Visualizza e converti CIF (Gratis)
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Sempre da Innerscene: Circadian Lab, un calcolatore illuminotecnico gratuito per l’illuminamento di una stanza, l’EML melanopico e l’abbagliamento.
Descrivi un composto, una proteina o un cristallo. L’IA lo trova in PubChem o nel Protein Data Bank, oppure lo costruisce, e lo apre qui.
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Descrivi ciò che ti serve, oppure aggiungi una foto, e l’IA lo costruisce a grandezza reale nel visualizzatore. Chiedi modifiche in chat, poi esportalo. Gratis, con la tua chiave Anthropic o OpenAI.
Apri il Generatore IAChe cos’è un file CIF?
Un file CIF è un elenco di voci con nome e di tabelle (blocchi loop_) nella sintassi STAR. Lo usano due dizionari. PDBx/mmCIF è il formato di archivio della Protein Data Bank: _atom_site elenca ogni atomo con residuo, catena e coordinate cartesiane, _struct_conf e _struct_sheet_range indicano eliche e filamenti, e _struct_conn elenca i collegamenti tra residui e ligandi. Non ha limiti di atomi o catene, quindi i grandi complessi come i ribosomi sono pubblicati solo in mmCIF.
Il CIF per piccole molecole è ciò che i cristallografi depositano presso il Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC), la Crystallography Open Database (COD) e le riviste IUCr. Indica la cella elementare (_cell_length_a e gli angoli), il gruppo spaziale e le coordinate frazionarie degli atomi dell’unità asimmetrica.
Per il formato più vecchio della Protein Data Bank, vedi il visualizzatore PDB; per tutti i formati molecolari in una sola pagina, il visualizzatore di molecole.
Chi usa i file CIF?
Cristallografi e biologi strutturali, chimici e scienziati dei materiali che leggono strutture da CCDC o COD, studenti di chimica, mineralogia e biologia, e designer e architetti che vogliono la geometria di un vero cristallo o di una vera proteina per un rendering, un motivo decorativo o una stampa 3D.
Utilizzi comuni
- Aprire una grande voce della Protein Data Bank pubblicata solo come PDBx/mmCIF
- Guardare una struttura cristallina della COD o delle informazioni supplementari di un articolo con la sua cella elementare
- Controllare una struttura prima di una riunione di gruppo o di una lezione senza aprire Mercury, PyMOL o ChimeraX
- Condividere un cristallo o una proteina tramite un link che si apre in qualsiasi browser
- Esportare la struttura in STL, 3MF, GLB o OBJ per una stampa, un rendering o un motore di gioco
Funzionalità
Apre i file .cif
PDBx/mmCIF della Protein Data Bank e CIF per piccole molecole di CCDC, COD e riviste.
Cristalli nella loro cella elementare
Coordinate frazionarie convertite in ångström, con la cella elementare disegnata come una scatola intorno agli atomi.
Cartoon di ogni catena
Eliche e filamenti come nastri presi dal file, o calcolati dalla traccia dei Cα; una catena singola colorata dal blu al rosso, più catene ciascuna con il suo colore.
DNA e RNA
Acidi nucleici come un tubo lungo lo scheletro, con le basi come bastoncini.
Ligandi a sfere e bastoncini
Ligandi legati, cofattori e ioni disegnati a sfere e bastoncini, colorati per elemento.
Layer da attivare
Atomi dei polimeri, idrogeni, acqua, riempimento spaziale e cella elementare, ciascuno sul proprio layer.
Esportazione in GLB, STL o USDZ
Salva la struttura in GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ per un rendering, una stampa 3D o la realtà aumentata, oppure la vista come PNG.
Misure in ångström
Fai clic su due atomi per misurare la distanza tra loro, in Å.
Visualizzazione in VR
Nel browser di un visore la molecola compare su un tavolo davanti a te.
Nessun caricamento
Il file viene letto interamente nel browser. Nessun account, nessun caricamento, nessuna copia su un server.
Condivisione e incorporamento
Invia un link che apre la molecola in qualsiasi browser, oppure inserisci il visualizzatore nella tua pagina con un solo iframe.
Compatibilità e note sul formato
Viene letto il primo blocco di dati con coordinate atomiche (un blocco iniziale di dettagli di pubblicazione viene saltato). In mmCIF vengono usati _atom_site (primo modello, una posizione alternativa per residuo), _struct_conf, _struct_sheet_range e _struct_conn. In un CIF per piccole molecole, la cella elementare e le coordinate frazionarie vengono convertite in ångström cartesiani; gli atomi disegnati sono quelli elencati nel file (l’unità asimmetrica), e la cella elementare è disegnata come una scatola intorno a essi.
Le proteine si aprono in rappresentazione cartoon: eliche e filamenti come nastri, presi dai record di struttura secondaria del file quando li contiene e calcolati dalla traccia dei Cα quando mancano, con i loop come un tubo arrotondato. Una catena singola è colorata lungo la sequenza, dal blu all’inizio al rosso alla fine; quando le catene sono più di una, ciascuna ha il suo colore. DNA e RNA si aprono come un tubo lungo lo scheletro, con le basi come bastoncini. I ligandi sono disegnati a sfere e bastoncini, colorati per elemento (carbonio grigio, ossigeno rosso, azoto blu, zolfo giallo, nei colori Jmol).
Ogni rappresentazione è un layer che puoi attivare e disattivare: Cartoon, Polymer atoms (tutti gli atomi pesanti delle catene come bastoncini), Hydrogens (idrogeni), Ligands (ligandi), Water (acqua), Space filling (ogni atomo tranne l’acqua come una sfera con il suo raggio di van der Waals) e Unit cell (cella elementare) quando il file ne indica una. Cartoon e Ligands sono attivi all’apertura del file; gli altri layer aspettano nel pannello dei layer.
Un cristallo di piccole molecole si apre a sfere e bastoncini con il layer Unit cell attivo; per una macromolecola la cella elementare all’inizio è nascosta.
Le coordinate vengono lette in ångström (Å) e mantenute a quella scala, quindi lo strumento di misura indica le distanze in Å. I legami vengono presi dal file quando li elenca e calcolati dai raggi covalenti per il resto. Le strutture molto grandi, come un intero capside virale con milioni di atomi, si aprono con il cartoon e con gli atomi disegnati come punti, così il browser resta fluido.
Incorpora nel tuo sito
Aggiungi il visualizzatore al tuo sito con una riga di HTML. Premi Incorpora nella barra degli strumenti per generare il codice oppure usa l’esempio seguente con l’URL del tuo file.
I file restano sul tuo computer
I file vengono elaborati interamente nel browser. Il pulsante Condividi carica il file per creare un link. I file condivisi vengono conservati per 90 giorni e poi eliminati.
Domande frequenti
▶Apre sia mmCIF sia CIF per piccole molecole?
Sì. Un file PDBx/mmCIF della Protein Data Bank si apre come cartoon delle sue catene con i ligandi; un CIF cristallografico di CCDC, COD o di una rivista si apre a sfere e bastoncini dentro la sua cella elementare. Il visualizzatore li distingue in base al contenuto.
▶L’impaccamento cristallino viene generato dalla simmetria?
No. Gli atomi disegnati sono quelli elencati nel file, che per un CIF per piccole molecole è l’unità asimmetrica, con la cella elementare disegnata intorno.
▶Il mio file CIF contiene più strutture. Quale si apre?
La prima con coordinate atomiche; un blocco di dettagli di pubblicazione in cima al file viene saltato. Per vedere un’altra struttura, salva il suo blocco in un file a parte.
▶Posso aprire le strutture molto grandi che non hanno un file PDB?
Sì. Ribosomi, capsidi virali e altre voci pubblicate solo in mmCIF si aprono con il loro cartoon; oltre un quarto di milione di atomi in un layer, gli atomi vengono disegnati come punti così il browser resta fluido.
▶Dove sono gli idrogeni e l’acqua?
Su layer propri, Hydrogens e Water, che all’inizio sono disattivati. Attivali nel pannello dei layer.
▶Posso stampare la molecola in 3D?
Sì. Esporta in STL o 3MF e apri il file nel tuo slicer. I nastri sottili del cartoon e i bastoncini sono fragili a piccole dimensioni, quindi per una stampa robusta attiva Space filling (o sfere e bastoncini per una piccola molecola) prima di esportare, e ingrandisci il modello nello slicer: un ångström nel file corrisponde a un’unità nell’esportazione.
▶Questo visualizzatore CIF è davvero gratuito?
Sì, completamente gratuito. Nessuna registrazione, nessuna filigrana, nessun limite di dimensione dei file nel visualizzatore (la funzione facoltativa di condivisione tramite link ha un limite di caricamento di 100 MB). Realizzato da Innerscene come strumento per architetti, ingegneri e designer.
▶I miei file vengono caricati su un server?
No. Lettura, rendering e conversione avvengono nel browser: per impostazione predefinita nulla viene caricato, archiviato o trasmesso. Il pulsante Condividi è l’unica funzione che carica un file, e solo quando lo premi tu.
▶Posso convertire in un altro formato?
Sì. Fai clic su Esporta nella barra degli strumenti per salvare la struttura in GLB, glTF, OBJ, STL, 3MF, PLY, FBX o USDZ, oppure la vista come immagine PNG. L’esportazione contiene i layer che hai attivato, quindi attiva prima Space filling o Polymer atoms se li vuoi nel file. Non c’è un writer PDB o SDF: le esportazioni sono modelli 3D dell’immagine che vedi.
▶Posso incorporare questo visualizzatore nel mio sito?
Sì. Fai clic su Incorpora nella barra degli strumenti per generare uno snippet <iframe> di una riga da incollare in qualsiasi pagina HTML. Puoi scegliere se l’incorporamento mostra la barra degli strumenti del visualizzatore.