Visualizza e converti GRO (Gratis)

Che cos’è un file GRO?

Un file .gro è testo semplice. La prima riga è un titolo, la seconda il numero di atomi, e ogni riga di atomo indica numero e nome del residuo, nome e numero dell’atomo e posizione x, y e z in nanometri, eventualmente seguita dalle velocità. L’ultima riga è la scatola: tre lunghezze per una scatola rettangolare, nove numeri per una triclina.

GROMACS scrive file .gro quando costruisce un sistema (gmx pdb2gmx, gmx solvate, gmx genion) e alla fine di una simulazione (confout.gro), e gmx trjconv scrive frame di una traiettoria come .gro. Un sistema è di solito una proteina o una membrana circondata da migliaia di molecole d’acqua e ioni.

Per il formato della Protein Data Bank, vedi il visualizzatore PDB; per tutti i formati molecolari in una sola pagina, il visualizzatore di molecole.

Chi usa i file GRO?

Ricercatori e studenti che eseguono simulazioni di dinamica molecolare con GROMACS, biofisici che simulano proteine e membrane, docenti di corsi di chimica computazionale, e chiunque voglia dare un’occhiata veloce a un sistema su un portatile, un tablet o un telefono, lontano dal cluster.

Utilizzi comuni

• Controllare un sistema solvatato e ionizzato prima di avviare una simulazione
• Guardare l’ultimo frame di una simulazione senza copiarlo su una workstation con VMD
• Vedere la scatola di simulazione intorno a una proteina o a una membrana
• Condividere un’istantanea con un supervisore o un collega tramite un link che si apre in qualsiasi browser
• Esportare un frame in GLB o OBJ per una figura, un rendering o una slide

Funzionalità

Compatibilità e note sul formato

Vengono lette le righe degli atomi e la riga della scatola. Le posizioni vengono convertite da nanometri in ångström, quindi la struttura ha le stesse misure del suo file PDB. L’elemento di ogni atomo viene ricavato dai nomi dell’atomo e del residuo, e i legami dai raggi covalenti (un file .gro non elenca legami). Una scatola rettangolare viene disegnata come layer Unit cell. Le velocità vengono saltate, e di un file con più frame viene disegnato solo il primo.

Le proteine si aprono in rappresentazione cartoon: eliche e filamenti come nastri, presi dai record di struttura secondaria del file quando li contiene e calcolati dalla traccia dei Cα quando mancano, con i loop come un tubo arrotondato. Una catena singola è colorata lungo la sequenza, dal blu all’inizio al rosso alla fine; quando le catene sono più di una, ciascuna ha il suo colore. DNA e RNA si aprono come un tubo lungo lo scheletro, con le basi come bastoncini. I ligandi sono disegnati a sfere e bastoncini, colorati per elemento (carbonio grigio, ossigeno rosso, azoto blu, zolfo giallo, nei colori Jmol).

Ogni rappresentazione è un layer che puoi attivare e disattivare: Cartoon, Polymer atoms (tutti gli atomi pesanti delle catene come bastoncini), Hydrogens (idrogeni), Ligands (ligandi), Water (acqua), Space filling (ogni atomo tranne l’acqua come una sfera con il suo raggio di van der Waals) e Unit cell (cella elementare) quando il file ne indica una. Cartoon e Ligands sono attivi all’apertura del file; gli altri layer aspettano nel pannello dei layer.

Le coordinate vengono lette in ångström (Å) e mantenute a quella scala, quindi lo strumento di misura indica le distanze in Å. I legami vengono presi dal file quando li elenca e calcolati dai raggi covalenti per il resto. Le strutture molto grandi, come un intero capside virale con milioni di atomi, si aprono con il cartoon e con gli atomi disegnati come punti, così il browser resta fluido.

Domande frequenti

Strumenti e guide correlati