquer página HTML. Você pode escolher se a incorporação mostra a barra de ferramentas do visualizador.
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