Visualize e converta GRO (Sem Cadastro)

O que é um arquivo GRO?

Um arquivo .gro é texto puro. A primeira linha é um título, a segunda o número de átomos, e cada linha de átomo informa o número e o nome do resíduo, o nome e o número do átomo e a posição x, y e z em nanômetros, seguida opcionalmente das velocidades. A última linha é a caixa: três comprimentos para uma caixa retangular, nove números para uma triclínica.

O GROMACS grava arquivos .gro quando monta um sistema (gmx pdb2gmx, gmx solvate, gmx genion) e no fim de uma execução (confout.gro), e o gmx trjconv grava quadros de uma trajetória como .gro. Um sistema costuma ser uma proteína ou uma membrana cercada por milhares de moléculas de água e íons.

Para o formato do Protein Data Bank, veja o visualizador PDB; para todos os formatos moleculares numa só página, o visualizador de moléculas.

Quem usa arquivos GRO?

Pesquisadores e estudantes que fazem dinâmica molecular com o GROMACS, biofísicos que simulam proteínas e membranas, professores de cursos de química computacional e qualquer pessoa que queira dar uma olhada rápida num sistema num notebook, tablet ou celular, longe do cluster.

Casos de uso comuns

• Conferir um sistema solvatado e ionizado antes de iniciar uma execução
• Ver o último quadro de uma simulação sem copiá-lo para uma estação de trabalho com VMD
• Ver a caixa de simulação ao redor de uma proteína ou de uma membrana
• Compartilhar um instantâneo com um orientador ou um colega por um link que abre em qualquer navegador
• Exportar um quadro como GLB ou OBJ para uma figura, uma renderização ou um slide

Recursos

Compatibilidade e notas do formato

As linhas de átomos e a linha da caixa são lidas. As posições são convertidas de nanômetros para ångströms, então a estrutura mede o mesmo que seu arquivo PDB. O elemento de cada átomo é deduzido dos nomes do átomo e do resíduo, e as ligações dos raios covalentes (um arquivo .gro não lista ligações). Uma caixa retangular é desenhada como a camada Unit cell (célula unitária). As velocidades são ignoradas, e de um arquivo com vários quadros apenas o primeiro é desenhado.

As proteínas abrem como cartoon (representação em fitas): hélices e folhas beta como fitas, tiradas dos registros de estrutura secundária do arquivo quando ele os tem e calculadas a partir do traço de Cα quando não tem, com as alças como um tubo redondo. Uma única cadeia é colorida ao longo da sequência, do azul no início ao vermelho no fim; quando há várias cadeias, cada uma recebe sua própria cor. DNA e RNA abrem como um tubo ao longo da cadeia principal, com as bases como bastões. Os ligantes são desenhados como bola e bastão, coloridos por elemento (carbono cinza, oxigênio vermelho, nitrogênio azul, enxofre amarelo, nas cores do Jmol).

Cada representação é uma camada que você pode ligar e desligar: Cartoon (fitas), Polymer atoms (átomos do polímero: todos os átomos pesados das cadeias como bastões), Hydrogens (hidrogênios), Ligands (ligantes), Water (água), Space filling (preenchimento espacial: cada átomo, exceto a água, como uma esfera do seu raio de van der Waals) e Unit cell (célula unitária) quando o arquivo a informa. Cartoon e Ligands ficam ligadas quando o arquivo abre; as demais aguardam no painel de camadas (Layers).

As coordenadas são lidas em ångströms (Å) e mantidas nessa escala, então a ferramenta de medição mostra as distâncias em Å. As ligações são tiradas do arquivo quando ele as lista e calculadas a partir dos raios covalentes para o restante. Estruturas muito grandes, como o capsídeo inteiro de um vírus com milhões de átomos, abrem com o cartoon e com os átomos desenhados como pontos para que o navegador acompanhe.

Perguntas frequentes

Ferramentas e guias relacionados