Visualizza e converti molecole (Gratis)

Che cos’è un file Molecola?

Ogni file molecolare contiene lo stesso nucleo: un elenco di atomi, ciascuno con il suo elemento e la sua posizione in ångström (un decimiliardesimo di metro). I formati si differenziano per ciò che aggiungono. Le strutture di proteine e acidi nucleici (PDB e mmCIF) raggruppano gli atomi in residui e catene e registrano eliche e filamenti; i formati per piccole molecole (SDF e MOL, MOL2) elencano ogni legame con il suo ordine; un CIF cristallografico indica la cella elementare; un file GROMACS .gro è un’istantanea di una scatola di simulazione; e un file .xyz di chimica contiene solo l’elemento e le coordinate di ogni atomo.

Questo visualizzatore li legge tutti e sceglie la rappresentazione adatta alla molecola. Proteine e acidi nucleici si aprono come cartoon delle loro catene con i ligandi a sfere e bastoncini; le piccole molecole si aprono a sfere e bastoncini, con i legami doppi, tripli e aromatici disegnati come cilindri paralleli. Gli atomi sono colorati per elemento nei consueti colori Jmol, e un layer Space filling (riempimento spaziale) mostra ogni atomo al suo raggio di van der Waals.

Ogni formato ha la sua pagina con i dettagli: visualizzatore PDB, visualizzatore CIF, visualizzatore SDF e MOL, visualizzatore MOL2 e visualizzatore GRO.

Chi usa i file Molecola?

Biologi strutturali, biochimici e chimici farmaceutici che controllano una struttura senza aprire PyMOL, ChimeraX o Avogadro; studenti e insegnanti nei corsi di biologia e chimica; giornalisti e illustratori scientifici; e designer, architetti e allestitori di mostre che vogliono una vera proteina o un vero cristallo per un rendering, una stampa 3D, una scultura o un elemento di un edificio.

Utilizzi comuni

• Aprire una proteina scaricata dalla RCSB Protein Data Bank e ruotarla in 3D
• Guardare un composto di PubChem o ChEMBL a sfere e bastoncini
• Controllare una struttura cristallina della Crystallography Open Database con la sua cella elementare
• Condividere una struttura con una classe, un collega o un cliente tramite un link che si apre in qualsiasi browser
• Esportare una molecola in STL o 3MF per una stampa 3D, oppure in GLB, FBX o USDZ per Blender, un motore di gioco o la realtà aumentata

Funzionalità

Compatibilità e note sul formato

File supportati: PDB (.pdb, .ent) con le varianti AutoDock PDBQT (.pdbqt) e APBS PQR (.pqr); PDBx/mmCIF e CIF per piccole molecole (.cif, .mmcif, .mcif); molfile MDL e file SD in V2000 e V3000 (.mol, .sdf, .sd); Tripos MOL2 (.mol2, .ml2); strutture GROMACS (.gro); e XYZ di chimica (.xyz). Un file .xyz che contiene una molecola viene distinto da una nuvola di punti .xyz in base al contenuto.

Le proteine si aprono in rappresentazione cartoon: eliche e filamenti come nastri, presi dai record di struttura secondaria del file quando li contiene e calcolati dalla traccia dei Cα quando mancano, con i loop come un tubo arrotondato. Una catena singola è colorata lungo la sequenza, dal blu all’inizio al rosso alla fine; quando le catene sono più di una, ciascuna ha il suo colore. DNA e RNA si aprono come un tubo lungo lo scheletro, con le basi come bastoncini. I ligandi sono disegnati a sfere e bastoncini, colorati per elemento (carbonio grigio, ossigeno rosso, azoto blu, zolfo giallo, nei colori Jmol).

Le piccole molecole si aprono a sfere e bastoncini, con un layer Space filling accanto. Un file SD o MOL2 che contiene molte molecole si apre con un layer per molecola. Vengono disegnati solo il primo modello di un insieme NMR e il primo frame di un file XYZ con più frame.

Le coordinate vengono lette in ångström (Å) e mantenute a quella scala, quindi lo strumento di misura indica le distanze in Å. I legami vengono presi dal file quando li elenca e calcolati dai raggi covalenti per il resto. Le strutture molto grandi, come un intero capside virale con milioni di atomi, si aprono con il cartoon e con gli atomi disegnati come punti, così il browser resta fluido.

Domande frequenti

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