Visualizza e converti MOL2 (Gratis)
Funziona direttamente in Chrome, Firefox, Safari ed Edge.
Sempre da Innerscene: Circadian Lab, un calcolatore illuminotecnico gratuito per l’illuminamento di una stanza, l’EML melanopico e l’abbagliamento.
Descrivi un composto, una proteina o un cristallo. L’IA lo trova in PubChem o nel Protein Data Bank, oppure lo costruisce, e lo apre qui.
Crea un modello con l’IA
Descrivi ciò che ti serve, oppure aggiungi una foto, e l’IA lo costruisce a grandezza reale nel visualizzatore. Chiedi modifiche in chat, poi esportalo. Gratis, con la tua chiave Anthropic o OpenAI.
Apri il Generatore IAChe cos’è un file MOL2?
Un file .mol2 è testo semplice diviso in sezioni che iniziano con un tag @<TRIPOS>. @<TRIPOS>MOLECULE dà il nome alla molecola e ne indica i conteggi, @<TRIPOS>ATOM elenca ogni atomo con nome, coordinate, tipo di atomo SYBYL (per esempio C.ar per un carbonio aromatico o N.am per un azoto ammidico), residuo e carica parziale, e @<TRIPOS>BOND elenca ogni legame con il suo tipo (1, 2, 3, ar, am).
Un file può contenere molte molecole una dopo l’altra, ed è così che vengono spesso distribuite le librerie di docking e i set di screening virtuale. UCSF Chimera e ChimeraX, Open Babel, AutoDock Tools, DOCK, GOLD e SYBYL lo leggono e lo scrivono tutti.
Per i formati MDL, vedi il visualizzatore SDF e MOL; per le proteine, il visualizzatore PDB; per tutti i formati molecolari in una sola pagina, il visualizzatore di molecole.
Chi usa i file MOL2?
Chimici computazionali e team di drug discovery che preparano ligandi e recettori per il docking, ricercatori che lavorano con librerie di screening virtuale, studenti di corsi di modellistica molecolare, e chiunque riceva un file .mol2 senza avere a portata di mano Chimera o SYBYL.
Utilizzi comuni
- Controllare un ligando preparato per il docking prima di un calcolo
- Sfogliare le molecole di una libreria di screening, un layer per molecola
- Confrontare pose di docking o conformeri salvati insieme in un unico file
- Condividere un ligando di docking con un collega tramite un link che si apre in qualsiasi browser
- Esportare una molecola in GLB, OBJ o STL per un rendering, una slide o una stampa 3D
Funzionalità
Apre i file .mol2
File Tripos MOL2 con una o più molecole.
Tipi SYBYL letti
Elementi ricavati dai tipi di atomo SYBYL e ordini di legame dai tipi di legame, compresi i legami aromatici.
Sfere e bastoncini
Atomi colorati per elemento, con legami doppi, tripli e aromatici disegnati come cilindri paralleli.
Riempimento spaziale
Un layer con ogni atomo al suo raggio di van der Waals.
Un layer per molecola
Un file con molte molecole si apre con ciascuna sul proprio layer, con il nome preso dal file.
Esportazione in GLB, STL o USDZ
Salva la struttura in GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ per un rendering, una stampa 3D o la realtà aumentata, oppure la vista come PNG.
Misure in ångström
Fai clic su due atomi per misurare la distanza tra loro, in Å.
Visualizzazione in VR
Nel browser di un visore la molecola compare su un tavolo davanti a te.
Nessun caricamento
Il file viene letto interamente nel browser. Nessun account, nessun caricamento, nessuna copia su un server.
Condivisione e incorporamento
Invia un link che apre la molecola in qualsiasi browser, oppure inserisci il visualizzatore nella tua pagina con un solo iframe.
Compatibilità e note sul formato
Vengono lette le sezioni MOLECULE, ATOM e BOND. L’elemento viene ricavato dal tipo di atomo SYBYL, e i tipi di legame diventano legami singoli, doppi, tripli e aromatici; i legami ammidici sono disegnati come legami singoli. Un file con molte molecole si apre con un layer per molecola, chiamato con il nome della sua sezione MOLECULE, per le prime 200 molecole; la riga di stato conta le altre.
Le molecole si aprono a sfere e bastoncini, colorate per elemento nei colori Jmol, con i legami doppi e tripli disegnati come cilindri paralleli e un layer Space filling accanto.
Le coordinate vengono lette in ångström (Å) e mantenute a quella scala, quindi lo strumento di misura indica le distanze in Å. I legami vengono presi dal file quando li elenca e calcolati dai raggi covalenti per il resto. Le strutture molto grandi, come un intero capside virale con milioni di atomi, si aprono con il cartoon e con gli atomi disegnati come punti, così il browser resta fluido.
Incorpora nel tuo sito
Aggiungi il visualizzatore al tuo sito con una riga di HTML. Premi Incorpora nella barra degli strumenti per generare il codice oppure usa l’esempio seguente con l’URL del tuo file.
I file restano sul tuo computer
I file vengono elaborati interamente nel browser. Il pulsante Condividi carica il file per creare un link. I file condivisi vengono conservati per 90 giorni e poi eliminati.
Domande frequenti
▶Si apre un file MOL2 con molte molecole?
Sì. Ogni molecola ha il suo layer, chiamato con il nome della sua sezione MOLECULE, così puoi mostrarne una, alcune o tutte.
▶Vengono usati i tipi di atomo e di legame SYBYL?
Sì. L’elemento di ogni atomo viene ricavato dal suo tipo SYBYL (C.3, C.ar, N.pl3 e così via), e i tipi di legame 1, 2, 3 e ar sono disegnati come legami singoli, doppi, tripli e aromatici.
▶Vengono mostrate le cariche parziali?
No. Gli atomi sono colorati per elemento; la colonna delle cariche viene saltata durante la lettura.
▶Quante molecole di una libreria vengono disegnate?
Le prime 200 molecole di un file, ciascuna sul proprio layer. La riga di stato indica quante ne contiene il file, così sai quando dividere una libreria grande in file più piccoli.
▶Mi serve Chimera, SYBYL o Open Babel?
No. Il file viene letto e disegnato nel browser, su qualsiasi computer, tablet o telefono.
▶Posso stampare la molecola in 3D?
Sì. Esporta in STL o 3MF e apri il file nel tuo slicer. I nastri sottili del cartoon e i bastoncini sono fragili a piccole dimensioni, quindi per una stampa robusta attiva Space filling (o sfere e bastoncini per una piccola molecola) prima di esportare, e ingrandisci il modello nello slicer: un ångström nel file corrisponde a un’unità nell’esportazione.
▶Questo visualizzatore MOL2 è davvero gratuito?
Sì, completamente gratuito. Nessuna registrazione, nessuna filigrana, nessun limite di dimensione dei file nel visualizzatore (la funzione facoltativa di condivisione tramite link ha un limite di caricamento di 100 MB). Realizzato da Innerscene come strumento per architetti, ingegneri e designer.
▶I miei file vengono caricati su un server?
No. Lettura, rendering e conversione avvengono nel browser: per impostazione predefinita nulla viene caricato, archiviato o trasmesso. Il pulsante Condividi è l’unica funzione che carica un file, e solo quando lo premi tu.
▶Posso convertire in un altro formato?
Sì. Fai clic su Esporta nella barra degli strumenti per salvare la struttura in GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ, oppure la vista come immagine PNG. L’esportazione contiene i layer che hai attivato, quindi attiva prima Space filling o Polymer atoms se li vuoi nel file. Non c’è un writer PDB o SDF: le esportazioni sono modelli 3D dell’immagine che vedi.
▶Posso incorporare questo visualizzatore nel mio sito?
Sì. Fai clic su Incorpora nella barra degli strumenti per generare uno snippet <iframe> di una riga da incollare in qualsiasi pagina HTML. Puoi scegliere se l’incorporamento mostra la barra degli strumenti del visualizzatore.