Visualizza e converti SDF / MOL (Gratis)
Funziona direttamente in Chrome, Firefox, Safari ed Edge.
Sempre da Innerscene: Circadian Lab, un calcolatore illuminotecnico gratuito per l’illuminamento di una stanza, l’EML melanopico e l’abbagliamento.
Descrivi un composto, una proteina o un cristallo. L’IA lo trova in PubChem o nel Protein Data Bank, oppure lo costruisce, e lo apre qui.
Crea un modello con l’IA
Descrivi ciò che ti serve, oppure aggiungi una foto, e l’IA lo costruisce a grandezza reale nel visualizzatore. Chiedi modifiche in chat, poi esportalo. Gratis, con la tua chiave Anthropic o OpenAI.
Apri il Generatore IAChe cos’è un file SDF / MOL?
Un file .mol (molfile MDL) inizia con un’intestazione di tre righe e una riga dei conteggi, seguite da un blocco di atomi (coordinate ed elemento di ogni atomo) e da un blocco di legami (i due atomi di ogni legame e il suo ordine: singolo, doppio, triplo o aromatico). Il layout classico V2000 usa colonne fisse; il layout V3000 scrive gli stessi dati in righe M V30 e non ha il limite di 999 atomi.
Un file .sdf o .sd (structure-data file) è una serie di molfile, ciascuno seguito da campi di dati con nome (un identificativo, un nome, un valore misurato) e chiuso da una riga $$$$. PubChem, ChEMBL, ZINC e la maggior parte dei fornitori di composti distribuiscono le loro librerie come file SD.
Per le proteine, vedi il visualizzatore PDB; per il formato Tripos usato dai programmi di docking, il visualizzatore MOL2; per tutti i formati molecolari in una sola pagina, il visualizzatore di molecole.
Chi usa i file SDF / MOL?
Chimici farmaceutici e organici, chemioinformatici che lavorano con librerie di composti, studenti e insegnanti nei corsi di chimica, ricercatori che scaricano composti da PubChem o ChEMBL, e designer che vogliono una vera molecola (la caffeina, una fragranza, un pigmento) per un rendering, uno studio di logo o una stampa 3D.
Utilizzi comuni
- Guardare un composto scaricato da PubChem come conformero 3D
- Scorrere le molecole di un file SD, un layer per molecola
- Controllare legami e anelli di una struttura disegnata in ChemDraw o in un altro editor di strutture
- Condividere una molecola tramite un link che si apre in qualsiasi browser
- Esportare una molecola in STL o 3MF per un modello stampato in 3D, oppure in GLB o USDZ per la realtà aumentata
Funzionalità
Apre i file .sdf e .mol
Molfile MDL e file SD in V2000 e V3000.
Sfere e bastoncini
Atomi colorati per elemento, con legami doppi, tripli e aromatici disegnati come cilindri paralleli.
Riempimento spaziale
Un layer con ogni atomo al suo raggio di van der Waals.
Un layer per molecola
Un file con molte molecole si apre con ciascuna sul proprio layer, con il nome preso dal file.
Composti PubChem
Un conformero 3D di PubChem si apre con il composto chiamato con il nome della sua scheda.
Esportazione in GLB, STL o USDZ
Salva la struttura in GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ per un rendering, una stampa 3D o la realtà aumentata, oppure la vista come PNG.
Misure in ångström
Fai clic su due atomi per misurare la distanza tra loro, in Å.
Visualizzazione in VR
Nel browser di un visore la molecola compare su un tavolo davanti a te.
Nessun caricamento
Il file viene letto interamente nel browser. Nessun account, nessun caricamento, nessuna copia su un server.
Condivisione e incorporamento
Invia un link che apre la molecola in qualsiasi browser, oppure inserisci il visualizzatore nella tua pagina con un solo iframe.
Compatibilità e note sul formato
Si aprono i molfile V2000 e V3000, da soli o come record di un file SD. Atomi, legami e ordini di legame vengono dal file. Un file con sole coordinate 2D (un disegno piatto da un editor di strutture) si apre piatto, così com’è; scarica il conformero 3D da PubChem per avere una molecola tridimensionale.
La molecola si apre a sfere e bastoncini, con ogni atomo colorato per elemento nei colori Jmol, i legami doppi e tripli disegnati come due o tre cilindri paralleli e i legami aromatici come una coppia. Un layer Space filling mostra ogni atomo al suo raggio di van der Waals. Un file SD con molte molecole si apre con un layer per molecola (le prime 200; la riga di stato conta le altre), così puoi mostrarle una alla volta o tutte insieme.
Le coordinate vengono lette in ångström (Å) e mantenute a quella scala, quindi lo strumento di misura indica le distanze in Å. I legami vengono presi dal file quando li elenca e calcolati dai raggi covalenti per il resto. Le strutture molto grandi, come un intero capside virale con milioni di atomi, si aprono con il cartoon e con gli atomi disegnati come punti, così il browser resta fluido.
Incorpora nel tuo sito
Aggiungi il visualizzatore al tuo sito con una riga di HTML. Premi Incorpora nella barra degli strumenti per generare il codice oppure usa l’esempio seguente con l’URL del tuo file.
I file restano sul tuo computer
I file vengono elaborati interamente nel browser. Il pulsante Condividi carica il file per creare un link. I file condivisi vengono conservati per 90 giorni e poi eliminati.
Domande frequenti
▶Quali versioni di molfile si aprono?
V2000 e V3000, come singoli file .mol o come record di un file .sdf o .sd.
▶Come vengono mostrate le molecole di un file SD?
Ogni molecola ha il suo layer, quindi il pannello dei layer le elenca per nome. Attiva e disattiva i layer per guardare una molecola o confrontarne diverse.
▶Perché la mia molecola è piatta?
Il file ha coordinate 2D: è un disegno di un editor di strutture con tutti i valori z a zero. Il visualizzatore disegna gli atomi dove li colloca il file. PubChem offre un conformero 3D della maggior parte dei composti in Download, 3D Conformer, SDF.
▶Vengono mostrati i legami doppi e aromatici?
Sì. I legami doppi sono disegnati come due cilindri paralleli, quelli tripli come tre e quelli aromatici come una coppia, nel piano degli atomi vicini.
▶Vengono mostrati i campi di dati di un file SD?
Il nome della molecola fa da etichetta al suo layer. Gli altri campi di dati vengono saltati durante la lettura.
▶Posso stampare la molecola in 3D?
Sì. Esporta in STL o 3MF e apri il file nel tuo slicer. I nastri sottili del cartoon e i bastoncini sono fragili a piccole dimensioni, quindi per una stampa robusta attiva Space filling (o sfere e bastoncini per una piccola molecola) prima di esportare, e ingrandisci il modello nello slicer: un ångström nel file corrisponde a un’unità nell’esportazione.
▶Questo visualizzatore SDF / MOL è davvero gratuito?
Sì, completamente gratuito. Nessuna registrazione, nessuna filigrana, nessun limite di dimensione dei file nel visualizzatore (la funzione facoltativa di condivisione tramite link ha un limite di caricamento di 100 MB). Realizzato da Innerscene come strumento per architetti, ingegneri e designer.
▶I miei file vengono caricati su un server?
No. Lettura, rendering e conversione avvengono nel browser: per impostazione predefinita nulla viene caricato, archiviato o trasmesso. Il pulsante Condividi è l’unica funzione che carica un file, e solo quando lo premi tu.
▶Posso convertire in un altro formato?
Sì. Fai clic su Esporta nella barra degli strumenti per salvare la struttura in GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ, oppure la vista come immagine PNG. L’esportazione contiene i layer che hai attivato, quindi attiva prima Space filling o Polymer atoms se li vuoi nel file. Non c’è un writer PDB o SDF: le esportazioni sono modelli 3D dell’immagine che vedi.
▶Posso incorporare questo visualizzatore nel mio sito?
Sì. Fai clic su Incorpora nella barra degli strumenti per generare uno snippet <iframe> di una riga da incollare in qualsiasi pagina HTML. Puoi scegliere se l’incorporamento mostra la barra degli strumenti del visualizzatore.