Visualizza e converti PDB (Gratis)

Che cos’è un file PDB?

Un file .pdb è testo semplice a colonne fisse. I record ATOM e HETATM danno a ogni atomo nome, elemento, residuo, catena e coordinate; i record HELIX e SHEET indicano la struttura secondaria; i record CONECT elencano i legami di ligandi e residui insoliti; CRYST1 indica la cella elementare del cristallo; e i blocchi MODEL contengono i modelli di un insieme NMR. Il formato arriva al massimo a 99.999 atomi e 62 catene, quindi le voci più grandi della Protein Data Bank sono pubblicate solo in PDBx/mmCIF.

Tre varianti condividono questa struttura. .ent è il nome che l’archivio wwPDB dà ai suoi file PDB (pdb1abc.ent). PDBQT, scritto da AutoDock Tools, Open Babel e Meeko per AutoDock e AutoDock Vina, aggiunge cariche parziali e tipi di atomo AutoDock per recettori e ligandi da docking. PQR, scritto da PDB2PQR per APBS, mette la carica e il raggio di ogni atomo nelle colonne che PDB usa per occupanza e fattore di temperatura.

Per le piccole molecole, vedi il visualizzatore SDF e MOL; per tutti i formati molecolari in una sola pagina, il visualizzatore di molecole.

Chi usa i file PDB?

Biologi strutturali e biochimici, team di drug discovery che leggono risultati di docking, studenti e insegnanti nei corsi di biologia e chimica, bioinformatici, illustratori scientifici e designer che vogliono una vera proteina per un rendering, un’animazione o un modello stampato in 3D.

Utilizzi comuni

• Guardare una proteina della RCSB PDB, di PDBe o di PDBj senza installare PyMOL o ChimeraX
• Controllare un risultato di docking: il recettore e il ligando posizionato da AutoDock Vina in PDBQT
• Mostrare una struttura a una classe o a un cliente tramite un link che si apre in qualsiasi browser
• Esportare una proteina in STL o 3MF per un modello stampato in 3D
• Portare una proteina in Blender, in un motore di gioco o in una scena di realtà aumentata come GLB, FBX o USDZ

Funzionalità

Compatibilità e note sul formato

Vengono letti i record ATOM, HETATM, HELIX, SHEET, CONECT e CRYST1. L’elemento viene preso dalla sua colonna, o dal nome dell’atomo quando quella colonna è vuota (come in molti file più vecchi e output di docking). Vengono disegnati solo il primo modello di un file con più modelli e la prima posizione alternativa di ogni atomo. I file PDBQT e PQR si aprono allo stesso modo, e le loro colonne in più vengono saltate.

Le proteine si aprono in rappresentazione cartoon: eliche e filamenti come nastri, presi dai record di struttura secondaria del file quando li contiene e calcolati dalla traccia dei Cα quando mancano, con i loop come un tubo arrotondato. Una catena singola è colorata lungo la sequenza, dal blu all’inizio al rosso alla fine; quando le catene sono più di una, ciascuna ha il suo colore. DNA e RNA si aprono come un tubo lungo lo scheletro, con le basi come bastoncini. I ligandi sono disegnati a sfere e bastoncini, colorati per elemento (carbonio grigio, ossigeno rosso, azoto blu, zolfo giallo, nei colori Jmol).

Ogni rappresentazione è un layer che puoi attivare e disattivare: Cartoon, Polymer atoms (tutti gli atomi pesanti delle catene come bastoncini), Hydrogens (idrogeni), Ligands (ligandi), Water (acqua), Space filling (ogni atomo tranne l’acqua come una sfera con il suo raggio di van der Waals) e Unit cell (cella elementare) quando il file ne indica una. Cartoon e Ligands sono attivi all’apertura del file; gli altri layer aspettano nel pannello dei layer.

Le coordinate vengono lette in ångström (Å) e mantenute a quella scala, quindi lo strumento di misura indica le distanze in Å. I legami vengono presi dal file quando li elenca e calcolati dai raggi covalenti per il resto. Le strutture molto grandi, come un intero capside virale con milioni di atomi, si aprono con il cartoon e con gli atomi disegnati come punti, così il browser resta fluido.

Domande frequenti

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